R语言clinDR包说明文档(版本 2.3)

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clinDR-package 临床剂量反应的贝叶斯和最大似然Emax模型拟合、图形和模拟。
"Extract.emaxsim" 从emaxsim的输出中提取模拟
"Extract.emaxsimB" 从emaxsimB的输出中提取模拟
checkMonoEmax Emax(单调)模型拟合的Bayes后验预测检验
coef.emaxsim 提取Emax模型参数估计
coef.emaxsimB 提取Emax模型参数估计
coef.fitEmax 提取Emax模型参数估计
coef.fitEmaxB 提取Emax模型参数估计
compileStanModels 安装包“clinDR”后编译“rstan”Emax模型
DRDensityPlot 绘制点网格上的贝叶斯或置信区间密度等值线(通常是剂量或时间)
emaxalt 拟合4参数或3参数Emax模型,如果无法收敛,则用更简单的曲线代替。
emaxfun 双曲和S形Emax模型的矢量化版本
emaxPrior.control 为“fitEmaxB”中实现的Emax模型设置先验分布的参数。
emaxsim 模拟Emax极大似然估计
emaxsimB 模拟Emax贝叶斯估计
fitEmax 双曲线或sigmoidal Emax模型对连续/二元剂量反应数据的ML拟合。
fitEmaxB 双曲线或sigmoidal Emax模型对连续/二元剂量反应数据的贝叶斯拟合。
FixedMean 固定平均数(比例)随机数据构造函数,用于连续或二进制数据的emaxsim
mcmc.control 函数“fitEmaxB”中“restan”执行的设置
metaData 多个已发表荟萃分析的剂量反应数据
nllogis 二元剂量反应logit标度上3或4参数Emax模型的负对数似然函数。
plot.emaxsim 绘制emaxsim的输出
plot.emaxsimB 绘制emaxsimB的输出
plot.emaxsimBobj 从emaxsimB生成的数据集绘制剂量响应图
plot.emaxsimobj 从emaxsim生成的数据集绘制剂量响应图
plot.fitEmax 绘制Emax模型和剂量组平均值。
plot.fitEmaxB 绘制Emax模型和剂量组平均值。
plot.plotB 绘制Bayes剂量反应曲线和剂量组平均值
plotB 绘制Bayes剂量反应曲线和剂量组平均值
plotBdensity 显示Bayes前后剂量反应的密度图
plotD 剂量组基本图
predict.emaxalt 通过函数emaxalt输出的模拟对象指定剂量的平均响应和SE
predict.emaxsim emaxsim对象中每个复制数据集的指定剂量的平均响应和SE
predict.emaxsimB emaxsimB对象中每个复制数据集的平均响应和SE
predict.emaxsimBobj 模拟emaxsimBobj对象指定剂量的平均反应估计(后验平均数)和SE(后验标准差)
predict.emaxsimobj 模拟EmaxiMobj对象指定剂量的平均反应和SE
predict.fitEmax 由3或4参数Emax模型的最大似然拟合得出的估计均值/比例和置信区间。
predict.fitEmaxB 从贝叶斯双曲线或sigmiodial Emax模型得出的估计平均值和后验间隔。
print.emaxsim 从emaxsim打印模拟输出
print.emaxsimB 从emaxsimB打印模拟输出
print.emaxsimBobj 打印已安装的Emax型号的摘要
print.emaxsimobj 打印由emaxsim生成的数据集
print.fitEmax 打印已安装的Emax型号的摘要
print.fitEmaxB 打印拟合的贝叶斯Emax模型的摘要
prior.control 为“fitEmaxB”中实现的Emax模型设置先验分布的参数。
RandEmax emaxsim的随机数据构造函数为连续或二进制数据的Emax模型创建随机参数。
SeEmax 三参数或四参数Emax模型剂量反应估计的渐近SE
selEstan 选择预编译的“rstan”Emax模型
showStanModels 显示“STAN”型号代码。
sigma.emaxsim 提取Emax模型残差SD估计
sigma.emaxsimB 提取Emax模型残差SD估计
sigma.fitEmax 提取Emax模型残差SD估计
sigma.fitEmaxB 提取Emax模型残差SD估计
solveDose 求解目标值的Emax函数
solveEmax 求解目标值的Emax函数
startEmax 计算3-Emax或4-Emax模型的起始参数值。
summary.emaxsim emaxsim输出摘要
summary.emaxsimB emaxsimB输出汇总
summary.emaxsimBobj 将Emax fit汇总到emaxsimB生成的数据集
summary.emaxsimobj 将Emax fit汇总到emaxsim生成的数据集
summary.fitEmax 打印已安装的Emax型号的摘要
summary.fitEmaxB 打印拟合的贝叶斯Emax模型的摘要
targetBeta 找到与指定概率匹配的比例Beta分布
targetCI 对于emaxsim对象中的每个模拟示例,计算置信区间超过安慰剂目标变化的剂量。
targetD 计算从安慰剂中获得特定目标改善的剂量的MLE(及其SE)。
update.emaxsimobj 在emaxsim生成的数据集中更新估计
vcov.emaxsim 最大似然估计的Emax模型方差协方差矩阵的提取
vcov.fitEmax 最大似然估计的Emax模型方差协方差矩阵的提取
[.emaxsim 从emaxsim的输出中提取模拟
[.emaxsimB 从emaxsimB的输出中提取模拟