| addDefaultMed | 将生物体的默认培养基添加到竞技场。 | ||
| addDefaultMed-method | 将生物体的默认培养基添加到竞技场。 | ||
| addEssentialMed | 把一种有机体的最小培养基加到培养基中。 | ||
| addEssentialMed-method | 把一种有机体的最小培养基加到培养基中。 | ||
| addEval | 用于添加模拟步骤的函数 | ||
| addEval-method | 用于添加模拟步骤的函数 | ||
| addOrg | 将个人添加到环境中 | ||
| addOrg-method | 将个人添加到环境中 | ||
| addSubs | 向环境中添加物质 | ||
| addSubs-method | 向环境中添加物质 | ||
| Arena | S4类“竞技场类”的构造函数 | ||
| Arena-class | S4级“竞技场”的结构 | ||
| Arena-constructor | S4类“竞技场类”的构造函数 | ||
| Bac | S4类“Bac类”的构造函数 | ||
| Bac-class | S4类“Bac”的结构 | ||
| Bac-Constructor | S4类“Bac类”的构造函数 | ||
| BacArena | BacArena：一个基于Agent的蜂窝社区建模框架 | ||
| cellgrowth | 实现人体细胞生长模型的函数 | ||
| cellgrowth-method | 实现人体细胞生长模型的函数 | ||
| changeDiff | 改变环境中的物质浓度模式 | ||
| changeDiff-method | 改变环境中的物质浓度模式 | ||
| changeFobj | 用于更改模型目标函数的函数 | ||
| changeFobj-method | 用于更改模型目标函数的函数 | ||
| changeOrg | 改变环境中的生物 | ||
| changeOrg-method | 改变环境中的生物 | ||
| changeSub | 改变环境中的物质 | ||
| changeSub-method | 改变环境中的物质 | ||
| checkCorr | 显示模拟生物或基质的相互关系的功能 | ||
| checkCorr-method | 显示模拟生物或基质的相互关系的功能 | ||
| checkPhen | 在环境中检查表型的功能 | ||
| checkPhen-method | 在环境中检查表型的功能 | ||
| checkPhen_par | 在环境中检查表型的功能 | ||
| checkPhen_par-method | 在环境中检查表型的功能 | ||
| chemotaxis | 细菌对其偏爱底物的趋化作用 | ||
| chemotaxis-method | 细菌对其偏爱底物的趋化作用 | ||
| colpal1 | 调色板 | ||
| colpal2 | 调色板 | ||
| colpal3 | 调色板 | ||
| colpal4 | 调色板 | ||
| colpal5 | 调色板 | ||
| colpal6 | 调色板 | ||
| constrain | 基于代谢物浓度约束模型的函数 | ||
| constrain-method | 基于代谢物浓度约束模型的函数 | ||
| consume | 说明物质的消费和生产的功能 | ||
| consume-method | 说明物质的消费和生产的功能 | ||
| createGradient | 根据梯度改变环境中的物质浓度模式 | ||
| createGradient-method | 根据梯度改变环境中的物质浓度模式 | ||
| dat2mat | 用于将生物体数据帧转换为生物体存在/不存在矩阵的函数 | ||
| dat2mat-method | 用于将生物体数据帧转换为生物体存在/不存在矩阵的函数 | ||
| diffuse | 扩散函数 | ||
| diffuse-method | 扩散函数 | ||
| diffusePDE | 物质基质扩散函数 | ||
| diffusePDE-method | 物质基质扩散函数 | ||
| diffuseR | 物质矩阵的自然扩散（邻域）函数 | ||
| diffuseR-method | 物质矩阵的自然扩散（邻域）函数 | ||
| diffuse_par | 平行扩散函数 | ||
| diffuse_par-method | 平行扩散函数 | ||
| emptyHood | 函数来检查摩尔附近是否有空闲的地方 | ||
| emptyHood-method | 函数来检查摩尔附近是否有空闲的地方 | ||
| Eval | S4类“Eval class”的构造函数 | ||
| Eval-class | S4类“Eval”的结构 | ||
| Eval-constructor | S4类“Eval class”的构造函数 | ||
