| bios2cor-package | 生物序列中的相关/协变量分析与模拟 | ||
| angle2rotamer | 将二面角转换为转子流量计 | ||
| angles.plot | 绘制顶对中二面角的时间演化 | ||
| Bios2cor | 生物序列中的相关/协变量分析与模拟 | ||
| bios2cor | 生物序列中的相关/协变量分析与模拟 | ||
| centered_pca | 对相关/协变矩阵进行主成分分析 | ||
| delta_filter | 为每个元素创建熵/动态分数增量过滤器 | ||
| dynamic_circular | 循环相关 | ||
| dynamic_entropy | 可变性得分 | ||
| dynamic_mi | 互信息函数在分子动力学模拟中的应用 | ||
| dynamic_mip | 互信息积函数在分子动力学模拟中的应用 | ||
| dynamic_omes | OMES（观测值减去期望平方）函数在分子动力学模拟中的应用 | ||
| dynamic_structure | 创建用于分析侧链二面角的数据结构 | ||
| elsc | 子集协变函数的显式似然 | ||
| entropy | 熵得分 | ||
| import.fasta | 以FASTA格式读取文件 | ||
| import.msf | 读取MSF格式的多序列比对文件 | ||
| mcbasc | McBASC函数 | ||
| mi | 互信息（MI）功能 | ||
| mip | 互信息产品（MIP）功能 | ||
| network.plot | 创建顶级元素的网络结构 | ||
| omes | OMES函数 | ||
| pca_2d | 二维PCA投影 | ||
| pca_screeplot | 创建PCA尖叫图 | ||
| random.msa | 随机排列 | ||
| scores.boxplot | 创建相关/协变量得分的箱线图 | ||
| scores_entropy.plot | 分数与熵图 | ||
| top_pairs_analysis | 计算顶部对中每个元素的接触数 | ||
| write.entropy | 写入和显示熵值 | ||
| write.pca | 在PCA空间中创建坐标文件 | ||
| write.pca.pdb | 用于PCA分析三维表示的PDB和PML文件创建 | ||
| write.scores | 创建相关/协变量输出文件 | ||
| xyz2torsion | 将笛卡尔坐标转换为扭转角 |