R语言bedr包说明文档(版本 1.0.7)

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bedr-package 一种用于研究R基因范围的bedtools包装器
%in.region% 检查对象a中的区域是否在对象b中找到
bed2index 将数据帧添加到索引字符串
bed2vcf 将床转换为vcf
bedr 主bedtools包装器函数。
bedr.join.multiple.region 连接多个区域对象
bedr.join.region 使用左外连接连接两个区域对象
bedr.merge.region 合并,即折叠覆盖区域
bedr.plot.region 可视化区域或间隔
bedr.setup 初始化bedr的一些配置设置
bedr.snm.region 对区域文件排序
bedr.sort.region 对区域文件排序
bedr.subtract.region 从对象a中减去对象b中的特征或范围
catv 如果设置了详细标志,则输出文本
check.binary 检查路径中是否有二进制文件
cluster.region 群集间隔
convert2bed 将对象转换为床格式
create.tmp.bed.file 将R对象输出为tmpfiles
determine.input 确定输入格式
df2list 数据帧到列表转换
download.datasets 下载一些有用的数据集
flank.region 从区域获得相邻的侧翼
get.chr.length 获取一个物种/构建的每个染色体的长度
get.example.regions 为示例和单元测试返回一组区域
get.fasta 查询fasta序列
get.random.regions 生成一组随机区域
grow.region 从区域获得相邻的侧翼
in.region 检查对象a中的区域是否在对象b中找到
index2bed 将区域索引转换为bed文件数据帧
is.merged.region 检查区域文件是否合并
is.sorted.region 检查区域文件是否已排序
is.valid.ref 验证vcf中的参考序列
is.valid.region 检查区域/索引是否有效
is.valid.seq 验证给定坐标和参考的序列是否正确
jaccard 计算两组间隔之间的距离
modifyList2 R的修改列表接口
order.region 获取与order命令类似的区域索引的排序顺序
permute.region 排列一组区域
process.input 过程输入
query.ucsc 将ucsc表格读入R
read.vcf 将vcf读入R
reldist 计算两组间隔之间的相对距离
size.region 获取区域大小
strsplit2matrix 将字符串向量拆分为表格数据
tabix 主bedtools包装器函数。
table2venn 绘制维恩图
test.region.similarity 通过jaccard和相对距离使用排列比较区域集
vcf2bed 将vcf转换为bed文件
write.vcf 写入vcf对象