R语言bioseq包说明文档(版本 0.1.2)

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aa 构建氨基酸(AA)载体
aliview AliView:DNA序列查看器
alphabets 生物字母表
as-tibble-ape 将DNAbin/AAbin转换为tible
as-tibble-bioseq 将bioseq DNA、RNA和AA转化为tibble
as_aa 强制氨基酸(AA)载体
as_AAbin 胁迫阿宾
as_AAbin.tbl_df 强迫泰布尔去阿宾
as_dna 对DNA载体的强制作用
as_DNAbin 胁迫德纳宾
as_DNAbin.tbl_df 强迫蒂布接受德纳宾
as_rna 对RNA载体的强制作用
as_seqinr_alignment 强制序列对齐
as_tibble.AAbin 将DNAbin/AAbin转换为tible
as_tibble.bioseq_aa 将bioseq DNA、RNA和AA转化为tibble
as_tibble.bioseq_dna 将bioseq DNA、RNA和AA转化为tibble
as_tibble.bioseq_rna 将bioseq DNA、RNA和AA转化为tibble
as_tibble.DNAbin 将DNAbin/AAbin转换为tible
dic_genetic_codes 遗传密码表
dna 构建DNA载体
fragilaria 各种脆壳菌的DNA序列(rbcL)
genetic-codes 遗传密码表
is_aa 测试对象是否是氨基酸载体
is_dna 测试物体是否是DNA载体
is_rna 测试对象是否是RNA载体
new_aa 氨基酸载体构造器
new_dna DNA载体构造器
new_rna RNA载体构造器
read_fasta 以FASTA格式读取序列
rev_complement 反向序列和补码序列
rna 构建RNA载体
seaview 海景:DNA序列和系统发育树查看器
seq-replace 按顺序替换匹配的模式
seq_cluster 相似聚类
seq_combine 组合多个序列
seq_complement 反向序列和补码序列
seq_consensus 找到一组序列的一致序列。
seq_count_pattern 计算序列中的匹配数
seq_crop_pattern 使用定界模式的作物序列
seq_crop_position 两个位置之间的裁剪顺序
seq_detect_pattern 检测序列中模式的存在
seq_disambiguate_IUPAC 消除生物序列的歧义
seq_extract_pattern 从序列中提取匹配模式
seq_extract_position 提取序列中两个位置之间的区域
seq_nchar 数一数序列中的字符数
seq_nseq 向量中的序列数
seq_remove_pattern 删除序列中的匹配模式
seq_remove_position 按顺序删除两个位置之间的区域。
seq_replace_pattern 按顺序替换匹配的模式
seq_replace_position 依次替换两个位置之间的区域
seq_reverse 反向序列和补码序列
seq_rev_transcribe 转录DNA,反转录RNA
seq_rev_translate 反向翻译氨基酸序列
seq_spellout 拼写序列
seq_split_kmer 将序列分裂成k-mers
seq_split_pattern 分裂序列
seq_stat_gc 计算克+克内容
seq_stat_prop 计算字符的比例
seq_transcribe 转录DNA,反转录RNA
seq_translate 将DNA/RNA序列翻译成氨基酸
transcription 转录DNA,反转录RNA
write_fasta 以FASTA格式写入序列