| ancRECON | 祖国重建 | ||
| ConvertPhangornReconstructions | 将phangorn重建转换为向量 | ||
| corDISC | 相关进化二元性状 | ||
| corHMM | 隐藏率模型 | ||
| dev.raydisc | 范畴特征的演化 | ||
| dropStateMatPars | 组合多个速率类索引矩阵 | ||
| equateStateMatPars | 组合多个速率类索引矩阵 | ||
| getFullMat | 组合多个速率类索引矩阵 | ||
| getRateCatMat | 组合多个速率类索引矩阵 | ||
| getStateMat4Dat | 从数据集生成索引矩阵和图例 | ||
| makeSimmap | 模拟角色历史 | ||
| plotMKmodel | 绘制马尔可夫模型 | ||
| plotRECON | 绘制祖先状态重建图 | ||
| primates | 示例数据集 | ||
| primates.paint | 示例数据集 | ||
| rayDISC | 范畴特征的演化 | ||
| rayDISC.example | 示例数据集 |