R语言biogram包说明文档(版本 1.6.3)

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biogram-package 生物图谱.用n图分析生物序列
aaprop 标准化氨基酸性质
add_1grams 加1克
as.data.frame.feature_test 将filename_points_covered_by_landmarks对象强制到数据帧
binarize 二值化
biogram 生物图谱.用n图分析生物序列
calc_criterion 计算标准值
calc_cs 计算卡方测度
calc_ed 计算编码距离
calc_ig 计算单个特征的IG
calc_kl 计算特征的KL散度
calc_pi 计算分区索引
calc_si 计算相似性指数
check_criterion 检查所选标准
cluster_reg_exp 基于正则表达式的序列聚类
code_ngrams 代码n-grams
construct_ngrams 构造和过滤n-grams
count_multigrams 检测并计数序列中的多个n-gram
count_ngrams 按顺序计算n克
count_specified 计数指定的n克
count_total 计算n克的总数
create_encoding 创建编码
create_feature_target 根据给定的权变矩阵创建特征
create_ngrams 获取所有可能的n-gram
criterion_distribution filename_points_covered_by_landmarks类
cut.feature_test 对测试的功能进行分类
decode_ngrams 解码n-grams
degenerate 退化蛋白质序列
degenerate_ngrams 退化n-图
distr_crit 计算准则分布
encoding2df 将编码转换为数据帧
fast_crosstable 二维交叉表
feature_test filename_points_covered_by_landmarks类
full2simple 将编码从完整格式转换为简单格式
gap_ngrams 间隙n-克
generate_sequence 生成序列
generate_single_region 生成单个区域
generate_single_unigram 生成单个unigram
generate_unigrams 生成unigrams
get_ngrams_ind 获取n-grams的索引
human_cleave 人信号肽裂解位点
is_ngram 验证n-gram
l2n 将字母转换为数字
list2matrix 将序列列表转换为矩阵
n2l 将数字转换为字母
ngrams2df n-grams到数据帧
plot.criterion_distribution 绘图标准分布
position_ngrams 位置n-grams
print.feature_test 打印测试的功能
read_fasta 读取FASTA文件
regenerate 再生n克
regional_param filename_points_covered_by_landmarks类
seq2ngrams 从序列中提取n-grams
simple2full 将编码从简单格式转换为完整格式
summary.feature_test 总结测试的功能
table_ngrams 制表n-克
test_features 特征选择的置换检验
validate_encoding 验证编码
write_encoding 将编码写入文件
write_fasta 编写FASTA文件