R语言BiodiversityR包说明文档(版本 2.12-2)

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BiodiversityR-package 生物多样性、适宜性和群落生态分析的图形用户界面
accumcomp 替代物种累积曲线结果
accumcomp.long 辅助函数,用于准备通过ggplot2绘制累积、多样性剖面和Ordiplot结果
accumplot 替代物种累积曲线结果
accumresult 替代物种累积曲线结果
add.spec.scores 将物种分数添加到无约束排序结果
axis.long 辅助函数,用于准备通过ggplot2绘制累积、多样性剖面和Ordiplot结果
balanced.specaccum 平衡物种积累曲线
BCI.env 巴罗科罗拉多岛样方描述
BiodiversityR 生物多样性、适宜性和群落生态分析的图形用户界面
BiodiversityR.changeLog BiodiversityR的变更日志文件
BiodiversityRGUI 生物多样性、群落生态学和整体适宜性分析的图形用户界面
CAPdiscrim 基于判别分析的主坐标典范分析
caprescale 重新缩放Capscale结果以反映距离矩阵的总平方和
centroids.long 辅助函数,用于准备通过ggplot2绘制累积、多样性剖面和Ordiplot结果
check.datasets 同步社区和环境数据集
check.ordiscores 同步社区和环境数据集
crosstabanalysis 交叉表法的有无分析
deviancepercentage 计算GLM解释的偏差百分比和显著性
dist.eval 距离矩阵评估
dist.zeroes 距离矩阵变换
distdisplayed 将排序图中显示的距离与距离矩阵中的距离进行比较
disttransform 群落矩阵变换
diversitycomp 替代多样性结果
diversityresult 替代多样性结果
diversityvariables 替代多样性结果
ensemble.accepted.categories 基于建模算法集合的适应性映射:分类数据的处理
ensemble.analogue 来自气候距离光栅层的气候类似物。
ensemble.analogue.object 来自气候距离光栅层的气候类似物。
ensemble.area 基于建模算法集合的适应性映射:一致性映射
ensemble.batch 基于集成建模算法的适应性映射:批处理
ensemble.bioclim 基于BIOCLIM算法的适应性映射
ensemble.bioclim.graph 物种和气候的生物气候范围图
ensemble.bioclim.graph.data 物种和气候的生物气候范围图
ensemble.bioclim.object 基于BIOCLIM算法的适应性映射
ensemble.calibrate.models 基于建模算法集合的适应性映射:模型和权重的校准
ensemble.calibrate.models.gbm 基于建模算法集合的适应性映射:模型和权重的校准
ensemble.calibrate.models.nnet 基于建模算法集合的适应性映射:模型和权重的校准
ensemble.calibrate.weights 基于建模算法集合的适应性映射:模型和权重的校准
ensemble.centroids 基于环境空间中质心的马氏距离绘制环境带。
ensemble.chull.apply 通过“红色”图书馆的占用面积(AOO)和发生范围(EOO)。
ensemble.chull.buffer.distances 通过“红色”图书馆的占用面积(AOO)和发生范围(EOO)。
ensemble.chull.create 通过“红色”图书馆的占用面积(AOO)和发生范围(EOO)。
ensemble.chull.MSDM 通过“红色”图书馆的占用面积(AOO)和发生范围(EOO)。
ensemble.drop1 基于建模算法集合的适应性映射:模型和权重的校准
ensemble.dummy.variables 基于建模算法集合的适应性映射:分类数据的处理
ensemble.ecocrop 绘制新环境条件图(某些环境条件超出参考区域环境条件范围的区域)。
ensemble.ecocrop.object 绘制新环境条件图(某些环境条件超出参考区域环境条件范围的区域)。
ensemble.environmentalThin 地理或环境空间中存在点坐标的细化
ensemble.environmentalThin.clara 地理或环境空间中存在点坐标的细化
ensemble.evaluate 模型评价包括真技能统计(TSS)、AUCdiff和对称极值依赖指数(SEDI)。
ensemble.formulae 基于建模算法集合的适应性映射:模型和权重的校准
ensemble.habitat.change 基于建模算法集合的适应性映射:一致性映射
ensemble.mean 基于集成建模算法的适应性映射:批处理
ensemble.novel 绘制新环境条件图(某些环境条件超出参考区域环境条件范围的区域)。
ensemble.novel.object 绘制新环境条件图(某些环境条件超出参考区域环境条件范围的区域)。
