R语言diveRsity包说明文档(版本 1.9.90)

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arp2gen 快速简单地将arlequin(.arp)基因型文件转换为genepop文件,形成“R”环境。
basicStats 从genepop基因型文件中计算基本的描述性群体参数
bigDivPart 高通量数据(如RAD-seq衍生的SNPS)的遗传分化统计及其估计器
Big_data 多样性包填充示例
chiCalc 检测样本与基因型计数的独立性
corPlot 绘制Gst,G'st,Theta,D(Jost)与一个基因座上等位基因平均数之间关系的函数。“corPlot”的重新实现。此函数将替换包的更高版本中的旧函数。
diffCalc 一种计算遗传分化统计的快速函数
diffPlot 绘制由divPart计算的成对统计的函数。
divBasic 计算基本群体参数的函数,如等位基因丰富度、观察到的杂合度以及预期杂合度。
divMigrate 从微卫星数据中检测方向分化的实验函数。
divOnline 从本地系统启动“多样性”web应用程序版本的功能。
divPart 遗传分化统计及其估计
divRatio 根据Skrbinsek et al.,2012,计算相对于“标尺”参考人群的标准化多样性比率。
divSimCo 共显性二倍体基因型数据的相似系数
fastDivPart 遗传分化统计及其估计
fstOnly 从genepop格式的共显性分子数据计算Weir& Cockerham(1984)assume和files的最小函数。
gpSampler 随机抽样一个genepop文件
haploDiv 一个函数,允许从genepop中的单倍体基因型计算Weir& Cockerham's(1984)read{ST}
inCalc 用于推断祖先的一种计算位点信息的函数
microPlexer 启动了一个“闪亮”的应用程序,用于将微卫星基因座排列成大小和基于荧光团的复合群。
polyIn 一种计算信息量的函数,用于从任何倍性位点推断祖先。
pop_stats 示例filename_edges_strength用于函数“divRatio”的数据帧
readGenepop 从genepop文件计算等位基因频率的函数。
snp2gen SNP核苷酸基因型矩阵到genepop文件的转换函数。
SNPs “snp2gp”函数的输入格式示例
Test_data 多样性包填充示例