R语言cghRA包说明文档(版本 1.6.0)

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Agilent.design 设计文件解析器
Agilent.probes 探测文件分析器
applyMap 更新轨迹坐标以匹配不同的CGH设计
bias 探针序列的WACA偏差计算
blatInstall CGH探针在基因组中的定位
cghRA.array cghRA.数组类构造函数
cghRA.array-class “类”cghRA.数组"'
cghRA.copies cghRA.副本类构造函数
cghRA.copies-class “类”cghRA.副本"'
cghRA.design cghRA.设计类构造函数
cghRA.design-class “类”cghRA.设计"'
cghRA.probes cghRA.探头类构造函数
cghRA.probes-class “类”cghRA.探头"'
cghRA.regions cghRA区域类构造函数
cghRA.regions-class “类”cghRA区域"'
cghRA.series cghRA系列类构造函数
cghRA.series-class “类”cghRA系列"'
cnvScore 基因组片段的多态性可能性评分
copies 对数比转换
custom.design 设计文件解析器
custom.probes 探测文件分析器
Design file parser 设计文件解析器
drawableFromClass.cghRA.probes 将Rgb兼容性扩展到cghRA.探头
fillGaps 填充连续线段之间的间隙
GEDI 基因表达与剂量积分
LCN 对数比转换
localize CGH探针在基因组中的定位
LRA 短期/长期复发异常检测
map2design 更新轨迹坐标以匹配不同的CGH设计
model.apply 计算一组CGH段的拷贝数
model.auto 拷贝数模型的自动生成
model.test 拷贝数模型质量评估
parallelize 重塑线段列表的形状
parseKaryo 解析一个类似核型的公式
penetrance 由一系列线段计算外显率
Probe file parser 探测文件分析器
process cghRA阵列处理
process.applyModel cghRA阵列处理
process.core cghRA阵列处理
process.default cghRA阵列处理
process.export cghRA阵列处理
process.fill cghRA阵列处理
process.fittest cghRA阵列处理
process.log cghRA阵列处理
process.mask cghRA阵列处理
process.modelize cghRA阵列处理
process.parse cghRA阵列处理
process.probes cghRA阵列处理
process.regions cghRA阵列处理
process.replicates cghRA阵列处理
process.segment cghRA阵列处理
process.spatial cghRA阵列处理
process.waca cghRA阵列处理
segmentMap-class 类“segmentMap”
SRA 短期/长期复发异常检测
STEPS 外显率激增证明的选择性趋势
tk.annotate 交互式cghRA轨迹标注
tk.cghRA cghRA Tcl Tk发射器
tk.design 交互式cghRA设计处理
tk.modelize 交互式拷贝数模型化
tk.process cghRA阵列处理
tk.series 交互式cghRA系列处理
tk.value Tk接口实用程序
trace2track 将cnvScore轨迹转换为可绘制轨迹
track.CNV.DGVsupp DGV支持变量解析器
WACA 波浪aCGH校正算法
xRA 短期/长期复发异常检测