R语言beautier包说明文档(版本 2.4)

返回R语言所有包列表

are_clock_models 确定x是否由filename_points_covered_by_landmarks个对象组成
are_equal_mcmcs 确定两个MCMC是否相等。
are_equal_screenlogs 确定两个屏幕日志是否相等。
are_equal_tracelogs 确定两个轨迹是否相等。
are_equal_treelogs 确定两棵树是否相等。
are_equal_xml_files 确定XML文件是否产生相等的树
are_equal_xml_lines 确定XML行是否产生相等的树
are_equivalent_xml_files 确定XML文件是否生成等效树
are_equivalent_xml_lines 确定XML行是否产生等价树
are_equivalent_xml_lines_all 确定XML行是否产生等价树
are_equivalent_xml_lines_loggers 确定XML运算符行是否产生等价树
are_equivalent_xml_lines_operators 确定XML运算符行是否产生等价树
are_equivalent_xml_lines_section 确定XML行是否产生等价树
are_fasta_filenames 检查是否所有文件名都有FASTA文件扩展名
are_ids 确定x是否由ID组成
are_init_clock_models 确定x是否由初始化的filename_points_covered_by_landmarks个对象组成
are_init_mrca_priors 确定x是否由初始化的MRCA先验组成
are_init_site_models 确定x是否由初始化的filename_edges_strength个对象组成
are_init_tree_priors 确定x是否由初始化的filename_edges_strength个对象组成
are_mrca_align_ids_in_fasta 确定FASTA文件中是否存在MRCA优先级的对齐id
are_mrca_priors 确定x是否由MRCA先验组成
are_mrca_taxon_names_in_fasta 确定在FASTA文件中是否存在MRCA前辈的分类群名称
are_rln_clock_models 时钟模型是否为正常时钟模型?
are_site_models 确定x是否由filename_points_covered_by_landmarks个对象组成
are_tree_priors 确定x是否由filename_points_covered_by_landmarks个对象组成
bd_tree_prior_to_xml_prior_distr 在BEAST2 XML参数文件的分发节的上一节的上一节的上一节中为生灭树创建树上一节
beautier “beautier”:用于创建“BEAST2”输入文件的包。
cbs_tree_prior_to_xml_prior_distr 在BEAST2 XML参数文件的分发节的上一节的上一节的上一节中为生灭树创建树上一节
ccp_tree_prior_to_xml_prior_distr 在BEAST2 XML参数文件的分发节的前一节的前一节中为合并常量填充树前一节创建树前一节
cep_tree_prior_to_xml_prior_distr 在BEAST2 XML参数文件的分发节的上一节的上一节中创建树上一节,用于合并指数填充树上一节
check_alignment_id 检查filename_points_covered_by_landmarks是否有效。
check_beauti_options 检查filename_points_covered_by_landmarks是否是有效的filename_points_covered_by_landmarks对象。
check_clock_model 检查时钟型号是否为有效的时钟型号。
check_clock_models 检查对象是否是一个或多个时钟模型的列表。
check_file_and_model_agree 检查输入文件和推理模型是否一致。
check_file_exists 函数检查文件是否存在。如果文件不存在,则调用“stop”
check_gamma_site_model 检查参数是否为有效的gamma场地模型
check_gamma_site_model_names 检查gamma场地模型是否具有正确的列表元素名称
check_gtr_site_model 检查filename_points_covered_by_landmarks是否为有效的GTR核苷酸替代模型。
check_gtr_site_model_names 检查filename_points_covered_by_landmarks是否具有有效filename_points_covered_by_landmarks对象的列表元素。
check_inference_model 检查提供的对象是否是有效的贝叶斯系统发育推理模型。
check_inference_models 检查filename_points_covered_by_landmarks是否是有效的BEAUti推断模型。
check_is_monophyletic 检查filename_points_covered_by_landmarks是否有有效值。
check_log_mode 检查提供的“模式”是否为有效的日志记录模式。
check_log_sort 检查提供的“sort”是否是有效的日志排序选项。
check_mcmc 检查MCMC是否是有效的MCMC对象。
check_mcmc_list_element_names 检查MCMC是否具有有效MCMC对象的列表元素。
check_mcmc_nested_sampling 检查这是否是使用嵌套抽样来估计边际可能性的MCMC。
check_mcmc_values 检查MCMC是否具有具有有效值的列表元素,以使其成为有效的MCMC对象。
check_mrca_prior 检查MRCA prior是否为有效的MRCA prior。
check_mrca_prior_name 检查filename_points_covered_by_landmarks是否是有效的MRCA优先名称。
check_mrca_prior_names 检查MRCA prior(一个列表)是否包含所有命名元素。
check_mrca_prior_taxa_names 检查MRCA之前的分类单元名称是否有效。
