R语言bigsnpr包说明文档(版本 1.5.2)

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bigsnpr-package bigsnpr:大规模SNP阵列分析
bed 班级床位
bed-class 班级床位
bed-methods bed类的方法
bed_autoSVD 限制LD时截断SVD
bed_clumping LD结块
bed_counts 计数
bed_cprodVec 向量的叉积
bed_MAF 等位基因频率
bed_pcadapt 离群点检测
bed_prodVec 向量积
bed_projectPCA 投影主成分分析
bed_projectSelfPCA 投影主成分分析
bed_randomSVD 随机部分奇异值分解
bed_RC 班级床位
bed_scaleBinom 二项式(2,p)标度
bed_tcrossprodSelf Tcrossprod公司
bigSNP 类bigSNP
bigSNP-class 类bigSNP
bigsnpr bigsnpr:大规模SNP阵列分析
CODE_012 filename_points_covered_by_landmarks: 代码类型调用(3)和缺少的值。
CODE_DOSAGE filename_points_covered_by_landmarks: 代码类型调用(3)和缺少的值。
CODE_IMPUTE_PRED filename_points_covered_by_landmarks: 代码类型调用(3)和缺少的值。
coef_to_liab 负债表
dim-method bed类的方法
download_1000G 下载1000G
download_beagle 下载Beagle 4.1
download_plink 下载PLINK
download_plink2 下载PLINK
LD.wiki34 长程LD区
length-method bed类的方法
same_ref 确定参考散度
SCT 堆叠C+T公司(SCT)
seq_log 在对数刻度上均匀分布的序列
snp_asGeneticPos 插入到基因位置
snp_assocBGEN 从BGEN文件计算快速关联统计信息
snp_attach 从备份文件附加一个“bigSNP”
snp_attachExtdata 附上“bigSNP”作为示例和测试
snp_autoSVD 限制LD时截断SVD
snp_beagleImpute 插补
snp_clumping LD结块
snp_cor 相关矩阵
snp_fastImpute 快速插补
snp_fastImputeSimple 快速插补
snp_fst 固定指数(Fst)
snp_gc 基因组控制
snp_getSampleInfos 获取样本信息
snp_grid_clumping 堆叠C+T公司(SCT)
snp_grid_PRS 堆叠C+T公司(SCT)
snp_grid_stacking 堆叠C+T公司(SCT)
snp_indLRLDR LD结块
snp_ldpred2_auto 低密度聚乙烯2
snp_ldpred2_grid 低密度聚乙烯2
snp_ldpred2_inf 低密度聚乙烯2
snp_ldsc LD分数回归
snp_ldsc2 LD分数回归
snp_MAF 空气流量
snp_manhattan 曼哈顿地块
snp_match 匹配等位基因
snp_MAX3 MAX3统计
snp_modifyBuild 修改基因组构建
snp_pcadapt 离群点检测
snp_plinkIBDQC 世系认同
snp_plinkKINGQC 基于关系的剪枝
snp_plinkQC 质量控制
snp_plinkRmSamples 移除样本
snp_PRS PRS公司
snp_pruning LD结块
snp_qq Q-Q图
snp_readBed 将PLINK文件读入“bigSNP”
snp_readBed2 将PLINK文件读入“bigSNP”
snp_readBGEN 将BGEN文件读入“bigSNP”
snp_readBGI 从一个BGI文件中读取变量信息
snp_save 保存修改
snp_scaleBinom 二项式(n,p)标度
snp_simuPheno 模拟表型
snp_split 拼合联合收割机
snp_subset 子集a bigSNP
snp_writeBed 从“bigSNP”写入PLINK文件
subset.bigSNP 子集a bigSNP
sub_bed 更换延伸床