CePa-package | 基于中心性的路径富集 | ||
cepa | 在单一路径上应用CePa算法 | ||
cepa.all | CePa算法在多中心路径列表中的应用 | ||
cepa.all.parallel | 通过并行计算使用CePa包 | ||
cepa.ora | 在单一路径上应用中心性 | ||
cepa.ora.all | 在路径列表上应用中心性 | ||
cepa.univariate | 在单一途径上应用中心性扩展GSA | ||
cepa.univariate.all | 在路径列表上应用中心性扩展GSA | ||
gene.list | 差异基因表和背景基因表 | ||
generate.pathway | 从边列表生成igraph对象 | ||
get.cepa | 从中获取单个cepa对象cepa.所有对象 | ||
p.table | 路径p值表 | ||
pathway.nodes | 路径节点的名称 | ||
PID.db | 来自路径交互数据库(PID)的路径目录 | ||
plot.cepa | 绘制cepa对象 | ||
plot.cepa.all | 绘制cepa.所有对象 | ||
plot.pathway.catalogue | 绘图路径.目录对象 | ||
plotGraph | 路径网络图 | ||
plotNull | 绘制路径得分的零分布图 | ||
print.cepa | 打印cepa对象 | ||
print.cepa.all | 打印cepa.所有对象 | ||
print.pathway.catalogue | 打印路径.目录对象 | ||
radiality | 计算半径中心度 | ||
reach | 计算最大到达中心度 | ||
read.cls | 读取存储表型数据的CLS文件 | ||
read.gct | 读取存储表达式值的GCT格式文件 | ||
report | 生成CePa分析报告 | ||
sampleLabel | 生成样本标签的数据结构 | ||
set.pathway.catalogue | 存储路径数据和预处理 | ||
spread | 计算半径中心度 |