Corbi-package | 基本生物信息学工具的集合 | ||
best_subnets | 最佳子网 | ||
column | 从矩阵中提取列 | ||
Corbi | 基本生物信息学工具的集合 | ||
extend_subnets | 从较小的子网扩展子网 | ||
get_adjusted_deg_diff | 计算给定网络的调整度差 | ||
get_diff_ratio_net | 构建差异表达比率网络 | ||
get_ratio_distribution | 计算表达式比率分布 | ||
get_ratio_distribution2 | 计算表达式比率分布 | ||
get_ratio_variance | 计算表达式比率方差 | ||
get_shortest_distances | 计算无权网络的最短距离 | ||
get_subnets | 所有有限大小的子网 | ||
kappa_score | 科恩kappa评分 | ||
make_DEG_data | 模拟差异表达基因数据(高斯) | ||
make_DEG_data2 | 模拟差异表达基因数据(负二项式) | ||
make_DEG_pattern | 模拟差异表达基因模式 | ||
markrank | 马克拉克 | ||
netDEG | netDEG:差异表达基因鉴定方法 | ||
netDEG_pvalue | 计算netDEG p值 | ||
net_align | 基于条件随机场的网络对齐方法 | ||
net_query | 基于条件随机场的网络查询方法 | ||
net_query_batch | 基于条件随机场的网络查询方法 | ||
nnzero | 子矩阵的非零值个数 | ||
pmultihyper | 多元超几何分布 | ||
pmultinom | 多项式分布 | ||
p_combine | 计算组合p值 | ||
read_net | 从文本文件读取网络信息 | ||
rmultihyper | 多元超几何分布 | ||
simulate_dropout | 模拟退出表达式数据 | ||
simulate_dropout2 | 模拟退出表达式数据 | ||
simulate_sample_groups | 从带有标签的给定样本中模拟样本组 | ||
submatrix | 从矩阵中提取子矩阵 | ||
URG_getFactor | 计算URG方法的归一化因子 | ||
URG_normalize | 使用给定因子规格化 | ||
write_net | 将网络信息写入文本文件 |