R语言bigsnpr包说明文档(版本 1.5.2)
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bigsnpr-package
bigsnpr:大规模SNP阵列分析
bed
班级床位
bed-class
班级床位
bed-methods
bed类的方法
bed_autoSVD
限制LD时截断SVD
bed_clumping
LD结块
bed_counts
计数
bed_cprodVec
向量的叉积
bed_MAF
等位基因频率
bed_pcadapt
离群点检测
bed_prodVec
向量积
bed_projectPCA
投影主成分分析
bed_projectSelfPCA
投影主成分分析
bed_randomSVD
随机部分奇异值分解
bed_RC
班级床位
bed_scaleBinom
二项式(2,p)标度
bed_tcrossprodSelf
Tcrossprod公司
bigSNP
类bigSNP
bigSNP-class
类bigSNP
bigsnpr
bigsnpr:大规模SNP阵列分析
CODE_012
filename_points_covered_by_landmarks: 代码类型调用(3)和缺少的值。
CODE_DOSAGE
filename_points_covered_by_landmarks: 代码类型调用(3)和缺少的值。
CODE_IMPUTE_PRED
filename_points_covered_by_landmarks: 代码类型调用(3)和缺少的值。
coef_to_liab
负债表
dim-method
bed类的方法
download_1000G
下载1000G
download_beagle
下载Beagle 4.1
download_plink
下载PLINK
download_plink2
下载PLINK
LD.wiki34
长程LD区
length-method
bed类的方法
same_ref
确定参考散度
SCT
堆叠C+T公司(SCT)
seq_log
在对数刻度上均匀分布的序列
snp_asGeneticPos
插入到基因位置
snp_assocBGEN
从BGEN文件计算快速关联统计信息
snp_attach
从备份文件附加一个“bigSNP”
snp_attachExtdata
附上“bigSNP”作为示例和测试
snp_autoSVD
限制LD时截断SVD
snp_beagleImpute
插补
snp_clumping
LD结块
snp_cor
相关矩阵
snp_fastImpute
快速插补
snp_fastImputeSimple
快速插补
snp_fst
固定指数(Fst)
snp_gc
基因组控制
snp_getSampleInfos
获取样本信息
snp_grid_clumping
堆叠C+T公司(SCT)
snp_grid_PRS
堆叠C+T公司(SCT)
snp_grid_stacking
堆叠C+T公司(SCT)
snp_indLRLDR
LD结块
snp_ldpred2_auto
低密度聚乙烯2
snp_ldpred2_grid
低密度聚乙烯2
snp_ldpred2_inf
低密度聚乙烯2
snp_ldsc
LD分数回归
snp_ldsc2
LD分数回归
snp_MAF
空气流量
snp_manhattan
曼哈顿地块
snp_match
匹配等位基因
snp_MAX3
MAX3统计
snp_modifyBuild
修改基因组构建
snp_pcadapt
离群点检测
snp_plinkIBDQC
世系认同
snp_plinkKINGQC
基于关系的剪枝
snp_plinkQC
质量控制
snp_plinkRmSamples
移除样本
snp_PRS
PRS公司
snp_pruning
LD结块
snp_qq
Q-Q图
snp_readBed
将PLINK文件读入“bigSNP”
snp_readBed2
将PLINK文件读入“bigSNP”
snp_readBGEN
将BGEN文件读入“bigSNP”
snp_readBGI
从一个BGI文件中读取变量信息
snp_save
保存修改
snp_scaleBinom
二项式(n,p)标度
snp_simuPheno
模拟表型
snp_split
拼合联合收割机
snp_subset
子集a bigSNP
snp_writeBed
从“bigSNP”写入PLINK文件
subset.bigSNP
子集a bigSNP
sub_bed
更换延伸床