R语言BaMORC包说明文档(版本 1.0.1)

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AA57OLMatrix 57个氨基酸和二级结构组合的重叠矩阵。
AA57OLWeights 57个氨基酸和二级结构组合的重叠权重。
aaCodes1Letter19 单字母氨基酸命名惯例。
aaCodes1Letter20 单字母氨基酸命名惯例。
aaCodes3Letter1stCap 首字母大写的三字母氨基酸命名惯例。
aaCodes3LetterAllCap 所有字母大写的三字母氨基酸命名惯例。
aaCodes3LetterAllCap.v 所有字母大写的三字母氨基酸命名惯例。
aaFreq 预定义的氨基酸频率数据。
AvgCov.t 所有氨基酸类型(包括氧化胱氨酸)的三个二级结构的平均协方差。
bamorc 计算参考校正值。
calculate_aa_prob 计算氨基酸分型概率。
calculate_chi_squared_stat 计算卡方统计量。
calculate_mse 计算均方误差
calculate_rcf 计算氨基酸和二级结构的相对累积频率。
CAMuTable α碳的平均化学位移值。
CarbonCov.t α和β碳化学位移的协方差值。
CASdTable α碳化学位移值的标准偏差。
CBMuTable β碳的平均化学位移值。
CBSdTable β碳化学位移值的标准偏差。
chemicalShifts 预定义的样品化学位移数据。
cname 所有的氨基酸和二级结构的组合,方便访问。
ID 包含在BaMORC包中的RefDB ID。
inverseMatrices 逆矩阵。
jpred_fetcher 使用JPred批量提交调度程序提交蛋白质序列并返回二级结构结果。
read_db_file filename_points_covered_by_landmarks()'从包含在BaMORC包中的现有数据库读入数据。此数据库是从RefDB数据库中提取的。
read_nmrstar_file 从bmrbstar3.0文件中提取数据。filename_points_covered_by_landmarks()'解析BMRB STAR 3.0文件。它将提取α和β碳的序列信息和化学位移。
read_raw_file 从蛋白质核磁共振实验峰列表中提取数据。+函数读入用户提供的蛋白质核磁共振实验峰列表。它目前支持csv、txt格式的文件,并带有逗号、空格或分号的分隔符。注意:请不要在序列和化学位移数据之间留空格,否则会报告错误。
RefDB.StatCA RefDB中α碳的化学位移值统计。
RefDB.StatCB RefDB中β碳化学位移值的统计。
RefDB_data RefDB对象
unassigned_bamorc 计算未分配蛋白质NMR峰值列表的参考校正值。filename_points_covered_by_landmarks()'将分析未分配的蛋白质核磁共振波谱,首先通过SSC将峰列表分组,然后通过JPred估计二级结构,最后使用BaMORC核函数计算参考校正值。