R语言dcGOR包说明文档(版本 1.0.6)

返回R语言所有包列表

AdjData 虚拟数据的定义
AdjData-class 虚拟数据的定义
adjMatrix 为S4类定义的方法
adjMatrix-method 为S4类网络定义的方法
adjMatrix-method 为S4类数据网络定义的方法
adjMatrix-method 为S4类定义的方法
adjp 为S4类输出定义的方法
adjp-method 为S4类Coutput定义的方法
adjp-method 为S4类输出定义的方法
Ancestral_domainome 真核生物祖先超家族结构域库
Anno S4类Anno定义
Anno-class S4类Anno定义
Anno-method 为S4类Anno定义的方法
AnnoData 虚拟S4类AnnoData的定义
annoData 为S4类Anno定义的方法
AnnoData-class 虚拟S4类AnnoData的定义
annoData-method 为S4类Anno定义的方法
Cnetwork S4类网络定义
cnetwork 为S4类Coutput定义的方法
Cnetwork-class S4类网络定义
Cnetwork-method 为S4类网络定义的方法
cnetwork-method 为S4类Coutput定义的方法
colNames 为S4类InfoDataFrame定义的方法
colNames-method 为S4类InfoDataFrame定义的方法
Coutput S4类输出定义
Coutput-class S4类输出定义
Coutput-method 为S4类Coutput定义的方法
Data 为S4类InfoDataFrame定义的方法
Data-method 为S4类InfoDataFrame定义的方法
data.frame2InfoDataFrame 为S4类InfoDataFrame定义的方法
dcAlgo 应用dcGO算法推断以领域为中心的本体的函数
dcAlgoPredict 用于预测给定领域体系结构(包括各个领域)的本体术语的函数
dcAlgoPredictGenome 用于预测具有域结构(包括单个域)的基因组的本体术语的函数
dcAlgoPredictMain 函数,用于预测给定的包含域体系结构(包括各个域)的输入文件中的本体术语
dcAlgoPredictPR 通过精确召回(PR)分析评估预测性能的函数
dcAlgoPropagate 根据输入文件传播本体注释的函数
dcAncestralML 用快速极大似然算法重建祖先离散状态的函数
dcAncestralMP 用最大简约算法重建祖先离散状态的函数
dcBuildAnno 函数从输入文件构建S4类Anno的对象
dcBuildInfoDataFrame 函数从输入文件构建S4类InfoDataframe的对象
dcBuildOnto 函数将S4类的对象构建到输入文件中
dcConverter 函数在图形类之间转换对象
dcDAGannotate 函数生成由输入注释数据导出的直接无环图(DAG)的子图
dcDAGdomainSim 函数用于基于带注释数据的直接无环图(DAG)计算域之间的成对语义相似性
dcDuplicated 函数从输入数据矩阵中确定重复模式
dcEnrichment 函数对给定的一组域进行本体丰富分析
dcFunArgs 函数为输入函数指定(和计算)带有默认值的参数
dcList2Matrix 函数将列表转换为包含三列的矩阵
dcNaivePredict 函数从已知的输入注释执行简单预测
dcRDataLoader 加载dcGOR内置RData的函数
dcRWRpipeline 函数用于设置管道以估计输入域样本数据矩阵和输入图中样本之间基于RWR的接触强度
dcRWRpredict 函数从输入的已知注释和输入图执行基于RWR的本体术语预测
dcSparseMatrix 函数为具有三列的输入文件创建稀疏矩阵
dcSplitArch 函数通过拆分输入体系结构来获取特征列表
dcSubtreeClade 函数从系统发育树中提取给定分支下的子树
dcSubtreeTips 函数从系统发育树中提取一个顶端诱导的子树
dcSupraBetter 函数可以找到得分高于单个域的超域
dcTreeConnectivity 函数从系统发育树中计算父代和子代之间的稀疏连接矩阵
dData 为S4类Anno定义的方法
dData-method 为S4类Anno定义的方法
description 为S4类数据网络定义的方法
