R语言Claddis包说明文档（版本 0.6.3）

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Claddis-package 测量形态多样性和进化速度
align_matrix_block 对齐系统发育矩阵块
assign_taxa_to_bins 将分类单元分配到时间容器
bin_changes 统计一系列时间段中的更改
bin_character_completeness 时间序列中的系统发育特征完整性
bin_edge_lengths 时间箱中存在的边长度
build_cladistic_matrix 从矩阵创建形态数据文件
calculate_morphological_distances 从分支矩阵得到距离矩阵
Claddis 测量形态多样性和进化速度
compactify_matrix 将矩阵折叠为唯一的字符状态分布
date_nodes 返回按时间缩放树的节点年龄
day_2016 Day等人2016年的特征分类单元矩阵
estimate_ancestral_states 祖先特征状态估计
find_descendant_edges 获取内部节点的子代边
find_linked_edges 查找树的链接边
find_minimum_spanning_edges 求最小生成树的边
find_mrca 寻找祖先
fix_root_time 修复根时间从树上剪除分类群之后
gauthier_1986 Gauthier 1986的特征分类单元矩阵
map_dollo_changes 多洛字符的随机字符映射
map_stochastic_changes 使用随机字符映射查找树上的所有状态更改
match_tree_edges 边缘匹配函数
michaux_1989 米肖1989的特征分类单元矩阵
ordinate_cladistic_matrix 分支矩阵上的主坐标
partition_time_bins 分时器
plot_changes_on_tree 在分支上打印字符更改
plot_chronophylomorphospace 时间形态空间图
plot_morphospace 绘图形态空间
plot_morphospace_stack 绘制堆叠排序空间
plot_multi_morphospace 绘制多个形态空间
plot_rates_character 可视化速率测试时间序列
plot_rates_time 可视化速率测试时间序列
plot_rates_tree 可视化速率测试时间序列
print.cladisticMatrix 分支矩阵的紧凑显示
prune_cladistic_matrix 删减性状或分类群的性状矩阵
read_nexus_matrix 读入# nexus数据文件
safe_taxonomic_reduction 安全分类还原
safe_taxonomic_reinsertion 将安全移除的分类群重新插入树中
test_rates 跨树、时间和字符类型的离散字符速率
trim_marginal_whitespace 修剪边缘空白
trim_matrix 修剪形态距离矩阵
write_nexus_matrix 写出一个# nexus数据文件
write_tnt_matrix 写出形态TNT数据文件