R语言diversitree包说明文档(版本 0.9-15)
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diversitree-package
多元化的比较“系统发育”分析
anova.fit.mle
极大似然推理
argnames
向量参数函数的参数名称
argnames.constrained
向量参数函数的参数名称
argnames
向量参数函数的参数名称
argnames
向量参数函数的参数名称
asr
祖国重建
asr.bisse
比塞统治下的宗族国家重建
asr.joint
祖国重建
asr.marginal
祖国重建
asr.marginal.bisse
比塞统治下的宗族国家重建
asr.marginal.musse
比塞统治下的宗族国家重建
asr.mkn
Mk2/Mkn下的宗族国家重建
asr.musse
比塞统治下的宗族国家重建
asr.stoch
祖国重建
check.fftC
检查Diversietree安装的功能
clades.from.classification
做一棵“树枝树”
clades.from.polytomies
做一棵“树枝树”
coef.fit.mle
极大似然推理
combine
乘法组合若干似然函数
constant.x
准随机模型的支持函数
constrain
模型的约束参数
constrain.i
模型的约束参数
diversitree
多元化的比较“系统发育”分析
drop.likelihood
效用函数
expand.parameters
效用函数
find.mle
极大似然推理
get.descendants
效用函数
get.likelihood
效用函数
history.from.sim.discrete
从模拟中提取角色历史
logLik.fit.mle
极大似然推理
make.asr.joint
祖国重建
make.asr.joint.mk2
Mk2/Mkn下的宗族国家重建
make.asr.joint.mkn
Mk2/Mkn下的宗族国家重建
make.asr.marginal
祖国重建
make.asr.marginal.bisse
比塞统治下的宗族国家重建
make.asr.marginal.mk2
Mk2/Mkn下的宗族国家重建
make.asr.marginal.mkn
Mk2/Mkn下的宗族国家重建
make.asr.marginal.musse
比塞统治下的宗族国家重建
make.asr.stoch
祖国重建
make.asr.stoch.mk2
Mk2/Mkn下的宗族国家重建
make.asr.stoch.mkn
Mk2/Mkn下的宗族国家重建
make.bd
恒速生灭模型
make.bd.split
恒速生灭模型:分裂模型
make.bd.t
时变生灭模型
make.bisse
二元态物种形成和灭绝模型
make.bisse.split
二元态物种形成和灭绝模型:分裂模型
make.bisse.t
二元态物种形成和灭绝模型:时间相关模型
make.bisse.td
二元态物种形成和灭绝模型:时间相关模型
make.bisse.uneven
二元态物种形成和灭绝模型:分裂模型
make.bisseness
二元态物种形成和灭绝(节点增强态移)模型
make.bm
布朗运动及其特征演化模型
make.brownian.with.drift
准随机模型的支持函数
make.clade.tree
做一棵“树枝树”
make.classe
枝晶状态变化物种形成和灭绝模型
make.eb
布朗运动及其特征演化模型
make.geosse
地理状态物种形成和灭绝模型
make.geosse.split
地理状态物种形成和灭绝模型:分裂模型
make.geosse.t
地理状态物种形成和灭绝模型:时间相关模型
make.geosse.uneven
地理状态物种形成和灭绝模型:分裂模型
make.lambda
布朗运动及其特征演化模型
make.linear.x
准随机模型的支持函数
make.mk2
Mk2和Mk-n字符演化模型
make.mkn
Mk2和Mk-n字符演化模型
make.mkn.meristic
Mk2和Mk-n字符演化模型
make.mkn.multitrait
多状态物种形成和灭绝(多个二进制特征版本)
make.musse
贻贝:多态物种形成与灭绝
make.musse.multitrait
多状态物种形成和灭绝(多个二进制特征版本)
make.musse.split
多态物种形成和灭绝模型:分裂模型
make.musse.t
多态物种形成和灭绝模型:时间相关模型
make.musse.td
多态物种形成和灭绝模型:时间相关模型
make.ou
布朗运动及其特征演化模型
make.pgls
系统发育广义最小二乘法
make.prior
简单先验函数
make.prior.exponential
简单先验函数
make.prior.uniform
简单先验函数
make.quasse
定量态物种形成和灭绝模型
make.quasse.split
定量态物种形成和灭绝模型:分裂模型
make.sim.character
模拟树上的角色分布
make.yule
恒速生灭模型
mcmc
切片抽样的简单马尔可夫链蒙特卡罗方法
mcmc.default
切片抽样的简单马尔可夫链蒙特卡罗方法
mkn.multitrait.translate
多状态物种形成和灭绝(多个二进制特征版本)
musse.multitrait.translate
多状态物种形成和灭绝(多个二进制特征版本)
noroptimal.x
准随机模型的支持函数
plot.history
绘制角色历史
profiles.plot
从MCMC绘制边际分布图
prune
进化生死树
run.cached
效用函数
sampler.norm
切片抽样的简单马尔可夫链蒙特卡罗方法
sampler.slice
切片抽样的简单马尔可夫链蒙特卡罗方法
set.defaults
设置函数的默认参数
sigmoid.x
准随机模型的支持函数
sigmoid2.x
准随机模型的支持函数
sim.character
模拟树上的角色分布
starting.point.bd
恒速生灭模型
starting.point.bisse
二元态物种形成和灭绝模型
starting.point.classe
枝晶状态变化物种形成和灭绝模型
starting.point.geosse
地理状态物种形成和灭绝模型
starting.point.musse
贻贝:多态物种形成与灭绝
starting.point.musse.multitrait
多状态物种形成和灭绝(多个二进制特征版本)
starting.point.quasse
定量态物种形成和灭绝模型
stepf.x
准随机模型的支持函数
trait.plot
绘制系统发育图和特征图
tree.bd
进化生死树
tree.bisse
进化生死树
tree.bisseness
进化生死树
tree.classe
进化生死树
tree.geosse
进化生死树
tree.musse
进化生死树
tree.musse.multitrait
进化生死树
tree.quasse
进化生死树
tree.yule
进化生死树
trees
进化生死树