R语言CePa包说明文档(版本 0.7.0)

返回R语言所有包列表

CePa-package 基于中心性的路径富集
cepa 在单一路径上应用CePa算法
cepa.all CePa算法在多中心路径列表中的应用
cepa.all.parallel 通过并行计算使用CePa包
cepa.ora 在单一路径上应用中心性
cepa.ora.all 在路径列表上应用中心性
cepa.univariate 在单一途径上应用中心性扩展GSA
cepa.univariate.all 在路径列表上应用中心性扩展GSA
gene.list 差异基因表和背景基因表
generate.pathway 从边列表生成igraph对象
get.cepa 从中获取单个cepa对象cepa.所有对象
p.table 路径p值表
pathway.nodes 路径节点的名称
PID.db 来自路径交互数据库(PID)的路径目录
plot.cepa 绘制cepa对象
plot.cepa.all 绘制cepa.所有对象
plot.pathway.catalogue 绘图路径.目录对象
plotGraph 路径网络图
plotNull 绘制路径得分的零分布图
print.cepa 打印cepa对象
print.cepa.all 打印cepa.所有对象
print.pathway.catalogue 打印路径.目录对象
radiality 计算半径中心度
reach 计算最大到达中心度
read.cls 读取存储表型数据的CLS文件
read.gct 读取存储表达式值的GCT格式文件
report 生成CePa分析报告
sampleLabel 生成样本标签的数据结构
set.pathway.catalogue 存储路径数据和预处理
spread 计算半径中心度