R语言DIscBIO包说明文档(版本 1.1.0)
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as.DISCBIO
将单单元格数据对象转换为DISCBIO。
check.format
检查格式
ClassVectoringDT
生成用于决策树分析的类向量。
ClassVectoringDT-method
生成用于决策树分析的类向量。
ClustDiffGenes
丛生
ClustDiffGenes-method
丛生
Clustexp
单细胞转录组数据的聚类分析
Clustexp-method
单细胞转录组数据的聚类分析
clustheatmap
在细胞距离的热图表示中绘制簇
clustheatmap-method
在细胞距离的热图表示中绘制簇
comptSNE
计算tSNE
comptSNE-method
计算tSNE
customConvertFeats
自动功能Id转换。
DEGanalysis
确定所有个体簇之间的差异表达基因(DEGs)。
DEGanalysis-method
确定所有个体簇之间的差异表达基因(DEGs)。
DEGanalysis2clust
确定两个特定簇之间的差异表达基因。
DEGanalysis2clust-method
确定两个特定簇之间的差异表达基因。
DISCBIO
DISCBIO课程
DISCBIO-class
DISCBIO课程
DISCBIO-class,
DISCBIO课程
DISCBIO2SingleCellExperiment
将DISCBIO对象转换为单细胞实验。
Exprmclust
基于表达式值执行基于模型的聚类
Exprmclust-method
基于表达式值执行基于模型的聚类
FinalPreprocessing
最终预处理
FinalPreprocessing-method
最终预处理
FindOutliers
异常单元格的推断
FindOutliers-method
异常单元格的推断
foldchange.seq.twoclass.unpaired
两类非配对测序数据的折叠变换
HumanMouseGeneIds
人类和小鼠的基因标识符。
J48DT
J48决策树
J48DTeval
评价J48决策树的性能。
Jaccard
贾卡德的相似性
KmeanOrder
基于k均值聚类的伪时间序列
KmeanOrder-method
基于k均值聚类的伪时间序列
NetAnalysis
网络分析。
Networking
绘制网络。
NoiseFiltering
噪声滤波
NoiseFiltering-method
噪声滤波
Normalizedata
规范化和过滤
Normalizedata-method
规范化和过滤
PCAplotSymbols
绘制PCA符号
PCAplotSymbols-method
绘制PCA符号
plotExptSNE
在t-SNE图谱中突出基因表达
plotExptSNE-method
在t-SNE图谱中突出基因表达
plotGap
绘制间隙统计
plotGap-method
绘制间隙统计
plotLabelstSNE
带标签的tSNE地图
plotLabelstSNE-method
带标签的tSNE地图
PlotMBpca
PCA模型聚类中伪时序或基因表达的绘制
PlotmclustMB
在PCA中绘制基于模型的聚类。
PlotmclustMB-method
在PCA中绘制基于模型的聚类。
plotOrderTsne
t-SNE图中伪时序的绘制
plotOrderTsne-method
t-SNE图中伪时序的绘制
plotSilhouette
K-均值聚类的轮廓图
plotSilhouette-method
K-均值聚类的轮廓图
plotSymbolstSNE
带符号K均值聚类的tSNE图
plotSymbolstSNE-method
带符号K均值聚类的tSNE图
plottSNE
tSNE地图
plottSNE-method
tSNE地图
PPI
定义一系列基因上的蛋白质相互作用(PPI),
prepExampleDataset
准备示例数据集
pseudoTimeOrdering
伪时序
pseudoTimeOrdering-method
伪时序
rankcols
排列列
reformatSiggenes
重新格式化Siggenes表
replaceDecimals
替换小数
resa
重采样
RpartDT
RPART决策树
RpartEVAL
评估RPART决策树的性能。
sammy
微阵列的显著性分析
samr.estimate.depth
估计排序深度
valuesG1msTest
黏液样脂肪肉瘤细胞系的单细胞数据
VolcanoPlot
火山区
wilcoxon.unpaired.seq.func
两类Wilcoxon统计量