R语言BoolNet包说明文档(版本 2.1.5)
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BoolNet-package
布尔网络的构造、仿真与分析
attractorsToLaTeX
创建吸引子的状态表
binarizeTimeSeries
二值化一组实值时间序列
BoolNet
布尔网络的构造、仿真与分析
cellcycle
哺乳动物细胞周期网络
chooseNetwork
从概率布尔网络中提取单个布尔网络
examplePBN
人工概率布尔网络
fixGenes
模拟敲除或过度表达的基因
generateCanalyzing
生物相关函数类的生成函数
generateNestedCanalyzing
生物相关函数类的生成函数
generateRandomNKNetwork
生成随机N-K布尔网络
generateState
从单个基因值生成状态向量
generateTimeSeries
从网络生成时间序列
getAttractors
布尔网络中吸引子的识别
getAttractorSequence
同步吸引子的状态序列解码
getBasinOfAttraction
在吸引区获得状态
getPathToAttractor
获取状态与其吸引子之间的状态转换
getStateSummary
检索状态的摘要信息
getTransitionProbabilities
概率布尔网络中的转移矩阵及其概率
getTransitionTable
检索网络的转换表
igf
IGF通路的布尔模型
loadBioTapestry
从BioTapestry导入网络
loadNetwork
从文件加载布尔网络
loadSBML
加载SBML文档
markovSimulation
概率布尔网络中重要状态的识别
perturbNetwork
随机扰动布尔网络
perturbTrajectories
扰动状态轨迹并计算鲁棒性测度
plotAttractors
绘制吸引子的状态表或转移图
plotNetworkWiring
绘制布尔网络的布线图
plotPBNTransitions
可视化概率布尔网络中的变换
plotSequence
绘制一系列状态
plotStateGraph
可视化状态转换和吸引子盆地
print.AttractorInfo
打印吸引子循环
print.BooleanNetwork
打印布尔网络
print.BooleanNetworkCollection
打印概率布尔网络
print.BooleanStateInfo
打印转换表
print.MarkovSimulation
打印马尔可夫链模拟的结果
print.ProbabilisticBooleanNetwork
打印概率布尔网络
print.SymbolicSimulation
打印模拟结果
print.TransitionTable
打印转换表
reconstructNetwork
从测量时间序列重构布尔网络
saveNetwork
保存网络
sequenceToLaTeX
创建状态序列表
sequenceToLaTeX.BooleanNetwork
创建状态序列表
sequenceToLaTeX.data.frame
创建状态序列表
simplifyNetwork
简化同步、异步或概率布尔网络的功能
simulateSymbolicModel
模拟符号布尔网络
stateTransition
执行到下一个状态的转换
symbolicToTruthTable
将符号网络转换为真值表表示
testAttractorRobustness
通过与随机网络的比较来测试网络的性能
testIndegree
通过与随机网络的比较来测试网络的性能
testNetworkProperties
通过与随机网络的比较来测试网络的性能
testTransitionRobustness
通过与随机网络的比较来测试网络的性能
toPajek
将网络导出为Pajek文件格式
toSBML
将网络导出到SBML
truthTableToSymbolic
将真值表表示中的网络转换为符号表示
yeastTimeSeries
酵母细胞周期时间序列数据