aldous.test | 通过散点图可视化平衡 | ||
all.equal.treeshape | 比较treeshape类的两个对象 | ||
as.phylo.treeshape | 树对象间的转换 | ||
as.treeshape | 树对象间的转换 | ||
as.treeshape.phylo | 树对象间的转换 | ||
aux_lik | 采样节点位置的概率 | ||
a_N | 计算must | ||
bind.trees | 把两棵树绑在一起 | ||
build_tree | 内部BetaAlphaEta函数 | ||
carnivora.treeshape | 食肉动物的系统发育。 | ||
change_int | 内部功能 | ||
change_int_eta | 内部功能 | ||
cladesize | 计算随机选择的节点的子节点数 | ||
colless | 基于树数据的Colless形状统计计算 | ||
colless.test | 基于Colless或Sackin统计对Yule或PDA假设进行检验 | ||
cutreeshape | “树形”类切割对象 | ||
cytochromc | 细胞色素C家族的系统发育。 | ||
depth | 获取树的节点深度 | ||
enhance | 内部功能 | ||
enhance_eta | 内部功能 | ||
get_extinction_list | 按灭绝顺序给出了系统发育的线索 | ||
get_PD_sample | 计算保守PD的比例 | ||
get_tree_beta | β参数作为剩余尖端比例的函数 | ||
hivtree.treeshape | 193个HIV-1基因序列的系统发育树分析 | ||
insert | 在向量中插入元素 | ||
lambda.epsilon | 计算must | ||
lambda_N | a_b的计算 | ||
likelihood.test | 测试Yule模型和PDA(统一)模型。 | ||
maxlik.betasplit | β分裂模型中β的极大似然 | ||
mcmc_alpha | α参数的推断 | ||
mcmc_eta | alpha和eta参数的推断 | ||
nodes_depths_ordonnes | 获取树的节点深度 | ||
plot.treeshape | 绘制系统发育树形图。 | ||
primates | 灵长类的系统发育。 | ||
rbactrian | mcmc功能提案 | ||
rhodopsin | 视紫红质蛋白质的系统发育。 | ||
rtreeshape | 根据给定的模型生成一个随机二叉树列表 | ||
sackin | 计算树的Sackin索引 | ||
sackin.test | 基于Colless或Sackin统计对Yule或PDA假设进行检验 | ||
shape.statistic | 计算似然比的对数(yule/pda) | ||
shift.test | 系统发育树的变异率检验 | ||
simulate.R | 模拟R=K=K | ||
simulate.R.K | 模拟(R,K) | ||
simulate.Tau.X | 模拟(Tau,one) | ||
simulate.Yi | 模拟随机变量one | ||
simulate_kingman | 基于Kingman合并深度的排序拓扑 | ||
simulate_tree | 模拟排序拓扑 | ||
simulate_yule | 具有生灭过程深度的排序拓扑 | ||
smaller.clade.spectrum | 计算一棵树较小的枝谱。 | ||
spectrum.treeshape | 计算树的光谱 | ||
split | 计算树的每个节点上的拆分 | ||
subtree.test | 检验Yule或PDA假说 | ||
summary.treeshape | 打印“treeshape”类对象的摘要 | ||
tipsubtree | 提取包含预先指定的提示名称或标签的子树 | ||
transform | 内部功能 | ||
transform_eta | 内部功能 | ||
treeshape | 构建treeshape类的对象 | ||
universal.treeshape | 宇宙生命系统发育树 | ||
yule_lengths | 内部BetaAlphaEta函数 |