| caper-package | 植物系统发育与进化的比较分析（caper） | ||
| anova.caic | 独立对比模型的方差分析和模型检验方法。 | ||
| anova.caiclist | 独立对比模型的方差分析和模型检验方法。 | ||
| anova.pgls | “pgls”模型的方差分析和AIC表。 | ||
| anova.pglslist | “pgls”模型的方差分析和AIC表。 | ||
| as.comparative.data | 比较数据集创建 | ||
| as.comparative.data.growTree | 特征树模拟。 | ||
| BayesTraitsMods | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| benchBayesTraitsOutputs | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| benchBrunchOutputs | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| benchCrunchOutputs | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| benchData | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| benchFuscoOutputs | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| benchMacroCAICOutputs | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| benchMesaOutputs | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| benchTestInputs | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| benchTreeDicho | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| benchTreePoly | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| BritishBirds | 英国鸟类保护现状（Thomas 2008） | ||
| BritishBirds.data | 英国鸟类保护现状（Thomas 2008） | ||
| BritishBirds.tree | 英国鸟类保护现状（Thomas 2008） | ||
| brunch | 比较分析采用早午餐算法。 | ||
| caic-class | “caic”S3对象类和方法 | ||
| CAIC.BrDi1057 | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| CAIC.BrDi1157 | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| CAIC.BrDi813 | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| CAIC.BrDi913 | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| CAIC.BrPl1057 | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| CAIC.BrPl1157 | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| CAIC.BrPl813 | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| CAIC.BrPl913 | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| CAIC.CrDi213 | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| CAIC.CrDi657 | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| CAIC.CrPl213 | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| CAIC.CrPl413 | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| CAIC.CrPl657 | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| caic.diagnostics | 独立对比模型的诊断工具 | ||
| caic.label | 独立对比模型的诊断工具 | ||
| caic.robust | 独立对比模型的诊断工具 | ||
| caic.table | 独立对比模型的诊断工具 | ||
| caicStyleArgs | 比较数据集创建 | ||
| caper | 植物系统发育与进化的比较分析（caper） | ||
| caper-benchmarks | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| carnivora.data | caper包的示例数据集 | ||
| carnivora.tree | caper包的示例数据集 | ||
| chiroptera.data | caper包的示例数据集 | ||
| chiroptera.tree | caper包的示例数据集 | ||
| clade.matrix | 从系统发育学中创建分支矩阵 | ||
| clade.members | 标识从节点派生的提示 | ||
| clade.members.list | 标识从节点派生的提示 | ||
| coef.caic | 独立对比模型的方差分析和模型检验方法。 | ||
| coef.pgls | “pgls”模型的通用模型方法。 | ||
| comparative.data | 比较数据集创建 | ||
| contrCalc | 使用crunch算法进行比较分析。 | ||
| crunch | 使用crunch算法进行比较分析。 | ||
| ed.calc | 计算并引导系统发育多样性测量。 | ||
| fitted.pgls | “pgls”模型的通用模型方法。 | ||
| fix | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| fusco.test | 使用Fusco和Cronk方法的不平衡统计。 | ||
| fuscoBirdData | Fusco不平衡计算示例数据集 | ||
| fuscoBirdTree | Fusco不平衡计算示例数据集 | ||
| FuscoDiSpp | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| FuscoDiTax | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| FuscoPolySpp | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| FuscoPolyTax | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| growTree | 特征树模拟。 | ||
