AA57OLMatrix | 57个氨基酸和二级结构组合的重叠矩阵。 | ||
AA57OLWeights | 57个氨基酸和二级结构组合的重叠权重。 | ||
aaCodes1Letter19 | 单字母氨基酸命名惯例。 | ||
aaCodes1Letter20 | 单字母氨基酸命名惯例。 | ||
aaCodes3Letter1stCap | 首字母大写的三字母氨基酸命名惯例。 | ||
aaCodes3LetterAllCap | 所有字母大写的三字母氨基酸命名惯例。 | ||
aaCodes3LetterAllCap.v | 所有字母大写的三字母氨基酸命名惯例。 | ||
aaFreq | 预定义的氨基酸频率数据。 | ||
AvgCov.t | 所有氨基酸类型(包括氧化胱氨酸)的三个二级结构的平均协方差。 | ||
bamorc | 计算参考校正值。 | ||
calculate_aa_prob | 计算氨基酸分型概率。 | ||
calculate_chi_squared_stat | 计算卡方统计量。 | ||
calculate_mse | 计算均方误差 | ||
calculate_rcf | 计算氨基酸和二级结构的相对累积频率。 | ||
CAMuTable | α碳的平均化学位移值。 | ||
CarbonCov.t | α和β碳化学位移的协方差值。 | ||
CASdTable | α碳化学位移值的标准偏差。 | ||
CBMuTable | β碳的平均化学位移值。 | ||
CBSdTable | β碳化学位移值的标准偏差。 | ||
chemicalShifts | 预定义的样品化学位移数据。 | ||
cname | 所有的氨基酸和二级结构的组合,方便访问。 | ||
ID | 包含在BaMORC包中的RefDB ID。 | ||
inverseMatrices | 逆矩阵。 | ||
jpred_fetcher | 使用JPred批量提交调度程序提交蛋白质序列并返回二级结构结果。 | ||
read_db_file | filename_points_covered_by_landmarks()'从包含在BaMORC包中的现有数据库读入数据。此数据库是从RefDB数据库中提取的。 | ||
read_nmrstar_file | 从bmrbstar3.0文件中提取数据。filename_points_covered_by_landmarks()'解析BMRB STAR 3.0文件。它将提取α和β碳的序列信息和化学位移。 | ||
read_raw_file | 从蛋白质核磁共振实验峰列表中提取数据。+函数读入用户提供的蛋白质核磁共振实验峰列表。它目前支持csv、txt格式的文件,并带有逗号、空格或分号的分隔符。注意:请不要在序列和化学位移数据之间留空格,否则会报告错误。 | ||
RefDB.StatCA | RefDB中α碳的化学位移值统计。 | ||
RefDB.StatCB | RefDB中β碳化学位移值的统计。 | ||
RefDB_data | RefDB对象 | ||
unassigned_bamorc | 计算未分配蛋白质NMR峰值列表的参考校正值。filename_points_covered_by_landmarks()'将分析未分配的蛋白质核磁共振波谱,首先通过SSC将峰列表分组,然后通过JPred估计二级结构,最后使用BaMORC核函数计算参考校正值。 |