BallMapper | 创建输入数据的球映射器图形表示的顶点和边(具有其他属性)。请注意,程序不会对数据执行任何标准化。与聚类分析一样,我们建议您在运行函数之前考虑是否规范化数据。 | ||
colorByAllVariables | 生成一个png文件集合,其中映射器图形由以下坐标着色(以便文件数与坐标数相同)。 | ||
colorByAverageValueOfOtherVariable | 生成一个新的着色向量,它是球映射图的每个顶点所覆盖的点上给定函数值的平均值。 | ||
colorByStDevValueOfOtherVariable | 生成一个新的着色向量,它是球映射图的每个顶点所覆盖的点上给定函数值的标准差。 | ||
coloredDynamicNetwork | 此过程生成带有颜色的动态图形。它允许放大操作,并在单击顶点时显示有关顶点的信息。 | ||
ColorIgraphPlot | 生成球映射器图形的静态彩色可视化。它基于BallMapper函数的输出。 | ||
color_by_distance_to_reference_points | 此函数将提供一个新的着色,即点云中的点到参考点的最小平均距离。此过程的输出可以用作BallMapper中的替代着色。 | ||
coordinates_of_points_in_subcollection | 这是一个辅助函数。它获取点的坐标、点子集的ID和坐标的个数,并返回给定坐标在所考虑的点上的排序向量。例如,给定点集合:1 2 3 4 5 6 7 8 9和filename_edges_strength=2,3和filename_points_covered_by_landmarks=2,下面的过程将返回向量$2,5,8¥。 | ||
find_dominant_difference_using_averages | 此过程获取两个点子集(来自Ball Mapper的顶点)并返回这两个集合的平均值差异最大的坐标。为了平衡列中数据的潜在不同数量级的影响,我们将平均数的差异除以整个列的平均数。 | ||
find_dominant_difference_using_averages_normalized_by_sd | 此过程获取两个点子集(来自Ball Mapper的顶点)并返回这两个集合的平均值差异最大的坐标。为了平衡列中潜在不同数量级数据的影响,我们将平均数的差异除以整个列的标准差。 | ||
GrayscaleIgraphPlot | 生成球映射器图形的静态灰度可视化。它基于BallMapper函数的输出。 | ||
normalize_to_average_0_stdev_1 | 此函数用于规范化输入数据集的每一列(变量),使规范化列的平均值为0,标准差为1。 | ||
normalize_to_min_0_max_1 | 此函数用于规范化输入数据集的每一列(变量),以便将最大值映射到一,将最小值映射到零,并将中间值线性映射到间隔(0,1)中的适当点。 | ||
points_covered_by_landmarks | 此函数返回给定地标集合所覆盖的点的列表。 | ||
pointToBallList | 生成两列列表。第一列包含点的数量(可能有重复),第二列包含覆盖它的地标点的数量。例如,假设点1被地标1和2覆盖,点2被地标2覆盖。在这种情况下,得到的列表的形式是:1 1 2 2 2这个列表可以用来进一步分析球映射图的各个部分。 | ||
readBallMapperGraphFromFile | 此过程从文件中读取BallMapper对象。文件的参数是filename。我们假设文件:filename_verticesfilename_edgesfilename_edges_strengthfilename_points_covered_by_landmarksfilename_landmarksfilename_coloring | ||
simpleDynamicNetwork | 这是一个使用networkD3库进行动态可视化的简单示例。此版本不实现顶点的着色,只提供边的一般概述。 | ||
storeBallMapperGraphInFile | 此过程将球映射器图形存储在以下格式的文件中: |