| AssayMutRatio | 用不同的方法计算突变检出率 | ||
| assays | 使用不同的引物和探针进行突变检测 | ||
| chinalist | 在中国的地方名单 | ||
| covid_annot | “indelSNP”函数产生的突变注释结果 | ||
| doubleAssay | 利用双分析信息检测共现突变 | ||
| gene_position | “GFF3”格式的SARS-Cov-2基因定位数据 | ||
| gff3 | SARS-Cov-2的“GFF3”格式注释数据 | ||
| globalProteinMut | 蛋白质的全局突变事件分析 | ||
| globalSNPprofile | 病毒全基因组单核苷酸多态性分析 | ||
| indelSNP | 提供病毒基因组中每个单核苷酸多态性（SNP）、插入和缺失的影响 | ||
| LastfiveNrMutation | 最后5个引物的Bacth分析 | ||
| mergeEvents | 合并相邻事件的单核苷酸多态性（SNP），插入和删除。 | ||
| MutByGene | 特定基因的点突变计数 | ||
| mutStat | 核酸突变统计图 | ||
| nucmer | “nucmer”SNP分析中的突变信息 | ||
| nucmerr | “预处理”nucmer.snps使用“nucmerRMD”函数的文件 | ||
| nucmerRMD | 预处理“nummer”对象以添加组信息 | ||
| plotMutAnno | 通过“indelSNP”函数标注“nucmer”对象后，绘制变异统计图 | ||
| plotMutProteins | 绘制SARS-CoV-2基因组中最常见的蛋白质突变事件 | ||
| refseq | 来自NCBI的SARS-Cov-2基因组参考序列 |