R语言circlize包说明文档(版本 0.4.11)
返回R语言所有包列表
circlize-package
R中的圆形可视化
add_transparency
为颜色添加透明度
adjacencyList2Matrix
将邻接列表转换为邻接矩阵
adjacencyMatrix2List
将邻接矩阵转换为邻接列表
calc_gap
计算间距以制作相同比例的两张弦图
CELL_META
在当前单元格中获取元数据的简单方法
chordDiagram
绘制弦图
chordDiagramFromDataFrame
从数据框绘制弦图
chordDiagramFromMatrix
从邻接矩阵绘制弦图
circlize
转换为极坐标系
circos.arrow
画与圆圈平行的箭头
circos.axis
绘制x轴
circos.barplot
绘制条形图
circos.boxplot
绘制箱线图
circos.clear
重置圆形布局参数
circos.dendrogram
添加圆形树状图
circos.genomicAxis
添加基因组轴
circos.genomicDensity
计算并添加基因组密度轨迹
circos.genomicHeatmap
为选定区域添加热图
circos.genomicIdeogram
添加表意字符轨迹
circos.genomicInitialize
用任何基因组数据初始化循环图
circos.genomicLabels
为指定的基因组区域添加标签
circos.genomicLines
为绘图区域添加线条,特别是基因组图形
circos.genomicLink
从两组基因组位置添加链接
circos.genomicPoints
为绘图区域添加点,特别是基因组图形
circos.genomicPosTransformLines
在轨道之间添加基因组位置转换线
circos.genomicRainfall
基因组降雨图
circos.genomicRect
绘制矩形网格,专门用于基因组图形
circos.genomicText
在细胞中绘制文本,特别是基因组图形
circos.genomicTrack
为基因组图形创建轨迹
circos.genomicTrackPlotRegion
为基因组图形创建轨迹
circos.heatmap
制作圆形热图
circos.heatmap.initialize
初始化循环热图
circos.heatmap.link
在圆形热图中的两个矩阵行之间绘制链接
circos.info
获取圆形图的信息
circos.initialize
初始化圆形布局
circos.initializeWithIdeogram
用象形文字初始化圆形布局
circos.lines
向打印区域添加线
circos.link
在点或/和间隔之间绘制链接
circos.nested
使用两个圆形绘图进行嵌套缩放
circos.par
圆形布局的参数
circos.points
向打印区域添加点
circos.polygon
绘制多边形
circos.raster
添加光栅图像
circos.rect
绘制矩形网格
circos.segments
通过成对的点绘制线段
circos.text
在单元格中绘制文本
circos.track
为整个轨迹创建打印区域
circos.trackHist
在整个轨迹的单元格中绘制直方图
circos.trackLines
向同一轨迹中的打印区域添加线
circos.trackPlotRegion
为整个轨迹创建打印区域
circos.trackPoints
向同一轨迹中的打印区域添加点
circos.trackText
在整个轨迹的单元格中绘制文本
circos.triangle
画三角形
circos.update
为整个轨迹创建打印区域
circos.updatePlotRegion
更新现有单元格中的打印区域
circos.violin
画小提琴情节
circos.xaxis
绘制x轴
circos.yaxis
绘制y轴
cm_h
换算单位
cm_x
在数据坐标中转换x方向上的单位
cm_y
在数据坐标中y方向上转换单位
col2value
从颜色转换回值
colorRamp2
颜色插值
convert_height
换算单位
convert_length
换算单位
convert_x
在数据坐标中转换x方向上的单位
convert_y
在数据坐标中y方向上转换单位
cytoband.col
根据Giemsa染色结果为细胞遗传带(hg19)指定颜色
degree
将该值标记为度值
draw.sector
把扇形或环形画成一个圆
fontsize
将fontsize转换为cex
generateRandomBed
生成随机基因组数据
genomicDensity
计算基因组区域密度
get.all.sector.index
获取所有部门的索引
get.all.track.index
获取所有曲目的索引
get.cell.meta.data
获取单元格的元数据
get.current.chromosome
获取当前染色体名称
get.current.sector.index
获取当前扇区索引
get.current.track.index
获取当前曲目索引
getI
那是什么数据panel.fun公司'正在使用
highlight.chromosome
突出显示染色体
highlight.sector
突出显示扇区和轨迹
inches_h
换算单位
inches_x
在数据坐标中转换x方向上的单位
inches_y
在数据坐标中y方向上转换单位
inch_h
换算单位
inch_x
在数据坐标中转换x方向上的单位
inch_y
在数据坐标中y方向上转换单位
mm_h
换算单位
mm_x
在数据坐标中转换x方向上的单位
mm_y
在数据坐标中y方向上转换单位
names.CELL_META
当前单元格中所有元数据的名称
posTransform.default
基因组位置转换功能
posTransform.text
特定于文本的基因组位置转换功能
print.CELL_META
打印filename_points_covered_by_landmarks
rainfallTransform
计算基因组区域间的距离
rand_color
生成随机颜色
read.chromInfo
从数据帧/文件/UCSC数据库读取/解析chromInfo数据
read.cytoband
从数据帧/文件/UCSC数据库读取/解析细胞带数据
reverse.circlize
转换为数据坐标系
set.current.cell
将标志设置为当前单元格
set_track_gap
设置轨迹之间的间距
show.index
在每个单元格上标记扇区索引和磁道索引
smartAlign
调整文本位置
Subset.CELL_META
在当前单元格中获取元数据的简单方法
uh
换算单位
ux
在数据坐标中转换x方向上的单位
uy
在数据坐标中y方向上转换单位
$.CELL_META
在当前单元格中获取元数据的简单方法