AdjData | 虚拟数据的定义 | ||
AdjData-class | 虚拟数据的定义 | ||
adjMatrix | 为S4类定义的方法 | ||
adjMatrix-method | 为S4类网络定义的方法 | ||
adjMatrix-method | 为S4类数据网络定义的方法 | ||
adjMatrix-method | 为S4类定义的方法 | ||
adjp | 为S4类输出定义的方法 | ||
adjp-method | 为S4类Coutput定义的方法 | ||
adjp-method | 为S4类输出定义的方法 | ||
Ancestral_domainome | 真核生物祖先超家族结构域库 | ||
Anno | S4类Anno定义 | ||
Anno-class | S4类Anno定义 | ||
Anno-method | 为S4类Anno定义的方法 | ||
AnnoData | 虚拟S4类AnnoData的定义 | ||
annoData | 为S4类Anno定义的方法 | ||
AnnoData-class | 虚拟S4类AnnoData的定义 | ||
annoData-method | 为S4类Anno定义的方法 | ||
Cnetwork | S4类网络定义 | ||
cnetwork | 为S4类Coutput定义的方法 | ||
Cnetwork-class | S4类网络定义 | ||
Cnetwork-method | 为S4类网络定义的方法 | ||
cnetwork-method | 为S4类Coutput定义的方法 | ||
colNames | 为S4类InfoDataFrame定义的方法 | ||
colNames-method | 为S4类InfoDataFrame定义的方法 | ||
Coutput | S4类输出定义 | ||
Coutput-class | S4类输出定义 | ||
Coutput-method | 为S4类Coutput定义的方法 | ||
Data | 为S4类InfoDataFrame定义的方法 | ||
Data-method | 为S4类InfoDataFrame定义的方法 | ||
data.frame2InfoDataFrame | 为S4类InfoDataFrame定义的方法 | ||
dcAlgo | 应用dcGO算法推断以领域为中心的本体的函数 | ||
dcAlgoPredict | 用于预测给定领域体系结构(包括各个领域)的本体术语的函数 | ||
dcAlgoPredictGenome | 用于预测具有域结构(包括单个域)的基因组的本体术语的函数 | ||
dcAlgoPredictMain | 函数,用于预测给定的包含域体系结构(包括各个域)的输入文件中的本体术语 | ||
dcAlgoPredictPR | 通过精确召回(PR)分析评估预测性能的函数 | ||
dcAlgoPropagate | 根据输入文件传播本体注释的函数 | ||
dcAncestralML | 用快速极大似然算法重建祖先离散状态的函数 | ||
dcAncestralMP | 用最大简约算法重建祖先离散状态的函数 | ||
dcBuildAnno | 函数从输入文件构建S4类Anno的对象 | ||
dcBuildInfoDataFrame | 函数从输入文件构建S4类InfoDataframe的对象 | ||
dcBuildOnto | 函数将S4类的对象构建到输入文件中 | ||
dcConverter | 函数在图形类之间转换对象 | ||
dcDAGannotate | 函数生成由输入注释数据导出的直接无环图(DAG)的子图 | ||
dcDAGdomainSim | 函数用于基于带注释数据的直接无环图(DAG)计算域之间的成对语义相似性 | ||
dcDuplicated | 函数从输入数据矩阵中确定重复模式 | ||
dcEnrichment | 函数对给定的一组域进行本体丰富分析 | ||
dcFunArgs | 函数为输入函数指定(和计算)带有默认值的参数 | ||
dcList2Matrix | 函数将列表转换为包含三列的矩阵 | ||
dcNaivePredict | 函数从已知的输入注释执行简单预测 | ||
dcRDataLoader | 加载dcGOR内置RData的函数 | ||
dcRWRpipeline | 函数用于设置管道以估计输入域样本数据矩阵和输入图中样本之间基于RWR的接触强度 | ||
dcRWRpredict | 函数从输入的已知注释和输入图执行基于RWR的本体术语预测 | ||
dcSparseMatrix | 函数为具有三列的输入文件创建稀疏矩阵 | ||
dcSplitArch | 函数通过拆分输入体系结构来获取特征列表 | ||
dcSubtreeClade | 函数从系统发育树中提取给定分支下的子树 | ||
dcSubtreeTips | 函数从系统发育树中提取一个顶端诱导的子树 | ||
dcSupraBetter | 函数可以找到得分高于单个域的超域 | ||
dcTreeConnectivity | 函数从系统发育树中计算父代和子代之间的稀疏连接矩阵 | ||
dData | 为S4类Anno定义的方法 | ||
dData-method | 为S4类Anno定义的方法 | ||
description | 为S4类数据网络定义的方法 | ||
description-method | 为S4类数据网络定义的方法 | ||