check_nested_sampling_mcmc 检查这是否是使用嵌套抽样来估计边际可能性的MCMC。
check_ns_mcmc 检查这是否是使用嵌套抽样来估计边际可能性的MCMC。
check_param 检查参数是否有效
check_param_names 检查“param”是否具有有效“param”对象的列表元素。
check_param_types 检查'param'是否具有有效'param'对象的正确类型的列表元素。
check_phylogeny 检查系统发育是否为有效的系统发育对象。
check_rename_fun 检查重命名函数是否是有效的文件名重命名函数
check_rln_clock_model 检查时钟型号是否为有效的时钟型号。
check_screenlog 检查“屏幕日志”是否有效。
check_screenlog_names 检查“screenlog”是否包含有效“screenlog”对象的列表元素。
check_screenlog_values 检查screenlog是否包含具有有效值的列表元素,以使其成为有效的screenlog对象。
check_site_model 检查站点模型是否为有效的站点模型
check_site_models 检查对象是否是一个或多个站点模型的列表。
check_site_model_names 检查filename_points_covered_by_landmarks是否具有有效filename_points_covered_by_landmarks对象的列表元素。
check_site_model_types 检查filename_points_covered_by_landmarks是否具有有效filename_points_covered_by_landmarks对象的正确类型的列表元素。
check_store_every 检查filename_points_covered_by_landmarks是否持有有效值
check_strict_clock_model 检查时钟型号是否为有效的时钟型号。
check_tn93_site_model 检查filename_points_covered_by_landmarks是否是有效的TN93核苷酸替代模型。
check_tn93_site_model_names 检查filename_points_covered_by_landmarks是否具有有效filename_points_covered_by_landmarks对象的列表元素。
check_tracelog 检查“tracelog”是否有效。
check_tracelog_names 检查“tracelog”是否具有有效“tracelog”对象的列表元素。
check_tracelog_values 检查tracelog是否包含具有有效值的列表元素,以作为有效的tracelog对象。
check_treelog 检查“treelog”是否有效。
check_treelog_names 检查“treelog”是否具有有效“treelog”对象的列表元素。
check_treelog_values 检查treelog是否包含具有有效值的列表元素,以使其成为有效的treelog对象。
check_tree_prior 检查树优先级是否为有效的树优先级
check_tree_priors 检查对象是否是一个或多个树优先级的列表。
clock_models_to_xml_operators 创建所有时钟模型的“运算符”XML文本
clock_models_to_xml_prior_distr 将时钟模型表示为XML
clock_models_to_xml_state 将一个或多个时钟模型转换为XML的“状态”部分作为文本
clock_models_to_xml_state_check_deprecated 用于检查filename_points_covered_by_landmarks是否使用已弃用参数的内部函数。
clock_models_to_xml_tracelog 为tracelog部分创建时钟模型的XML
clock_model_to_xml_lh_distr 将时钟模型转换为XML的“branchRateModel”部分作为文本。
clock_model_to_xml_operators 将时钟模型转换为XML的“operators”部分作为文本
clock_model_to_xml_prior_distr 将时钟模型转换为XML的“previor”部分作为文本
clock_model_to_xml_state 将时钟模型转换为XML的“状态”部分作为文本
clock_model_to_xml_tracelog 为tracelog部分创建时钟模型的XML
clock_model_to_xml_treelogger 将时钟模型转换为“TreeLogger”的XML
compare_lines 使用任何diff工具将实际创建的行与预期行进行比较的内部调试函数
count_trailing_spaces 计算第一个字符前面的空格数
create_alpha_param 创建一个名为alpha的参数
create_bd_tree_prior 创建生灭树
create_beast2_beast_xml 创建“”XML
create_beast2_input 创建beast2xml输入文本
create_beast2_input_beast 为BEAST2参数文件的“beast”标记创建XML文本。
create_beast2_input_data 创建BEAST2 XML参数文件的“data”部分
create_beast2_input_data_sequences 创建BEAST2 XML参数文件的数据部分
create_beast2_input_distr 创建beast2xml参数文件的分发部分。
create_beast2_input_distr_lh 为BEAST2参数文件的'distribution'标记和'likeligence'ID创建XML文本。
create_beast2_input_distr_prior 在beast2xml参数文件的分发部分中创建上一部分
create_beast2_input_file 创建BEAST2输入文件
create_beast2_input_file_from_model 从推理模型创建BEAST2输入文件
create_beast2_input_from_model 从推理模型创建beast2xml输入文本