| IsaacEtAl | caper包的示例数据集 | ||
| KLD | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| KLd | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| KlD | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| Kld | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| kLD | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| kLd | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| klD | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| kld | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| logLik.caic | 独立对比模型的方差分析和模型检验方法。 | ||
| logLik.pgls | “pgls”模型的方差分析和AIC表。 | ||
| macrocaic | 物种丰富度数据的独立对比分析。 | ||
| MacroCAIC.DiSpp23 | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| MacroCAIC.DiSpp67 | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| MacroCAIC.DiTax23 | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| MacroCAIC.DiTax67 | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| MacroCAIC.PolySpp23 | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| MacroCAIC.PolySpp67 | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| MacroCAIC.PolyTax23 | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| MacroCAIC.PolyTax67 | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| marsupialia.data | caper包的示例数据集 | ||
| marsupialia.tree | caper包的示例数据集 | ||
| MeSA.I | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| na.omit.comparative.data | 比较数据集创建 | ||
| nobs.pgls | “pgls”模型的通用模型方法。 | ||
| nul | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| pd.bootstrap | 计算并引导系统发育多样性测量。 | ||
| pd.calc | 计算并引导系统发育多样性测量。 | ||
| perissodactyla | CAIC包的示例数据集 | ||
| perissodactyla.data | CAIC包的示例数据集 | ||
| perissodactyla.tree | CAIC包的示例数据集 | ||
| pgls | 系统发育广义线性模型 | ||
| pgls.blenTransform | 系统发育广义线性模型 | ||
| pgls.confint | “pgls”模型的似然分布和置信区间。 | ||
| pgls.likelihood | 系统发育广义线性模型 | ||
| pgls.profile | “pgls”模型的似然分布和置信区间。 | ||
| phylo.d | 计算系统发育D统计量 | ||
| phylo.d.subset | 计算系统发育中不同分支间的系统发育D统计量 | ||
| plot.caic | 独立对比模型的方差分析和模型检验方法。 | ||
| plot.fusco | 使用Fusco和Cronk方法的不平衡统计。 | ||
| plot.pgls | “pgls”模型的诊断图。 | ||
| plot.pgls.profile | “pgls”模型的似然分布和置信区间。 | ||
| plot.phylo.d | 计算系统发育D统计量 | ||
| predict.caic | 独立对比模型的方差分析和模型检验方法。 | ||
| predict.pgls | “pgls”模型的通用模型方法。 | ||
| primates.data | caper包的示例数据集 | ||
| primates.tree | caper包的示例数据集 | ||
| print.caic | 总结一个紧缩，早午餐或宏观分析 | ||
| print.caic.diagnostics | 独立对比模型的诊断工具 | ||
| print.comparative.data | 比较数据集创建 | ||
| print.fusco | 使用Fusco和Cronk方法的不平衡统计。 | ||
| print.pgls | “pgls”模型的通用模型方法。 | ||
| print.phylo.d | 计算系统发育D统计量 | ||
| print.phylo.d.subset | 计算系统发育中不同分支间的系统发育D统计量 | ||
| print.summary.pgls | “pgls”模型的通用模型方法。 | ||
| reorder.comparative.data | 比较数据集创建 | ||
| residuals.caic | 独立对比模型的方差分析和模型检验方法。 | ||
| residuals.pgls | “pgls”模型的通用模型方法。 | ||
| shorebird | caper包的示例数据集 | ||
| shorebird.data | caper包的示例数据集 | ||
| shorebird.tree | caper包的示例数据集 | ||
| subset.comparative.data | 比较数据集创建 | ||
| summary.caic | 总结一个紧缩，早午餐或宏观分析 | ||
| summary.fusco | 使用Fusco和Cronk方法的不平衡统计。 | ||
| summary.pgls | “pgls”模型的通用模型方法。 | ||
| summary.phylo.d | 计算系统发育D统计量 | ||
| summary.phylo.d.subset | 计算系统发育中不同分支间的系统发育D统计量 | ||
| syrphidae | Katzourakis等人2001年的食蚜蝇科数据集 | ||
| syrphidaeRich | Katzourakis等人2001年的食蚜蝇科数据集 | ||
| syrphidaeTree | Katzourakis等人2001年的食蚜蝇科数据集 | ||
| testData | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| testTree | 用于基准测试caper的数据集 | ||
| VCV.array | 从系统发育图创建二维或三维方差协方差矩阵 | ||
| [.comparative.data | 比较数据集创建 |