dgCMatrix2Anno | 为S4类Anno定义的方法 | ||
dgCMatrix2Cnetwork | 为S4类网络定义的方法 | ||
dgCMatrix2Dnetwork | 为S4类数据网络定义的方法 | ||
dgCMatrix2Onto | 为S4类定义的方法 | ||
dim-method | 为S4类Anno定义的方法 | ||
dim-method | 为S4类网络定义的方法 | ||
dim-method | 为S4类数据网络定义的方法 | ||
dim-method | 为S4类InfoDataFrame定义的方法 | ||
dim-method | 为S4类定义的方法 | ||
dimLabels | 为S4类InfoDataFrame定义的方法 | ||
dimLabels-method | 为S4类InfoDataFrame定义的方法 | ||
Dnetwork | S4类数据网络定义 | ||
Dnetwork-class | S4类数据网络定义 | ||
Dnetwork-method | 为S4类数据网络定义的方法 | ||
domainData | 为S4类Anno定义的方法 | ||
domainData-method | 为S4类Anno定义的方法 | ||
domainNames | 为S4类Anno定义的方法 | ||
domainNames-method | 为S4类Anno定义的方法 | ||
Eoutput | S4类输出定义 | ||
Eoutput-class | S4类输出定义 | ||
Eoutput-method | 为S4类输出定义的方法 | ||
eTOL | 真核生物生命树 | ||
id | 为S4类数据网络定义的方法 | ||
id-method | 为S4类数据网络定义的方法 | ||
InfoDataFrame | S4类InfoDataFrame的定义 | ||
InfoDataFrame-class | S4类InfoDataFrame的定义 | ||
InfoDataFrame-method | 为S4类InfoDataFrame定义的方法 | ||
InterPro | InterPro域(InterPro)。 | ||
InterPro2GOBP | 基因本体生物过程(GOBP)对InterPro域的注释。 | ||
InterPro2GOCC | 基因本体细胞组分(GOCC)对InterPro结构域的注释。 | ||
InterPro2GOMF | 用基因本体论分子功能(GOMF)对InterPro结构域进行注释。 | ||
level | 为S4类数据网络定义的方法 | ||
level-method | 为S4类数据网络定义的方法 | ||
matrix2Anno | 为S4类Anno定义的方法 | ||
matrix2Cnetwork | 为S4类网络定义的方法 | ||
matrix2Dnetwork | 为S4类数据网络定义的方法 | ||
matrix2Onto | 为S4类定义的方法 | ||
ncol | 为S4类InfoDataFrame定义的方法 | ||
ncol-method | 为S4类InfoDataFrame定义的方法 | ||
nInfo | 为S4类定义的方法 | ||
nInfo-method | 为S4类网络定义的方法 | ||
nInfo-method | 为S4类数据网络定义的方法 | ||
nInfo-method | 为S4类定义的方法 | ||
nodeInfo | 为S4类定义的方法 | ||
nodeInfo-method | 为S4类网络定义的方法 | ||
nodeInfo-method | 为S4类数据网络定义的方法 | ||
nodeInfo-method | 为S4类定义的方法 | ||
nodeNames | 为S4类定义的方法 | ||
nodeNames-method | 为S4类网络定义的方法 | ||
nodeNames-method | 为S4类数据网络定义的方法 | ||
nodeNames-method | 为S4类定义的方法 | ||
nrow | 为S4类InfoDataFrame定义的方法 | ||
nrow-method | 为S4类InfoDataFrame定义的方法 | ||
Onto | S4类定义 | ||
Onto-class | S4类定义 | ||
Onto-method | 为S4类定义的方法 | ||
onto.DO | 疾病本体论(DO)。 | ||
onto.GOBP | 基因本体论生物过程。 | ||
onto.GOCC | 基因本体细胞成分(GOCC)。 | ||
onto.GOMF | 基因本体论分子功能(GOMF)。 | ||
onto.HPMI | 人类表型遗传模式(HPMI)。 | ||
onto.HPON | 人类表型发病和临床进程(HPON)。 | ||
onto.HPPA | 人类表型异常(HPPA)。 | ||
onto.MP | 哺乳动物表型(MP)。 | ||
Pfam | Pfam域(Pfam)。 | ||
Pfam2GOBP | 基因本体生物过程(GOBP)对Pfam结构域的注释。 | ||
Pfam2GOCC | 基因本体细胞成分(GOCC)对Pfam结构域的注释。 | ||
Pfam2GOMF | 基因本体分子功能(GOMF)对Pfam结构域的注释。 | ||
pvalue | 为S4类输出定义的方法 | ||
pvalue-method | 为S4类Coutput定义的方法 | ||