create_beast2_input_init 创建BEAST2 XML参数文件的'init'部分
create_beast2_input_map 创建BEAST2 XML参数文件的映射部分
create_beast2_input_operators 创建beast2xml参数文件的operators部分
create_beast2_input_run 创建beast2xml参数文件的“run”部分
create_beast2_input_state 创建beast2xml参数文件的“state”部分
create_beauti_options 函数创建一组BEAUti选项。
create_beauti_options_v2_4 函数为版本2.4创建BEAUti选项。
create_beauti_options_v2_6 函数为版本2.6创建BEAUti选项。
create_beta_distr 创建beta发行版
create_beta_param 创建一个名为beta的参数
create_branch_rate_model_rln_xml 内部函数调用filename_points_covered_by_landmarks以获得一个宽松的对数正常时钟。
create_branch_rate_model_sc_xml 内部函数调用filename_points_covered_by_landmarks以获得严格的时钟。
create_branch_rate_model_stuff_xml filename_points_covered_by_landmarks调用的内部函数
create_branch_rate_model_xml 内部函数以文本形式创建XML的“branchRateModel”部分。
create_cbs_tree_prior 创建合并贝叶斯天际线树
create_ccp_tree_prior 创建合并常数总体树
create_cep_tree_prior 创建合并指数总体树
create_clock_model 创建时钟模型的常规函数
create_clock_models 创建所有支持的时钟模型,这是filename_edges_strength和filename_points_covered_by_landmarks返回的类型列表
create_clock_models_from_names 根据它们的名字创建时钟模型
create_clock_model_from_name 根据名称创建时钟模型
create_clock_model_rln 创建一个宽松的对数正态时钟模型
create_clock_model_strict 创建严格的时钟模型
create_clock_rate_param 根据filename_points_covered_by_landmarks的需要,创建一个名为filename_edges_strength的参数
create_data_xml 创建“”XML
create_distr 创建分发的常规函数。
create_distr_beta 创建beta发行版
create_distr_exp 创建指数分布
create_distr_gamma 创建gamma分布
create_distr_inv_gamma 创建反gamma分布
create_distr_laplace 创建拉普拉斯分布
create_distr_log_normal 创建对数正态分布
create_distr_normal 创建正态分布
create_distr_one_div_x 创建1/x分布
create_distr_poisson 创建泊松分布
create_distr_uniform 创建均匀分布
create_exp_distr 创建指数分布
create_gamma_distr 创建gamma分布
create_gamma_site_model 创建gamma场地模型,作为场地模型的一部分
create_gtr_site_model 创建GTR站点模型
create_gtr_subst_model_xml 将GTR站点模型转换为XML,用于“subsmodel”部分
create_hky_site_model 创建HKY站点模型
create_hky_subst_model_xml 将站点模型转换为XML,用于“subsmodel”部分
create_inference_model 建立贝叶斯系统发育推理模型。
create_inv_gamma_distr 创建反gamma分布
create_jc69_site_model 创建JC69站点模型
create_jc69_subst_model_xml 将JC69站点模型转换为XML,用于“subsmodel”部分
create_kappa_1_param 创建一个名为kappa1的参数
create_kappa_2_param 创建一个名为kappa2的参数
create_lambda_param 创建一个名为lambda的参数
create_laplace_distr 创建拉普拉斯分布
create_loggers_xml 创建beast2xml参数文件的三个记录器部分
create_log_normal_distr 创建对数正态分布
create_mcmc 创建MCMC配置。
create_mcmc_nested_sampling 创建一个MCMC对象,使用嵌套采样估计边际可能性。
create_mean_param 创建一个名为mean的参数
create_mrca_prior 创建最近的共同祖先
create_mu_param 创建一个名为mu的参数
create_m_param 创建一个名为m的参数
create_normal_distr 创建正态分布
create_ns_inference_model 创建一个推理模型来衡量证据的有效性。
create_ns_mcmc 创建一个MCMC对象,使用嵌套采样估计边际可能性。
create_one_div_x_distr 创建1/x分布
create_param 创建参数的常规函数。
create_param_alpha 创建一个名为alpha的参数
create_param_beta 创建一个名为beta的参数
create_param_clock_rate 根据filename_points_covered_by_landmarks的需要,创建一个名为filename_edges_strength的参数
create_param_kappa_1 创建一个名为kappa1的参数
