R语言aSPU包说明文档(版本 1.49)

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aSPU 单性状-单核苷酸多态性集关联的加权评分(SPU)和适应性SPU(aSPU)检验。
aSPUd 基于渐近分布的自适应加权和(SPU)检验(SPU和aSPU)。
aSPUpath 基于路径的单性状-路径关联能力得分和检验(SPUpath)和适应性SPUpath检验(aSPUpath)。
aSPUpath2 基于路径的单性状-路径关联能力得分和检验(SPUpath)和适应性SPUpath检验(aSPUpath)。(矢量版本,n大时快速)
aSPUr 数量性状的稳健加权和(SPU)检验和aSPU检验
aSPUs 单一性状-单核苷酸多态性集与GWAS汇总统计相关的加权评分(SPUs)和适应性SPU(aSPUs)检验。
aSPUsD 单一性状-单核苷酸多态性集与GWAS汇总统计(基于分布)关联的加权综合得分(SPUs)检验和适应性SPU(aSPUs)检验。
aSPUsPath 基于路径的动力评分和检验(SPUsPath)和适应性SPUsPath检验(aSPUsPath)与GWAS汇总统计的单性状-路径关联。
aSPUsPath2 基于路径的动力评分和检验(SPUsPath)和适应性SPUsPath检验(aSPUsPath)与GWAS汇总统计的单性状-路径关联。(矢量版本,n大时快速)
aSPUw 单性状-单核苷酸多态性集合关联的方差加权加权加权和检验(SPUw)和自适应SPUw检验(aSPUw)。
estcov 埃斯特科夫
exdat 示例数据集
GATES2 基于基因的关联测试,使用扩展Simes程序(GATES)进行单性状-单核苷酸多态性集关联
GatesSimes 盖茨Simes检验单性状-通路关联。
GEEaSPU 广义估计方程中多性状单SNP关联的SPU和aSPU检验。
getlogitp 在logistic回归模型中,基于Wald检验得到多个snp的p值。
Hyst 单性状-路径关联的HYST(HYST)检验
kegg9 冠状动脉疾病(CAD)数据的子集
minP minP测试。
MTaSPUs 多性状的SPU和aSPU测试-单一SNP关联和GWAS汇总统计。
MTaSPUsSet 多性状-单核苷酸多态性集与GWAS综合统计的基因多性状加权和(MTSPUsSet)检验和适应性MTSPUsSet(MTSPUsSet)检验。
MTaSPUsSetPath 利用GWAS汇总统计数据进行多性状-路径关联的多性状-路径综合得分测试(MTSPUsSetPath)和适应性MTSPUsSetPath(mtapussetpath)测试。
MTaSPUsSetScore GWAS汇总统计多性状SNP集关联的基因多性状加权和(MTSPUsSetScore)检验和适应性MTSPUsSet(mtapusset)检验。(添加分数版本)
plotPmat P值矩阵的图像图。
pruneSNP 修剪SNPs(与aSPUs、aSPUsPath、MTaSPUsSet相关)
SAMD11 MTaSPUsSet测试数据示例
simPathAR1Snp 用多个snp模拟一条通路。
someGs MTaSPUsSet测试数据示例