ensemble.outlierThin 地理或环境空间中存在点坐标的细化
ensemble.pairs 基于建模算法集合的适应性映射:模型和权重的校准
ensemble.PET.season 计算具有最大平衡(最大气候缺水量、累积干旱度)的旱季的降水量和潜在蒸散量之间的平衡。
ensemble.plot 基于集成建模算法的适应性映射:批处理
ensemble.raster 基于建模算法集合的适应性映射:一致性映射
ensemble.red 通过“红色”图书馆的占用面积(AOO)和发生范围(EOO)。
ensemble.SEDI 模型评价包括真技能统计(TSS)、AUCdiff和对称极值依赖指数(SEDI)。
ensemble.simplified.categories 基于建模算法集合的适应性映射:分类数据的处理
ensemble.spatialThin 地理或环境空间中存在点坐标的细化
ensemble.spatialThin.quant 地理或环境空间中存在点坐标的细化
ensemble.strategy 基于建模算法集合的适应性映射:模型和权重的校准
ensemble.threshold 基于建模算法集合的适应性映射:模型和权重的校准
ensemble.VIF 基于建模算法集合的适应性映射:模型和权重的校准
ensemble.VIF.dataframe 基于建模算法集合的适应性映射:模型和权重的校准
ensemble.weights 基于建模算法集合的适应性映射:模型和权重的校准
ensemble.zones 基于环境空间中质心的马氏距离绘制环境带。
evaluation.strip.data 集成适宜性映射的评估条
evaluation.strip.plot 集成适宜性映射的评估条
faramea 巴拿马丰富的西葫芦
ifri 国际林业资源和机构研究网络的实例数据
import.from.Access 同步社区和环境数据集
import.from.Access2007 同步社区和环境数据集
import.from.Excel 同步社区和环境数据集
import.from.Excel2007 同步社区和环境数据集
import.with.readxl 同步社区和环境数据集
importancevalue 重要性值
importancevalue.comp 重要性值
loaded.citations 提供所有加载包的引用信息
makecommunitydataset 从堆叠的数据集生成社区数据集
multiconstrained 通过RDA、CCA或Capscale对分类变量的所有级别进行两两比较
nested.anova.dbrda 基于距离的冗余分析或非参数多元方差分析的嵌套方差分析
nested.npmanova 基于距离的冗余分析或非参数多元方差分析的嵌套方差分析
NMSrandom 以各种随机启动的最小应力计算NMS结果
nnetrandom 用各种随机启动的最小值计算NNET结果
ordibubble 向排序图中添加其他图形项
ordicluster2 向排序图中添加其他图形项
ordicoeno 协调轴的中心线
ordiequilibriumcircle 主成分分析显著性
ordinearest 向排序图中添加其他图形项
ordisurfgrid.long 辅助函数,用于准备通过ggplot2绘制累积、多样性剖面和Ordiplot结果
ordisymbol 向排序图中添加其他图形项
ordivector 向排序图中添加其他图形项
PCAsignificance 主成分分析显著性
prepare.bioenv 距离矩阵评估
radfitresult 替代秩丰度拟合结果
rankabuncomp 秩丰度曲线
rankabundance 秩丰度曲线
rankabunplot 秩丰度曲线
removeNAcomm 同步社区和环境数据集
removeNAenv 同步社区和环境数据集
removezerospecies 同步社区和环境数据集
renyi.long 辅助函数,用于准备通过ggplot2绘制累积、多样性剖面和Ordiplot结果
renyiaccumresult 备选仁义多样性结果
renyicomp 备选仁义多样性结果
renyicomp.long 辅助函数,用于准备通过ggplot2绘制累积、多样性剖面和Ordiplot结果
renyiplot 备选仁义多样性结果
renyiresult 备选仁义多样性结果
replaceNAcomm 同步社区和环境数据集
residualssurface 显示和插值二维残差分布
same.sites 同步社区和环境数据集
sites.long 辅助函数,用于准备通过ggplot2绘制累积、多样性剖面和Ordiplot结果
spatialsample 多边形内的空间采样
species.long 辅助函数,用于准备通过ggplot2绘制累积、多样性剖面和Ordiplot结果
stackcommunitydataset 从堆叠的数据集生成社区数据集
subsetcomm 同步社区和环境数据集
transfgradient 物种组成突变的假设例子的梯度
transfspecies 物种组成变化的假想例子
vectorfit.long 辅助函数,用于准备通过ggplot2绘制累积、多样性剖面和Ordiplot结果
warcom 乌干达华堡AFLP分数
warenv 乌干达华堡种群结构