create_param_kappa_2 创建一个名为kappa2的参数
create_param_lambda 创建一个名为lambda的参数
create_param_m 创建一个名为m的参数
create_param_mean 创建一个名为mean的参数
create_param_mu 创建一个名为mu的参数
create_param_rate_ac 创建一个名为“rate AC”的参数
create_param_rate_ag 创建一个名为“rate AG”的参数
create_param_rate_at 创建一个名为“rate AT”的参数
create_param_rate_cg 创建一个名为“rate CG”的参数
create_param_rate_ct 创建一个名为“rate CT”的参数
create_param_rate_gt 创建一个名为“rate GT”的参数
create_param_s 创建一个名为s的参数
create_param_scale 创建一个名为scale的参数
create_param_sigma 创建一个名为sigma的参数
create_poisson_distr 创建泊松分布
create_rate_ac_param 创建一个名为“rate AC”的参数
create_rate_ag_param 创建一个名为“rate AG”的参数
create_rate_at_param 创建一个名为“rate AT”的参数
create_rate_cg_param 创建一个名为“rate CG”的参数
create_rate_ct_param 创建一个名为“rate CT”的参数
create_rate_gt_param 创建一个名为“rate GT”的参数
create_rln_clock_model 创建一个宽松的对数正态时钟模型
create_scale_param 创建一个名为scale的参数
create_screenlog 创建“screenlog”对象
create_screenlog_xml 创建BEAST2 XML参数文件的“logger”部分的“screenlog”部分
create_sigma_param 创建一个名为sigma的参数
create_site_model 创建站点模型的常规函数。
create_site_models 创建所有受支持的站点模型,它是filename_landmarks、filename_vertices、filename_points_covered_by_landmarks和filename_edges_strength返回的类型列表
create_site_models_from_names 从它们的名称创建站点模型
create_site_model_from_name 从名称创建站点模型
create_site_model_gtr 创建GTR站点模型
create_site_model_hky 创建HKY站点模型
create_site_model_jc69 创建JC69站点模型
create_site_model_parameters_xml 内部函数为BEAST2参数文件的“siteModel”部分中的“parameter”创建XML文本。
create_site_model_tn93 创建TN93站点模型
create_site_model_xml 用于为BEAST2参数文件的“siteModel”标记创建XML文本的内部函数。
create_strict_clock_model 创建严格的时钟模型
create_subst_model_xml 创建“subsmodel”部分的内部函数
create_s_param 创建一个名为s的参数
create_temp_screenlog_filename 为临时屏幕日志文件创建文件名
create_temp_tracelog_filename 为临时tracelog文件创建文件名
create_temp_treelog_filename 为临时树日志文件创建文件名
create_test_inference_model 创建测试推理模型。
create_test_mcmc 为测试创建MCMC配置。
create_test_ns_inference_model 创建要通过嵌套采样进行测试的推理模型
create_test_ns_mcmc 创建用于测试的NS MCMC对象
create_test_screenlog 创建“screenlog”对象
create_test_tracelog 创建“tracelog”对象
create_test_treelog 创建“treelog”对象
create_tn93_site_model 创建TN93站点模型
create_tn93_subst_model_xml 将TN93站点模型转换为XML,用于“subsmodel”部分
create_tracelog 创建“tracelog”对象
create_tracelog_xml 创建BEAST2 XML参数文件的“logger”部分的“tracelog”部分
create_trait_set_string 创建特征集字符串。
create_treelog 创建“treelog”对象
create_treelog_xml 为ID为“treelog”的“logger”标记创建XML文本。此部分包含以下元素:# nolint确实很长
create_tree_likelihood_distr_xml 为BEAST2参数文件的“distribution”标记创建XML文本,其ID为“treeLikelihood”。
create_tree_prior 创建树的内部函数
create_tree_priors 创建所有支持的树优先级,这是由filename_coloring、filename_edges_strength、filename_landmarks、filename_vertices和filename_points_covered_by_landmarks返回的类型列表
create_tree_prior_bd 创建生灭树
create_tree_prior_cbs 创建合并贝叶斯天际线树
create_tree_prior_ccp 创建合并常数总体树
create_tree_prior_cep 创建合并指数总体树
create_tree_prior_yule 创建圣诞树
create_uniform_distr 创建均匀分布
create_xml_declaration 创建beast2xml输入文件的XML声明
create_yule_tree_prior 创建圣诞树