| evalArena | 绘制种群和/或浓度时空变化的功能 | ||
| evalArena-method | 绘制种群和/或浓度时空变化的功能 | ||
| extractMed | 从模拟中重建介质浓度的函数 | ||
| extractMed-method | 从模拟中重建介质浓度的函数 | ||
| findFeeding | 表型间摄食的功能研究 | ||
| findFeeding-method | 表型间摄食的功能研究 | ||
| findFeeding2 | 表型间摄食的功能研究 | ||
| findFeeding2-method | 表型间摄食的功能研究 | ||
| findFeeding3 | 表型间摄食的功能研究 | ||
| findFeeding3-method | 表型间摄食的功能研究 | ||
| findFeeding3rep | 用于研究复制模拟的交叉进给模式的函数 | ||
| findInArena | 用于搜索竞技场和媒体中的关键字的函数 | ||
| findInArena-method | 用于搜索竞技场和媒体中的关键字的函数 | ||
| findrBiomass | 在模型中寻找生物量反应 | ||
| findRxnFlux | 函数获取与给定交换反应的代谢物相关的所有反应通量 | ||
| findRxnFlux-method | 函数获取与给定交换反应的代谢物相关的所有反应通量 | ||
| flushSubs | 清除环境中的所有物质 | ||
| flushSubs-method | 清除环境中的所有物质 | ||
| fluxVarSim | 函数计算模拟对象上的流量变化分析，以获得物质使用的最小/最大值 | ||
| fluxVarSim-method | 函数计算模拟对象上的流量变化分析，以获得物质使用的最小/最大值 | ||
| getArena | 用于从模拟步骤重新构建竞技场对象的函数 | ||
| getArena-method | 用于从模拟步骤重新构建竞技场对象的函数 | ||
| getCorrM | 函数计算并返回相关矩阵 | ||
| getCorrM-method | 函数计算并返回相关矩阵 | ||
| getPhenoMat | 用于从数据集获取表型矩阵的函数 | ||
| getPhenoMat-method | 用于从数据集获取表型矩阵的函数 | ||
| getPhenotype | 提取有机体对象的表型的函数 | ||
| getPhenotype-method | 提取有机体对象的表型的函数 | ||
| getSubHist | 函数获取物质的时间线 | ||
| getSubHist-method | 函数获取物质的时间线 | ||
| getSublb | 用于计算每个生物体的底物浓度的函数 | ||
| getSublb-method | 用于计算每个生物体的底物浓度的函数 | ||
| getVarSubs | 功能得到不同的物质 | ||
| getVarSubs-method | 功能得到不同的物质 | ||
| growExp | 使有机体呈指数增长的功能 | ||
| growExp-method | 使有机体呈指数增长的功能 | ||
| growLin | 使有机体线性生长的功能 | ||
| growLin-method | 使有机体线性生长的功能 | ||
| growth | 实现细菌生长模型的函数 | ||
| growth-method | 实现细菌生长模型的函数 | ||
| growth_par | 实现细菌生长模型的函数 | ||
| growth_par-method | 实现细菌生长模型的函数 | ||
| Human | S4类“人类类”的构造函数 | ||
| Human-class | S4类“人”的结构 | ||
| Human-constructor | S4类“人类类”的构造函数 | ||
| lsd | 计算机标准差下限 | ||
| lysis | 在培养基中加入must对机体细胞的溶解作用 | ||
| lysis-method | 在培养基中加入must对机体细胞的溶解作用 | ||
| minePheno | 挖掘/分析竞技场上发生的表型的功能 | ||
| minePheno-method | 挖掘/分析竞技场上发生的表型的功能 | ||
| move | 有机体随机运动的函数 | ||
| move-method | 有机体随机运动的函数 | ||
| NemptyHood | 函数来检查摩尔附近是否有空闲的地方 | ||
| NemptyHood-method | 函数来检查摩尔附近是否有空闲的地方 | ||
| openArena | 开始模拟 | ||
| optimizeLP | 根据模型结构计算线性规划的函数 | ||
| optimizeLP-method | 根据模型结构计算线性规划的函数 | ||
