R语言apTreeshape包说明文档(版本 1.5-0.1)

返回R语言所有包列表

aldous.test 通过散点图可视化平衡
all.equal.treeshape 比较treeshape类的两个对象
as.phylo.treeshape 树对象间的转换
as.treeshape 树对象间的转换
as.treeshape.phylo 树对象间的转换
aux_lik 采样节点位置的概率
a_N 计算must
bind.trees 把两棵树绑在一起
build_tree 内部BetaAlphaEta函数
carnivora.treeshape 食肉动物的系统发育。
change_int 内部功能
change_int_eta 内部功能
cladesize 计算随机选择的节点的子节点数
colless 基于树数据的Colless形状统计计算
colless.test 基于Colless或Sackin统计对Yule或PDA假设进行检验
cutreeshape “树形”类切割对象
cytochromc 细胞色素C家族的系统发育。
depth 获取树的节点深度
enhance 内部功能
enhance_eta 内部功能
get_extinction_list 按灭绝顺序给出了系统发育的线索
get_PD_sample 计算保守PD的比例
get_tree_beta β参数作为剩余尖端比例的函数
hivtree.treeshape 193个HIV-1基因序列的系统发育树分析
insert 在向量中插入元素
lambda.epsilon 计算must
lambda_N a_b的计算
likelihood.test 测试Yule模型和PDA(统一)模型。
maxlik.betasplit β分裂模型中β的极大似然
mcmc_alpha α参数的推断
mcmc_eta alpha和eta参数的推断
nodes_depths_ordonnes 获取树的节点深度
plot.treeshape 绘制系统发育树形图。
primates 灵长类的系统发育。
rbactrian mcmc功能提案
rhodopsin 视紫红质蛋白质的系统发育。
rtreeshape 根据给定的模型生成一个随机二叉树列表
sackin 计算树的Sackin索引
sackin.test 基于Colless或Sackin统计对Yule或PDA假设进行检验
shape.statistic 计算似然比的对数(yule/pda)
shift.test 系统发育树的变异率检验
simulate.R 模拟R=K=K
simulate.R.K 模拟(R,K)
simulate.Tau.X 模拟(Tau,one)
simulate.Yi 模拟随机变量one
simulate_kingman 基于Kingman合并深度的排序拓扑
simulate_tree 模拟排序拓扑
simulate_yule 具有生灭过程深度的排序拓扑
smaller.clade.spectrum 计算一棵树较小的枝谱。
spectrum.treeshape 计算树的光谱
split 计算树的每个节点上的拆分
subtree.test 检验Yule或PDA假说
summary.treeshape 打印“treeshape”类对象的摘要
tipsubtree 提取包含预先指定的提示名称或标签的子树
transform 内部功能
transform_eta 内部功能
treeshape 构建treeshape类的对象
universal.treeshape 宇宙生命系统发育树
yule_lengths 内部BetaAlphaEta函数