| alternative pathways | 绕过底物，寻找特定代谢物/底物的流入和流出反应 | ||
| BFD_Processor | BFD_Processor，一个Bi-Flux-Del-Processor函数 | ||
| bypass reactions for metabolites | 绕过底物，寻找特定代谢物/底物的流入和流出反应 | ||
| BYPASS_REACTIONS_SUBSTRATE | 绕过底物，寻找特定代谢物/底物的流入和流出反应 | ||
| change objective | 改变目标函数，改变目标函数进行优化 | ||
| Change Reaction Bounds | 改变反应界限，改变反应界限 | ||
| CHANGE_OBJ_FUNCTION | 改变目标函数，改变目标函数进行优化 | ||
| CHANGE_RXN_BOUNDS | 改变反应界限，改变反应界限 | ||
| comparison of single deletion flux distributions | SINGLE_DEL_FLUXOME，一个生成比较FLUXOME图的函数 | ||
| degree-measure | 度测量，测量代谢物在网络中的入度和出度。 | ||
| DEGREE_MEASURE | 度测量，测量代谢物在网络中的入度和出度。 | ||
| double knockout | 穷举双缺失，一个计算合成双基因敲除的函数。 | ||
| double knockout result processor | BFD_Processor，一个Bi-Flux-Del-Processor函数 | ||
| double synthetic lethality | 穷举双缺失，一个计算合成双基因敲除的函数。 | ||
| Ecoli_core | E、 大肠杆菌核心模型72个反应和95个代谢物 | ||
| Ec_iAF1260_flux1 | E、 大肠杆菌1260型ORF's | ||
| Ec_iAF1260_flux2 | E、 大肠杆菌1260型ORF's | ||
| Ec_iJR904 | E、 大肠杆菌904型ORF's | ||
| Exhaustive_double_deletion | 穷举双缺失，一个计算合成双基因敲除的函数。 | ||
| Exhaustive_single_deletion | Exhaustive_single_deletion，一个函数，每次删除网络中的每个反应，并返回描述反应杀伤力的结果 | ||
| FBA_solve | 解决CBM问题的函数 | ||
| flux distribution comparisons | 通量差分绘图仪，用于绘制使用FBA求解获得的两个预先存在的通量分布的函数 | ||
| Flux Variability Analysis | 通量变化分析，一个执行通量变化分析的函数。 | ||
| fluxome graphs | SINGLE_DEL_FLUXOME，一个生成比较FLUXOME图的函数 | ||
| flux_difference_plotter | 通量差分绘图仪，用于绘制使用FBA求解获得的两个预先存在的通量分布的函数 | ||
| Flux_Ranger | 一个创建通量渐变的函数。 | ||
| FLUX_VAR_ANALYSIS | 通量变化分析，一个执行通量变化分析的函数。 | ||
| FVA_robustness | FVA d u鲁棒性，一种确定网络鲁棒性变化所引起的变异的函数。 | ||
| gene deletion | 基因缺失，一种产生基因缺失突变体的功能 | ||
| genetic mutants | 基因缺失，一种产生基因缺失突变体的功能 | ||
| Gene_del | 基因缺失，一种产生基因缺失突变体的功能 | ||
| H_pylori_iIT341 | 幽门螺杆菌 | ||
| H_sapien_Recon1 | H、 人类代谢网络重建 | ||
| in-degree | 度测量，测量代谢物在网络中的入度和出度。 | ||
| M_barkeri_iAF629 | 古细菌产甲烷菌Barkeri的基因组代谢模型 | ||
| M_tb_iNJ661 | M、 结核模型iNJ661 | ||
| Objective function | View_objective，一个显示目标函数组成部分的函数。 | ||
| objective function | 改变目标函数，改变目标函数进行优化 | ||
| out-degree | 度测量，测量代谢物在网络中的入度和出度。 | ||
| parallel multi-core simulation | 穷举双缺失，一个计算合成双基因敲除的函数。 | ||
| PERTURBATION_analysis | 扰动分析，一种用于鲁棒性分析的函数。 | ||
| phenotypic phase plane analysis | 表型相平面分析 | ||
| PHPP | 表型相平面分析 | ||
| ramp-down | 扰动分析，一种用于鲁棒性分析的函数。 | ||
| ramp-up | 扰动分析，一种用于鲁棒性分析的函数。 | ||
| robustness analysis | 扰动分析，一种用于鲁棒性分析的函数。 | ||
| Robustness analysis using FVA | FVA d u鲁棒性，一种确定网络鲁棒性变化所引起的变异的函数。 | ||
| SBML | Sybil_2_FBA_obj，用于将Sybil生成的模型转换为abcdeFBA使用的模型的函数。 | ||
| Search-metabolite | 搜索代谢物，使用简单文本查询在模型中搜索代谢物的函数 | ||
| Search-reaction | SEARCH_reaction，一个使用简单文本查询在模型中搜索反应的函数 | ||
| SEARCH_metabolite | 搜索代谢物，使用简单文本查询在模型中搜索代谢物的函数 | ||
| SEARCH_reaction | SEARCH_reaction，一个使用简单文本查询在模型中搜索反应的函数 | ||
| single knockouts | Exhaustive_single_deletion，一个函数，每次删除网络中的每个反应，并返回描述反应杀伤力的结果 | ||
| SINGLE_DEL_FLUXOME | SINGLE_DEL_FLUXOME，一个生成比较FLUXOME图的函数 | ||
| solve FBA problem | 解决CBM问题的函数 | ||
| Sybil_2_FBA_obj | Sybil_2_FBA_obj，用于将Sybil生成的模型转换为abcdeFBA使用的模型的函数。 | ||
| Sybil_S4_object | Sybil_2_FBA_obj，用于将Sybil生成的模型转换为abcdeFBA使用的模型的函数。 | ||
| S_aureus_iSB619 | S.Becker金黄色葡萄球菌模型iSB619 | ||
| S_cerevisiae_IND750 | 酿酒酵母iND750 | ||
| View_objective | View_objective，一个显示目标函数组成部分的函数。 |