R语言DepLogo包说明文档(版本 1.0)

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Alphabet 内置字母表
alphabet.dna DNA字母表
alphabet.dna.gap 带间隙的DNA字母表
alphabet.protein 氨基酸字母表
alphabet.protein.gap 带间隙的氨基酸字母表
alphabet.rna RNA字母表
alphabet.rna.gap 带间隙的RNA字母表
colorchart 绘制一组序列的颜色图表示。
deprects 平均颜色矩形
DLData 创建“DLData”对象
filter.by.conservation 按守恒筛选列(序列位置)
filter.by.dependencies 按依赖项筛选列(序列位置)
filter.by.gaps 按间隙过滤列(序列位置)
filterColumns 通过某些筛选函数筛选数据列
getDeps 计算位置之间的相关性
getPWM DLData对象的位置权重矩阵
logo 序列标志
partition 大多数相互依赖位置的分区数据
plotBlocks 绘制数据块
plotDeparcs 绘制依赖关系值的图形表示。
plotDeplogo 绘制依赖项徽标
plotDepmatrix 绘制依赖关系值的矩阵表示。
replaceColors 替换DLData对象中的颜色
revcom 反向补码
subBoxes 将权重绘制为箱线图
subLines 将权重绘制为线
suggestColors 为符号建议颜色
summary.DLData 总结DLData对象