pvalue-method | 为S4类输出定义的方法 | ||
ratio | 为S4类Coutput定义的方法 | ||
ratio-method | 为S4类Coutput定义的方法 | ||
Rfam | RNA家族(Rfam)。 | ||
Rfam2GOBP | 基因本体生物过程(GOBP)对Rfam-RNA家族的注释。 | ||
Rfam2GOCC | 基因本体细胞组分对Rfam-RNA家族的注释。 | ||
Rfam2GOMF | 基因本体论分子功能(GOMF)对Rfam-RNA家族的注释。 | ||
rowNames | 为S4类InfoDataFrame定义的方法 | ||
rowNames-method | 为S4类InfoDataFrame定义的方法 | ||
SCOP.fa | SCOP域族(fa)。 | ||
SCOP.fa2DO | 疾病本体(DO)对SCOP域家族(fa)的注释。 | ||
SCOP.fa2GOBP | 基因本体生物过程(GOBP)对SCOP结构域家族(fa)的注释。 | ||
SCOP.fa2GOCC | 基因本体细胞组分(GOCC)对SCOP结构域家族(fa)的注释。 | ||
SCOP.fa2GOMF | 基因本体论分子功能(GOMF)对SCOP结构域家族(fa)的注释。 | ||
SCOP.fa2HPMI | 人类表型遗传模式(HPMI)对SCOP结构域家族(fa)的注释。 | ||
SCOP.fa2HPON | SCOP结构域家族(fa)在人类表型发病和临床进程(HPON)中的注释。 | ||
SCOP.fa2HPPA | 人类表型异常(HPPA)对SCOP结构域家族(fa)的注释。 | ||
SCOP.fa2MP | 哺乳动物表型(MP)对SCOP结构域家族(fa)的注释。 | ||
SCOP.sf | SCOP结构域超家族(sf)。 | ||
SCOP.sf2DO | 疾病本体论(DO)对SCOP域超家族(sf)的注释。 | ||
SCOP.sf2GOBP | 基因本体生物过程(GOBP)对SCOP结构域超家族(sf)的注释。 | ||
SCOP.sf2GOCC | 基因本体细胞组分(GOCC)对SCOP结构域超家族(sf)的注释。 | ||
SCOP.sf2GOMF | 用基因本体论分子功能(GOMF)对SCOP结构域超家族(sf)进行注释。 | ||
SCOP.sf2HPMI | 人类表型遗传模式(HPMI)对SCOP结构域超家族(sf)的注释。 | ||
SCOP.sf2HPON | SCOP结构域超家族(sf)在人类表型发病和临床进程(HPON)中的注释。 | ||
SCOP.sf2HPPA | 人类表型异常(HPPA)对SCOP结构域超家族(sf)的注释。 | ||
SCOP.sf2MP | 哺乳动物表型(MP)对SCOP结构域超家族(sf)的注释。 | ||
show-method | 为S4类Anno定义的方法 | ||
show-method | 为S4类网络定义的方法 | ||
show-method | 为S4类Coutput定义的方法 | ||
show-method | 为S4类数据网络定义的方法 | ||
show-method | 为S4类输出定义的方法 | ||
show-method | 为S4类InfoDataFrame定义的方法 | ||
show-method | 为S4类定义的方法 | ||
tData | 为S4类Anno定义的方法 | ||
tData-method | 为S4类Anno定义的方法 | ||
termData | 为S4类Anno定义的方法 | ||
termData-method | 为S4类Anno定义的方法 | ||
termNames | 为S4类Anno定义的方法 | ||
termNames-method | 为S4类Anno定义的方法 | ||
term_distance | 为S4类定义的方法 | ||
term_distance-method | 为S4类定义的方法 | ||
term_id | 为S4类定义的方法 | ||
term_id-method | 为S4类定义的方法 | ||
term_name | 为S4类定义的方法 | ||
term_name-method | 为S4类定义的方法 | ||
term_namespace | 为S4类定义的方法 | ||
term_namespace-method | 为S4类定义的方法 | ||
view | 为S4类输出定义的方法 | ||
view-method | 为S4类输出定义的方法 | ||
visEnrichment | 在本体层次结构的上下文中可视化丰富分析输出的函数 | ||
write | 为S4类输出定义的方法 | ||
write-method | 为S4类Coutput定义的方法 | ||
write-method | 为S4类输出定义的方法 | ||
zscore | 为S4类输出定义的方法 | ||
zscore-method | 为S4类Coutput定义的方法 | ||
zscore-method | 为S4类输出定义的方法 | ||
[-method | 为S4类Anno定义的方法 | ||
[-method | 为S4类网络定义的方法 | ||
[-method | 为S4类数据网络定义的方法 | ||
[-method | 为S4类InfoDataFrame定义的方法 | ||
[-method | 为S4类定义的方法 |