| consecutiveRUNS.run | 使用连续方法检测基因组运行（ROHom/ROHet）的主要功能 | ||
| consecutiveRunsCpp | 检测载体中连续运行的函数（个体的基因型） | ||
| createRUNdf | 函数为每只动物创建一个运行数据帧，需要一个映射文件（其他要读取的文件名或R对象）运行中缺失和相反基因型的最大数量的参数（不是窗口）在这里实现 | ||
| findOppositeAndMissing | 函数来计算相反和缺失的基因型数组 | ||
| Froh_inbreeding | 从全基因组或染色体范围计算的功能 | ||
| Froh_inbreedingClass | 使用ROH类计算的函数 | ||
| genoConvertCpp | 将0/1/2基因型转换为0/1 | ||
| heteroZygotTest | 函数来检查窗口是否（松散地）杂合 | ||
| heteroZygotTestCpp | 函数来检查窗口是否（松散地）杂合 | ||
| homoZygotTest | 函数来检查窗口是否（松散地）纯合 | ||
| homoZygotTestCpp | 函数来检查窗口是否（松散地）纯合 | ||
| pedConvertCpp | 将ped基因型转换为0/1 | ||
| plot_DistributionRuns | 线路分布图 | ||
| plot_InbreedingChr | 基于群体的近交系数图 | ||
| plot_manhattanRuns | 绘制SNP在内部运行的时间比例-曼哈顿图 | ||
| plot_PatternRuns | 将运行长度（或平均运行长度）的总和与每个单独的运行次数进行比较 | ||
| plot_Runs | 函数来绘制每个单独的运行 | ||
| plot_SnpsInRuns | 绘制每个SNP在运行中落下的次数 | ||
| plot_StackedRuns | 打印堆叠管路 | ||
| plot_ViolinRuns | 每个个体的运行长度曲线图（总和或平均值） | ||
| readExternalRuns | 从外部文件读取运行 | ||
| readPOPCpp | 函数返回填充的数据帧（POP，ID） | ||
| reorderDF | 按染色体对数据帧重新排序的函数 | ||
| slidingRUNS.run | 主要功能是检测运行（ROHom/ROHet）使用滑动窗口（拉普林克） | ||
| slidingWindow | 函数在载体上滑动窗口（个体的基因型） | ||
| slidingWindowCpp | 函数在载体上滑动窗口（个体的基因型） | ||
| snpInRun | 函数返回SNP是否正在运行的T/F向量 | ||
| snpInRunCpp | 函数返回SNP是否正在运行的T/F向量 | ||
| snpInsideRuns | 函数计算SNP运行的次数 | ||
| snpInsideRunsCpp | 函数计算SNP运行的次数 | ||
| summaryRuns | 检测到的运行的摘要统计信息 | ||
| tableRuns | 函数以检索总体中最常见的运行 | ||
| writeRUN | 函数写出每只动物的跑步次数 |