default_parameters_doc 参数文档(例如,filename_points_covered_by_landmarks。此函数不起任何作用。它旨在从继承文档。
default_params_doc 一般函数参数的文档。此函数不起任何作用。它旨在继承函数参数文档。
distr_to_xml 将分发内容转换为XML
distr_to_xml_beta 将beta发行版转换为XML
distr_to_xml_exp 将指数分布转换为XML
distr_to_xml_gamma 将gamma分布转换为XML
distr_to_xml_inv_gamma 将反gamma分布转换为XML
distr_to_xml_laplace 将拉普拉斯分布转换为XML
distr_to_xml_log_normal 将对数正态分布转换为XML
distr_to_xml_normal 将正态分布转换为XML
distr_to_xml_one_div_x 将1/x分布转换为XML
distr_to_xml_poisson 将泊松分布转换为XML
distr_to_xml_uniform 将统一分布转换为XML
extract_xml_loggers_from_lines 提取第一个记录器和最后一个记录器行之间的所有内容
extract_xml_operators_from_lines 提取第一个运算符和最后一个运算符行之间的所有内容
extract_xml_section_from_lines 获取XML节的行,包括节标记
fasta_file_to_sequences 将FASTA文件转换为序列表
find_clock_model 查找具有特定ID的时钟模型
find_first_regex_line 找到满足正则表达式的第一行
find_first_xml_opening_tag_line 查找第一节的开始标记的行号
find_last_regex_line 查找与正则表达式匹配的最后一行的索引
find_last_xml_closing_tag_line 查找节结束标记的最高行号
freq_equilibrium_to_xml 将filename_points_covered_by_landmarks创建为XML
gamma_site_models_to_xml_prior_distr 在beast2xml参数文件的分发部分中创建gamma站点模型部分
gamma_site_model_to_xml_prior_distr 在beast2xml参数文件的分发部分中创建gamma站点模型部分
gamma_site_model_to_xml_state 将gamma站点模型转换为XML,用于“state”部分
get_alignment_id 从FASTA文件名推断ID。
get_alignment_ids 从一个或多个文件获取对齐ID。
get_alignment_ids_from_fasta_filenames 从一个或多个FASTA文件名获取对齐ID。
get_beautier_path 获取“inst/extdata”文件夹中文件的完整路径
get_beautier_paths 获取“inst/extdata”文件夹中文件的完整路径
get_clock_models_ids 收集时钟型号列表的ID
get_clock_model_name 为钟表模型取一个漂亮的名字
get_clock_model_names 获取时钟型号名称
get_crown_age 获得系统发育的树冠年龄。
get_distr_names 获取分发名称
get_distr_n_params 获取分布使用的参数数
get_fasta_filename 获取测试中使用的FASTA文件的路径
get_file_base_sans_ext 获取不带扩展名的文件名基
get_freq_equilibrium_names 返回filename_points_covered_by_landmarks参数的有效值
get_gamma_site_model_n_distrs 获取gamma站点模型中的分布数
get_gamma_site_model_n_params 获取站点模型具有的分发数
get_has_non_strict_clock_model 确定在一个或多个时钟模型的列表中是否至少有一个非严格时钟模型
get_inference_model_filenames 获取存储在推理模型中的文件名。
get_log_modes 获取可能的日志模式
get_log_sorts 获取可能的日志排序
get_mcmc_filenames 获取存储在MCMC中的文件名。
get_n_taxa 从文件中提取分类单元的数目
get_operator_id_pre 获取操作员ID的前缀
get_param_names 获取参数名称
get_remove_dir_fun 获取一个函数,该函数从文件名返回不带目录的部分。
get_remove_hex_fun 获取从文件名中删除十六进制字符串的函数。
get_replace_dir_fun 获取替换文件名目录的函数
get_site_models_n_distrs 获取站点模型具有的分发数
get_site_models_n_params 获取一个或多个站点模型具有的分发数量
get_site_model_names 获取站点模型的名称
get_site_model_n_distrs 获取站点模型具有的分发数
get_site_model_n_params 获取站点模型具有的分发数
get_taxa_names 从文件中提取分类群的名称
get_tree_priors_n_distrs 获取树之前的分布数
get_tree_priors_n_params 获取树优先级列表的参数数
get_tree_prior_names 获取树的优先名称
get_tree_prior_n_distrs 获取树之前的分布数
get_tree_prior_n_params 获取树的优先参数数
get_xml_closing_tag 获取XML结束标记
get_xml_opening_tag 获取XML开始标记
has_mrca_prior 确定推理模型是否具有MRCA优先级。
has_xml_closing_tag 文本行中是否存在值为'section'的XML结束标记?
has_xml_opening_tag 文本行中是否存在值为“section”的XML开头标记?
has_xml_short_closing_tag 在文本的一行中是否有一个带有短结束文本的XML结束标记?
