R语言debar包说明文档(版本 0.1.0)

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debar-package “除名”
aa_check 翻译序列和它的终止密码子
aa_check.DNAseq 翻译序列和它的终止密码子
adjust 根据nt路径输出调整序列。
adjust.DNAseq 根据nt路径输出调整序列。
censored_translation DNA串的删减翻译。
consensus 取去噪后的序列列表,得到一致序列。
consensus_sequence 取去噪后的序列列表,得到一致序列。
debar “除名”
denoise 运行去噪器管道进行序列读取。
denoise.default 运行去噪器管道进行序列读取。
denoise_file 对给定文件中的序列数据进行去噪。
denoise_file.default 对给定文件中的序列数据进行去噪。
denoise_list COI条形码序列的列表到列表去噪。
dir_check 取一个输入序列,将正向和反向恭维词与PHMM对齐
DNAseq 从DNA序列字符串构建DNAseq对象。
example_nt_string 示例coi5p DNA序列字符串。
example_nt_string_errors 带有插入和删除错误的coi5p DNA序列字符串示例。
ex_nt_list 四个coi5p序列的列表示例,每个序列都包含indel错误。
frame 取一个DNAseq对象并隔离COI-5P区域。
frame.DNAseq 取一个DNAseq对象并隔离COI-5P区域。
outseq 获取读取的最终去噪输出序列。
outseq.DNAseq 获取读取的最终去噪输出序列。
read_fasta 从fasta文件读入原始数据。
read_fastq 从fastq文件读入原始数据。
write_fasta 将去噪后的共识序列输出到fasta文件。
write_fasta.DNAseq 将去噪后的共识序列输出到fasta文件。
write_fastq 将去噪后的序列输出为带有占位符短语分数的fastq格式。
write_fastq.DNAseq 将去噪后的序列输出为带有占位符短语分数的fastq格式。