| BoSSA-package | 一系列的结构和序列分析 | ||
| BoSSA | 一系列的结构和序列分析 | ||
| circular_tree | 画一棵由内而外的圆形树 | ||
| plot.jplace | 打印pplace或jplace对象 | ||
| plot.pplace | 打印pplace或jplace对象 | ||
| pplace | 通过filename_points_covered_by_landmarks函数获得的放置对象 | ||
| pplace_to_matrix | 取代权变矩阵 | ||
| pplace_to_table | 合并多类和pplace对象的放置表 | ||
| pplace_to_taxonomy | 将pplace对象转换为分类表 | ||
| print.jplace | pplace和jplace对象的紧凑显示 | ||
| print.pplace | pplace和jplace对象的紧凑显示 | ||
| print.protdb | protdb对象的紧凑显示 | ||
| read_jplace | 读取jplace文件 | ||
| read_protdb | 读取蛋白质数据库（PDB）文件 | ||
| read_sqlite | 读取pplacer/guppy sqlite文件 | ||
| refpkg | 参考包的汇总数据和绘图 | ||
| sub_pplace | 将pplace对象子集 | ||
| write_jplace | 将jplace或pplace对象写入磁盘 |