indent 将文本缩进一定数量的空格。如果文本仅为空白,则保留为空白
init_bd_tree_prior 初始化生灭树
init_beta_distr 初始化beta发行版
init_ccp_tree_prior 初始化合并常数总体树
init_cep_tree_prior 初始化合并指数总体树
init_clock_models 初始化所有时钟模型
init_distr 初始化分发
init_exp_distr 初始化指数分布
init_gamma_distr 初始化gamma分布
init_gamma_site_model 初始化gamma场地模型
init_gtr_site_model 初始化GTR站点模型
init_hky_site_model 初始化HKY站点模型
init_inference_model 初始化推理模型
init_inv_gamma_distr 初始化逆gamma分布
init_jc69_site_model 初始化JC69站点模型
init_laplace_distr 初始化拉普拉斯分布
init_log_normal_distr 初始化对数正态分布
init_mrca_prior 初始化MRCA之前。
init_mrca_priors 初始化所有MRCA优先级
init_normal_distr 初始化正态分布
init_one_div_x_distr 初始化1除以x的分布
init_param 初始化参数
init_poisson_distr 初始化泊松分布
init_rln_clock_model 初始化宽松的对数正态时钟模型
init_site_models 初始化所有站点模型
init_strict_clock_model 初始化严格的时钟模型
init_tn93_site_model 初始化TN93站点模型
init_tree_priors 初始化所有树优先级
init_uniform_distr 初始化均匀分布
init_yule_tree_prior 初始化圣诞树
interspace 在两行之间加空格
is_alpha_param 确定对象是否是有效的alpha参数
is_bd_tree_prior 确定对象是否是有效的生死树
is_beauti_options 确定对象是否为有效的filename_points_covered_by_landmarks
is_beta_distr 确定该对象是否是由filename_points_covered_by_landmarks创建的有效beta发行版
is_beta_param 确定对象是否是有效的beta参数
is_cbs_tree_prior 确定对象是否是有效的常量合并贝叶斯天际线
is_ccp_tree_prior 确定对象是否是有效的常量合并总体树
is_cep_tree_prior 确定对象是否是有效的合并指数总体树
is_clock_model 确定对象是否为有效的filename_points_covered_by_landmarks
is_clock_model_name 确定名称是否为有效的时钟型号名称
is_clock_rate_param 确定对象是否是有效的filename_points_covered_by_landmarks参数
is_default_mcmc 确定MCMC是否为默认MCMC
is_distr 确定对象是否为有效分发
is_distr_name 确定名称是否为有效的分发名称
is_exp_distr 确定对象是否为filename_points_covered_by_landmarks创建的有效指数分布
is_freq_equilibrium_name 检查“name”是否是有效的filename_points_covered_by_landmarks参数值
is_gamma_distr 确定对象是否是由filename_points_covered_by_landmarks创建的有效gamma分布
is_gamma_site_model 对象x是gamma站点模型吗?
is_gtr_site_model 确定对象是否是由filename_points_covered_by_landmarks创建的有效GTR站点模型
is_hky_site_model 确定对象是否是由filename_points_covered_by_landmarks创建的有效HKY站点模型
is_id 确定对象是否为有效ID
is_inference_model 确定输入是否为推理模型
is_init_bd_tree_prior 确定x是否是初始化的生死filename_landmarks对象
is_init_beta_distr 确定x是否是由filename_points_covered_by_landmarks创建的初始化beta分发对象
is_init_cbs_tree_prior 确定x是否是初始化的合并贝叶斯天际线filename_landmarks对象
is_init_ccp_tree_prior 确定x是否是初始化的合并常量填充filename_vertices对象
is_init_cep_tree_prior 确定x是否是初始化的合并指数总体filename_coloring对象
is_init_clock_model 确定x是否是由filename_points_covered_by_landmarks创建的初始化的filename_landmarks对象
is_init_distr 确定x是否是由filename_points_covered_by_landmarks创建的初始化分发对象
is_init_exp_distr 确定x是否是由filename_points_covered_by_landmarks创建的初始化指数分布对象
is_init_gamma_distr 确定x是否是初始化的gamma分布对象
is_init_gamma_site_model 确定x是否是由filename_points_covered_by_landmarks创建的初始化gamma站点模型
is_init_gtr_site_model 确定x是否是由filename_points_covered_by_landmarks创建的初始化GTR站点模型
is_init_hky_site_model 确定x是否是由filename_points_covered_by_landmarks创建的已初始化的HKY站点模型
is_init_inv_gamma_distr 确定x是否是filename_points_covered_by_landmarks创建的初始化逆伽马分布
is_init_jc69_site_model 确定x是否是由filename_points_covered_by_landmarks创建的初始化JC69站点模型
is_init_laplace_distr 确定x是否是由filename_points_covered_by_landmarks创建的初始化拉普拉斯分布
is_init_log_normal_distr 确定x是否是由filename_points_covered_by_landmarks创建的初始化的filename_vertices分发对象
is_init_mrca_prior 确定x是否是初始化的MRCA
is_init_normal_distr 确定x是否是由filename_points_covered_by_landmarks创建的初始化正态分布对象
is_init_one_div_x_distr 确定x是否是由filename_points_covered_by_landmarks创建的初始化的filename_coloring分发对象
is_init_param 确定x是否是由filename_points_covered_by_landmarks创建的初始化参数
is_init_poisson_distr 确定x是否是由filename_points_covered_by_landmarks创建的初始化泊松分布对象
is_init_rln_clock_model 确定x是否是一个初始化的放松的log normalfilename_edges_strength对象
is_init_site_model 确定x是否是由filename_points_covered_by_landmarks创建的初始化站点模型
is_init_strict_clock_model 确定x是否是初始化的严格filename_edges_strength对象
is_init_tn93_site_model 确定x是否是由filename_points_covered_by_landmarks创建的初始化的tn93站点模型
is_init_tree_prior 确定x是否是初始化的filename_edges_strength对象
is_init_uniform_distr 确定x是否是由filename_points_covered_by_landmarks创建的初始化均匀分布对象
is_init_yule_tree_prior 确定x是否是初始化的Yulefilename_edges_strength对象
is_inv_gamma_distr 确定该对象是否为filename_points_covered_by_landmarks创建的有效反向伽马分布
is_in_patterns 是否至少有一个正则表达式与该行匹配?