description-method 为S4类数据网络定义的方法
dgCMatrix2Anno 为S4类Anno定义的方法
dgCMatrix2Cnetwork 为S4类网络定义的方法
dgCMatrix2Dnetwork 为S4类数据网络定义的方法
dgCMatrix2Onto 为S4类定义的方法
dim-method 为S4类Anno定义的方法
dim-method 为S4类网络定义的方法
dim-method 为S4类数据网络定义的方法
dim-method 为S4类InfoDataFrame定义的方法
dim-method 为S4类定义的方法
dimLabels 为S4类InfoDataFrame定义的方法
dimLabels-method 为S4类InfoDataFrame定义的方法
Dnetwork S4类数据网络定义
Dnetwork-class S4类数据网络定义
Dnetwork-method 为S4类数据网络定义的方法
domainData 为S4类Anno定义的方法
domainData-method 为S4类Anno定义的方法
domainNames 为S4类Anno定义的方法
domainNames-method 为S4类Anno定义的方法
Eoutput S4类输出定义
Eoutput-class S4类输出定义
Eoutput-method 为S4类输出定义的方法
eTOL 真核生物生命树
id 为S4类数据网络定义的方法
id-method 为S4类数据网络定义的方法
InfoDataFrame S4类InfoDataFrame的定义
InfoDataFrame-class S4类InfoDataFrame的定义
InfoDataFrame-method 为S4类InfoDataFrame定义的方法
InterPro InterPro域(InterPro)。
InterPro2GOBP 基因本体生物过程(GOBP)对InterPro域的注释。
InterPro2GOCC 基因本体细胞组分(GOCC)对InterPro结构域的注释。
InterPro2GOMF 用基因本体论分子功能(GOMF)对InterPro结构域进行注释。
level 为S4类数据网络定义的方法
level-method 为S4类数据网络定义的方法
matrix2Anno 为S4类Anno定义的方法
matrix2Cnetwork 为S4类网络定义的方法
matrix2Dnetwork 为S4类数据网络定义的方法
matrix2Onto 为S4类定义的方法
ncol 为S4类InfoDataFrame定义的方法
ncol-method 为S4类InfoDataFrame定义的方法
nInfo 为S4类定义的方法
nInfo-method 为S4类网络定义的方法
nInfo-method 为S4类数据网络定义的方法
nInfo-method 为S4类定义的方法
nodeInfo 为S4类定义的方法
nodeInfo-method 为S4类网络定义的方法
nodeInfo-method 为S4类数据网络定义的方法
nodeInfo-method 为S4类定义的方法
nodeNames 为S4类定义的方法
nodeNames-method 为S4类网络定义的方法
nodeNames-method 为S4类数据网络定义的方法
nodeNames-method 为S4类定义的方法
nrow 为S4类InfoDataFrame定义的方法
nrow-method 为S4类InfoDataFrame定义的方法
Onto S4类定义
Onto-class S4类定义
Onto-method 为S4类定义的方法
onto.DO 疾病本体论(DO)。
onto.GOBP 基因本体论生物过程。
onto.GOCC 基因本体细胞成分(GOCC)。
onto.GOMF 基因本体论分子功能(GOMF)。
onto.HPMI 人类表型遗传模式(HPMI)。
onto.HPON 人类表型发病和临床进程(HPON)。
onto.HPPA 人类表型异常(HPPA)。
onto.MP 哺乳动物表型(MP)。
Pfam Pfam域(Pfam)。
Pfam2GOBP 基因本体生物过程(GOBP)对Pfam结构域的注释。
Pfam2GOCC 基因本体细胞成分(GOCC)对Pfam结构域的注释。
Pfam2GOMF 基因本体分子功能(GOMF)对Pfam结构域的注释。
pvalue 为S4类输出定义的方法
pvalue-method 为S4类Coutput定义的方法
