| addsamptree | 确定是否接受采样树 | ||
| AML43 | 来自Ding等人的白血病患者原发肿瘤和复发基因组的SNA输入。自然杂志2012。 | ||
| canopy.BIC | 以BIC作为模型选择准则 | ||
| canopy.cluster | SNAs多元聚类的EM算法 | ||
| canopy.cluster.Estep | SNAs多元聚类EM算法的E-step算法 | ||
| canopy.cluster.Mstep | SNAs多元聚类EM算法的M步算法 | ||
| canopy.output | 生成后验树 | ||
| canopy.plottree | 根据树冠绘制树木 | ||
| canopy.post | MCMC采样树的后验评价 | ||
| canopy.sample | 树空间中的MCMC抽样 | ||
| canopy.sample.cluster | 基于SNAs预聚类的树空间MCMC采样 | ||
| canopy.sample.cluster.nocna | 基于SNAs预聚类的树空间MCMC采样 | ||
| canopy.sample.nocna | 树空间中的MCMC抽样 | ||
| getclonalcomposition | 获得克隆合成 | ||
| getCMCm | 获取每个克隆的主副本和次副本 | ||
| getCZ | 获得CNA基因分型矩阵CZ | ||
| getlikelihood | 得到树的可能性 | ||
| getlikelihood.sna | 得到树的SNA可能性 | ||
| getQ | 获得SNA-CNA基因分型矩阵 | ||
| getVAF | 获得变异等位基因频率（VAF） | ||
| getZ | 得到SNA基因分型矩阵Z | ||
| initialcna | 初始化CNA的位置 | ||
| initialcnacopy | 初始化CNA的主要和次要副本 | ||
| initialP | 初始化克隆频率矩阵 | ||
| initialsna | 初始化SNA的位置 | ||
| MDA231 | 项目MDA231的数据集 | ||
| MDA231_sampchain | 预采样树列表 | ||
| MDA231_tree | 最有可能是MDA231项目的树 | ||
| sampcna | 取样CNA位置 | ||
| sampcnacopy | 对CNA的主要和次要副本进行抽样 | ||
| sampP | 取样克隆频率 | ||
| sampsna | 抽样SNA位置 | ||
| sampsna.cluster | 对SNA簇的位置进行采样 | ||
| sortcna | 对已识别的重叠CNA进行排序。 | ||
| toy | 天篷玩具数据集 | ||
| toy2 | 顶棚玩具2 | ||
| toy3 | 天篷玩具3 |