is_jc69_site_model 确定对象是否是有效的JC69站点模型
is_kappa_1_param 确定对象是否是有效的kappa 1参数
is_kappa_2_param 确定对象是否是有效的kappa 2参数
is_lambda_param 确定对象是否是有效的lambda参数
is_laplace_distr 确定对象是否是由filename_points_covered_by_landmarks创建的有效拉普拉斯分布
is_log_normal_distr 确定对象是否为filename_points_covered_by_landmarks创建的有效对数正态分布
is_mcmc 确定对象是否是有效的MCMC
is_mcmc_nested_sampling 确定对象是否是有效的嵌套采样MCMC,如$1中所用¥
is_mean_param 确定对象是否是有效的平均参数
is_mrca_align_ids_in_fastas 确定FASTA文件中是否存在MRCA先前的对齐id
is_mrca_align_id_in_fasta 确定FASTA文件中是否存在MRCA先前的对齐id
is_mrca_prior 确定对象的优先级为空('NA')或有效的MRCA。
is_mrca_prior_with_distr 看看x是否是一个MRCA之前的分布
is_mu_param 确定对象是否是有效的mu参数
is_m_param 确定对象是否是有效的m参数
is_nested_sampling_mcmc 确定对象是否是有效的嵌套采样MCMC,如$1中所用¥
is_normal_distr 确定对象是否为filename_points_covered_by_landmarks创建的有效正态分布
is_one_bool 检查参数是否为一个布尔值
is_one_div_x_distr 确定对象是否是由filename_points_covered_by_landmarks创建的有效1/x分布
is_one_double 确定参数是否为双精度
is_one_int 确定参数是否为整数
is_one_na 确定x是否为一个NA
is_param 确定对象是否为有效参数
is_param_name 确定名称是否为有效的参数名称
is_phylo 检查输入是否是系统发育
is_poisson_distr 确定对象是否为filename_points_covered_by_landmarks创建的有效泊松分布
is_rate_ac_param 确定对象是否为有效的“rate AC”参数
is_rate_ag_param 确定对象是否为有效的“rate AG”参数
is_rate_at_param 确定对象是否是有效的“rate AT”参数
is_rate_cg_param 确定对象是否是有效的“rate CG”参数
is_rate_ct_param 确定对象是否为有效的“rate CT”参数
is_rate_gt_param 确定对象是否为有效的“rate GT”参数
is_rln_clock_model 确定对象是否为有效的松弛对数正态时钟模型
is_scale_param 确定对象是否为有效的比例参数
is_sigma_param 确定对象是否是有效的sigma参数
is_site_model 确定对象是否为有效的filename_points_covered_by_landmarks
is_site_model_name 确定名称是否为有效的filename_edges_strength名称
is_strict_clock_model 确定对象是否是由filename_points_covered_by_landmarks返回的有效的严格时钟模型
is_s_param 确定对象是否是有效的s参数
is_tn93_site_model 确定对象是否是有效的TN93站点模型,
is_tree_prior 确定对象是否是有效的树
is_tree_prior_name 确定名称是否为有效的树优先名称
is_uniform_distr 确定对象是否为filename_points_covered_by_landmarks创建的有效均匀分布
is_xml 检查文本是否为有效的XML节点,即,它是否具有开始标记和匹配的结束标记
is_yule_tree_prior 确定对象是否是有效的圣诞树,
mcmc_to_xml_run 将MCMC对象转换为运行节的XML
mcmc_to_xml_run_default 将MCMC对象转换为默认MCMC的运行节的XML
mcmc_to_xml_run_nested_sampling 将MCMC对象转换为嵌套采样MCMC的运行节的XML
mrca_priors_to_xml_prior_distr 创建beast2xml参数文件的“分布”的前一部分(后一部分)。
mrca_priors_to_xml_state 将一个或多个MRCA优先级转换为XML的“state”部分作为文本
mrca_priors_to_xml_tracelog 为tracelog部分创建MRCA priors的XML
mrca_prior_to_xml_lh_distr 将XML的“branchRateModel”部分之前的MRCA转换为文本。
mrca_prior_to_xml_prior_distr 在beast2xml参数文件的分发节的上一节中创建分发节。
mrca_prior_to_xml_state 内部函数,用于创建MRCA prior的XML,如“state”部分所用