| Organism | S4类“有机体类”的构造函数 | ||
| Organism-class | S4类“有机体”的结构 | ||
| Organism-constructor | S4类“有机体类”的构造函数 | ||
| plotAbundance | 物种丰富度 | ||
| plotCurves | 用于将整体变化绘制为曲线的函数 | ||
| plotCurves-method | 用于将整体变化绘制为曲线的函数 | ||
| plotCurves2 | 用于将整体变化绘制为具有最大不同颜色的曲线的函数 | ||
| plotCurves2-method | 用于将整体变化绘制为具有最大不同颜色的曲线的函数 | ||
| plotFluxVar | 绘制人口流量变化图 | ||
| plotFVA | 从FVA获得的最优解中绘制种群水平最小和最大通量的函数 | ||
| plotGrowthCurve | 绘制多个模拟的增长曲线 | ||
| plotInterNum | 绘制多个模拟中交互作用次数的变化次数 | ||
| plotPhenCurve | 绘制多个模拟的增长曲线 | ||
| plotPhenNum | 几种模拟的表型曲线图 | ||
| plotReaActivity | 用于绘制每个物种的反应活性的函数 | ||
| plotShadowCost | 函数来绘制一个物种的物质阴影成本 | ||
| plotShadowCost-method | 函数来绘制一个物种的物质阴影成本 | ||
| plotSpecActivity | 用于绘制每个物种的物质使用情况 | ||
| plotSubCurve | 绘制多个模拟的物质曲线 | ||
| plotSubDist | 概述物质随时间的空间分布的函数。 | ||
| plotSubDist-method | 概述物质随时间的空间分布的函数。 | ||
| plotSubDist2 | 概述物质随时间的空间分布的函数。 | ||
| plotSubDist2-method | 概述物质随时间的空间分布的函数。 | ||
| plotSubUsage | 按物种划分物质用途的函数 | ||
| plotSubVar | 绘制物质变化图 | ||
| plotTotFlux | 用于绘制反应活性总体变化的函数 | ||
| plotTotFlux-method | 用于绘制反应活性总体变化的函数 | ||
| readMATmod | 阅读matlab模型 | ||
| redEval | 通过压缩介质浓度来减小评估对象大小的函数 | ||
| redEval-method | 通过压缩介质浓度来减小评估对象大小的函数 | ||
| reset_screen | 重置打印屏幕 | ||
| rmSubs | 清除物质 | ||
| rmSubs-method | 清除物质 | ||
| selPheno | 从特定的迭代和物种中选择在竞技场上发生的表型的功能 | ||
| selPheno-method | 从特定的迭代和物种中选择在竞技场上发生的表型的功能 | ||
| setKinetics | 设置物质吸收的米氏-门汀动力学的函数 | ||
| setKinetics-method | 设置物质吸收的米氏-门汀动力学的函数 | ||
| sihumi_test | 多品种试验数据集 | ||
| simBac | Bac类对象的一次模拟迭代函数 | ||
| simBac-method | Bac类对象的一次模拟迭代函数 | ||
| simBac_par | Bac类对象的一次模拟迭代函数 | ||
| simBac_par-method | Bac类对象的一次模拟迭代函数 | ||
| simEnv | 模拟环境中所有进程的主要功能 | ||
| simEnv-method | 模拟环境中所有进程的主要功能 | ||
| simEnv_par | 用于并行模拟环境中所有进程的主要功能 | ||
| simEnv_par-method | 用于并行模拟环境中所有进程的主要功能 | ||
| simHum | 类对象的一次模拟迭代函数 | ||
| simHum-method | 类对象的一次模拟迭代函数 | ||
| statPheno | 研究有机体特定表型的功能 | ||
| statPheno-method | 研究有机体特定表型的功能 | ||
| stirEnv | 搅拌/混合整个环境的功能 | ||
| stirEnv-method | 搅拌/混合整个环境的功能 | ||
| Substance | S4类“物质”的构造器 | ||
| Substance-class | S4类“物质”的结构 | ||
| Substance-constructor | S4类“物质”的构造器 | ||
| unit_conversion | 单位换算函数 | ||
| unit_conversion-method | 单位换算函数 | ||
| usd | 计算机标准差上界 |