R语言BoolNet包说明文档(版本 2.1.5)

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BoolNet-package 布尔网络的构造、仿真与分析
attractorsToLaTeX 创建吸引子的状态表
binarizeTimeSeries 二值化一组实值时间序列
BoolNet 布尔网络的构造、仿真与分析
cellcycle 哺乳动物细胞周期网络
chooseNetwork 从概率布尔网络中提取单个布尔网络
examplePBN 人工概率布尔网络
fixGenes 模拟敲除或过度表达的基因
generateCanalyzing 生物相关函数类的生成函数
generateNestedCanalyzing 生物相关函数类的生成函数
generateRandomNKNetwork 生成随机N-K布尔网络
generateState 从单个基因值生成状态向量
generateTimeSeries 从网络生成时间序列
getAttractors 布尔网络中吸引子的识别
getAttractorSequence 同步吸引子的状态序列解码
getBasinOfAttraction 在吸引区获得状态
getPathToAttractor 获取状态与其吸引子之间的状态转换
getStateSummary 检索状态的摘要信息
getTransitionProbabilities 概率布尔网络中的转移矩阵及其概率
getTransitionTable 检索网络的转换表
igf IGF通路的布尔模型
loadBioTapestry 从BioTapestry导入网络
loadNetwork 从文件加载布尔网络
loadSBML 加载SBML文档
markovSimulation 概率布尔网络中重要状态的识别
perturbNetwork 随机扰动布尔网络
perturbTrajectories 扰动状态轨迹并计算鲁棒性测度
plotAttractors 绘制吸引子的状态表或转移图
plotNetworkWiring 绘制布尔网络的布线图
plotPBNTransitions 可视化概率布尔网络中的变换
plotSequence 绘制一系列状态
plotStateGraph 可视化状态转换和吸引子盆地
print.AttractorInfo 打印吸引子循环
print.BooleanNetwork 打印布尔网络
print.BooleanNetworkCollection 打印概率布尔网络
print.BooleanStateInfo 打印转换表
print.MarkovSimulation 打印马尔可夫链模拟的结果
print.ProbabilisticBooleanNetwork 打印概率布尔网络
print.SymbolicSimulation 打印模拟结果
print.TransitionTable 打印转换表
reconstructNetwork 从测量时间序列重构布尔网络
saveNetwork 保存网络
sequenceToLaTeX 创建状态序列表
sequenceToLaTeX.BooleanNetwork 创建状态序列表
sequenceToLaTeX.data.frame 创建状态序列表
simplifyNetwork 简化同步、异步或概率布尔网络的功能
simulateSymbolicModel 模拟符号布尔网络
stateTransition 执行到下一个状态的转换
symbolicToTruthTable 将符号网络转换为真值表表示
testAttractorRobustness 通过与随机网络的比较来测试网络的性能
testIndegree 通过与随机网络的比较来测试网络的性能
testNetworkProperties 通过与随机网络的比较来测试网络的性能
testTransitionRobustness 通过与随机网络的比较来测试网络的性能
toPajek 将网络导出为Pajek文件格式
toSBML 将网络导出到SBML
truthTableToSymbolic 将真值表表示中的网络转换为符号表示
yeastTimeSeries 酵母细胞周期时间序列数据