mrca_prior_to_xml_taxonset 在BEAST2 XML参数文件的分发部分的上一部分中创建“taxonset”部分。
mrca_prior_to_xml_tracelog 为tracelog部分创建MRCA prior的XML
no_taxa_to_xml_tree 创建beast2xml参数文件的“tree”部分,当没有提示日期时,它是“state”部分的一部分,不缩进
parameter_to_xml 将参数转换为XML
parameter_to_xml_alpha 将alpha参数转换为XML
parameter_to_xml_beta 将beta参数转换为XML
parameter_to_xml_clock_rate 将“clockRate”参数转换为XML
parameter_to_xml_kappa_1 将kappa 1参数转换为XML
parameter_to_xml_kappa_2 将kappa 2参数转换为XML
parameter_to_xml_lambda 将lambda参数转换为XML
parameter_to_xml_m 将m参数转换为XML
parameter_to_xml_mean 将均值参数转换为XML
parameter_to_xml_mu 将mu参数转换为XML
parameter_to_xml_rate_ac 将“rate AC”参数转换为XML
parameter_to_xml_rate_ag 将“rate AG”参数转换为XML
parameter_to_xml_rate_at 将“rate AT”参数转换为XML
parameter_to_xml_rate_cg 将“rate CG”参数转换为XML
parameter_to_xml_rate_ct 将“rate CT”参数转换为XML
parameter_to_xml_rate_gt 将“rate GT”参数转换为XML
parameter_to_xml_s 将s参数转换为XML
parameter_to_xml_scale 将比例参数转换为XML
parameter_to_xml_sigma 将sigma参数转换为XML
phylo_to_xml_state 创建系统发育的XML,如“状态”部分中所用
remove_empty_lines 删除所有仅为空白的行
remove_multiline 删除连续行
rename_inference_model_filenames 重命名推理模型中的文件名
rename_mcmc_filenames 重命名MCMC中的文件名
rln_clock_model_to_xml_mean_rate_prior 被filename_points_covered_by_landmarks使用
rnd_phylo_to_xml_init 创建随机系统发育的XML,如“init”部分所用
site_models_to_xml_operators 从站点模型中编写XML“operators”部分。
site_models_to_xml_prior_distr 将站点模型表示为XML
site_models_to_xml_state 将一个或多个时钟模型转换为XML的“状态”部分作为文本
site_models_to_xml_tracelog 为tracelog部分创建站点模型的XML
site_model_to_xml_lh_distr 为BEAST2参数文件的“siteModel”标记创建XML文本。
site_model_to_xml_operators 将站点模型转换为XML,用于“operators”部分
site_model_to_xml_prior_distr 将站点模型转换为XML,在“上一节”中使用
site_model_to_xml_state 将站点模型转换为XML,用于“state”部分
site_model_to_xml_subst_model 将站点模型转换为XML,用于“subsmodel”部分
site_model_to_xml_tracelog 为tracelog部分创建站点模型的XML
taxa_to_xml_tree 创建beast2xml参数文件的“tree”部分
tipdate_taxa_to_xml_tree 有提示时创建“树”部分(“状态”部分的一部分)
tree_models_to_xml_tracelog 为tracelog部分创建树模型的XML
tree_priors_to_xml_operators 创建一个或多个树优先级列表的XML,如“operators”部分中所用
tree_priors_to_xml_prior_distr 在beast2xml参数文件的分发节的上一节中创建分发节。
tree_priors_to_xml_state 将一个或多个树优先级转换为XML的“state”部分作为文本
tree_priors_to_xml_tracelog 为tracelog部分创建树优先级的XML
tree_prior_to_xml_operators 创建树的XML,如“operators”部分中所用
tree_prior_to_xml_prior_distr 在beast2xml参数文件的分发节的上一节中创建分发节。
tree_prior_to_xml_state 在“state”部分中创建树的XML
tree_prior_to_xml_tracelog 为tracelog部分创建树的XML
yule_tree_prior_to_xml_prior_distr 在BEAST2 XML参数文件的分发节的前一节的前一节中为Yule tree previor创建“previor”节