pvalue-method 为S4类输出定义的方法
ratio 为S4类Coutput定义的方法
ratio-method 为S4类Coutput定义的方法
Rfam RNA家族(Rfam)。
Rfam2GOBP 基因本体生物过程(GOBP)对Rfam-RNA家族的注释。
Rfam2GOCC 基因本体细胞组分对Rfam-RNA家族的注释。
Rfam2GOMF 基因本体论分子功能(GOMF)对Rfam-RNA家族的注释。
rowNames 为S4类InfoDataFrame定义的方法
rowNames-method 为S4类InfoDataFrame定义的方法
SCOP.fa SCOP域族(fa)。
SCOP.fa2DO 疾病本体(DO)对SCOP域家族(fa)的注释。
SCOP.fa2GOBP 基因本体生物过程(GOBP)对SCOP结构域家族(fa)的注释。
SCOP.fa2GOCC 基因本体细胞组分(GOCC)对SCOP结构域家族(fa)的注释。
SCOP.fa2GOMF 基因本体论分子功能(GOMF)对SCOP结构域家族(fa)的注释。
SCOP.fa2HPMI 人类表型遗传模式(HPMI)对SCOP结构域家族(fa)的注释。
SCOP.fa2HPON SCOP结构域家族(fa)在人类表型发病和临床进程(HPON)中的注释。
SCOP.fa2HPPA 人类表型异常(HPPA)对SCOP结构域家族(fa)的注释。
SCOP.fa2MP 哺乳动物表型(MP)对SCOP结构域家族(fa)的注释。
SCOP.sf SCOP结构域超家族(sf)。
SCOP.sf2DO 疾病本体论(DO)对SCOP域超家族(sf)的注释。
SCOP.sf2GOBP 基因本体生物过程(GOBP)对SCOP结构域超家族(sf)的注释。
SCOP.sf2GOCC 基因本体细胞组分(GOCC)对SCOP结构域超家族(sf)的注释。
SCOP.sf2GOMF 用基因本体论分子功能(GOMF)对SCOP结构域超家族(sf)进行注释。
SCOP.sf2HPMI 人类表型遗传模式(HPMI)对SCOP结构域超家族(sf)的注释。
SCOP.sf2HPON SCOP结构域超家族(sf)在人类表型发病和临床进程(HPON)中的注释。
SCOP.sf2HPPA 人类表型异常(HPPA)对SCOP结构域超家族(sf)的注释。
SCOP.sf2MP 哺乳动物表型(MP)对SCOP结构域超家族(sf)的注释。
show-method 为S4类Anno定义的方法
show-method 为S4类网络定义的方法
show-method 为S4类Coutput定义的方法
show-method 为S4类数据网络定义的方法
show-method 为S4类输出定义的方法
show-method 为S4类InfoDataFrame定义的方法
show-method 为S4类定义的方法
tData 为S4类Anno定义的方法
tData-method 为S4类Anno定义的方法
termData 为S4类Anno定义的方法
termData-method 为S4类Anno定义的方法
termNames 为S4类Anno定义的方法
termNames-method 为S4类Anno定义的方法
term_distance 为S4类定义的方法
term_distance-method 为S4类定义的方法
term_id 为S4类定义的方法
term_id-method 为S4类定义的方法
term_name 为S4类定义的方法
term_name-method 为S4类定义的方法
term_namespace 为S4类定义的方法
term_namespace-method 为S4类定义的方法
view 为S4类输出定义的方法
view-method 为S4类输出定义的方法
visEnrichment 在本体层次结构的上下文中可视化丰富分析输出的函数
write 为S4类输出定义的方法
write-method 为S4类Coutput定义的方法
write-method 为S4类输出定义的方法
zscore 为S4类输出定义的方法
zscore-method 为S4类Coutput定义的方法
zscore-method 为S4类输出定义的方法
[-method 为S4类Anno定义的方法
[-method 为S4类网络定义的方法
[-method 为S4类数据网络定义的方法
[-method 为S4类InfoDataFrame定义的方法
[-method 为S4类定义的方法