R语言biogram包说明文档(版本 1.6.3)
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biogram-package
生物图谱.用n图分析生物序列
aaprop
标准化氨基酸性质
add_1grams
加1克
as.data.frame.feature_test
将filename_points_covered_by_landmarks对象强制到数据帧
binarize
二值化
biogram
生物图谱.用n图分析生物序列
calc_criterion
计算标准值
calc_cs
计算卡方测度
calc_ed
计算编码距离
calc_ig
计算单个特征的IG
calc_kl
计算特征的KL散度
calc_pi
计算分区索引
calc_si
计算相似性指数
check_criterion
检查所选标准
cluster_reg_exp
基于正则表达式的序列聚类
code_ngrams
代码n-grams
construct_ngrams
构造和过滤n-grams
count_multigrams
检测并计数序列中的多个n-gram
count_ngrams
按顺序计算n克
count_specified
计数指定的n克
count_total
计算n克的总数
create_encoding
创建编码
create_feature_target
根据给定的权变矩阵创建特征
create_ngrams
获取所有可能的n-gram
criterion_distribution
filename_points_covered_by_landmarks类
cut.feature_test
对测试的功能进行分类
decode_ngrams
解码n-grams
degenerate
退化蛋白质序列
degenerate_ngrams
退化n-图
distr_crit
计算准则分布
encoding2df
将编码转换为数据帧
fast_crosstable
二维交叉表
feature_test
filename_points_covered_by_landmarks类
full2simple
将编码从完整格式转换为简单格式
gap_ngrams
间隙n-克
generate_sequence
生成序列
generate_single_region
生成单个区域
generate_single_unigram
生成单个unigram
generate_unigrams
生成unigrams
get_ngrams_ind
获取n-grams的索引
human_cleave
人信号肽裂解位点
is_ngram
验证n-gram
l2n
将字母转换为数字
list2matrix
将序列列表转换为矩阵
n2l
将数字转换为字母
ngrams2df
n-grams到数据帧
plot.criterion_distribution
绘图标准分布
position_ngrams
位置n-grams
print.feature_test
打印测试的功能
read_fasta
读取FASTA文件
regenerate
再生n克
regional_param
filename_points_covered_by_landmarks类
seq2ngrams
从序列中提取n-grams
simple2full
将编码从简单格式转换为完整格式
summary.feature_test
总结测试的功能
table_ngrams
制表n-克
test_features
特征选择的置换检验
validate_encoding
验证编码
write_encoding
将编码写入文件
write_fasta
编写FASTA文件