R语言BIGDAWG包说明文档(版本 2.3.1)

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A 氨基酸分析功能
A.wrapper 氨基酸包装
AA.df.check 列联表检查
AAtable.builder 氨基酸列联表构建
AlignmentFilter 对齐过滤器
AlignObj.Create 路线对象创建者
AlignObj.Update 更新的路线对象创建者
Append.System 在等位基因串上附加遗传系统基因座名称
BIGDAWG BIGDAWG主包装函数
Build.Matrix 建立GL2Tab转换的输出矩阵
buildHAPnames 单倍型名称生成器
buildHAPsets 单倍型列表生成器
cci 病例对照优势比计算与作图
cci.pval 从Epicalc计算病例对照优势比
cci.pval.list 从Epicalc表变异计算病例对照优势比
Check.Cores 检查核心参数
Check.Data 检查数据结构
Check.Params 检查输入参数
Check.Params.GLS 检查GLS转换的输入参数
CheckAlleles 用于氨基酸分析的HLA等位基因合法性检查
CheckHLA 氨基酸分析的HLA格式检查
CheckLoci 氨基酸分析的HLA位点合法性检查
CheckRelease 用于检查发布版本的函数
CheckString.Allele GL字符串等位基因检查
CheckString.Locus GL字符串轨迹检查
Create.Null.Table 创建空表
DRB345.Check.Wrapper DRB345单倍型合子包装
DRB345.Check.Zygosity DRB345单倍型合子性检验单位点
DRB345.Exp 应为DRB345
DRB345.parser DRB345列处理
Err.Log 错误代码显示和记录
EVSremoval 表达式变量后缀删除
ExonPtnAlign.Create 蛋白质外显子比对格式化程序
ExonPtnList 外显子2(II类)或2/3(I类)蛋白质比对。
Filler 替换或填充00:00等位基因串
Format.Allele 不明确的等位基因位点名称格式
Format.Tab 表格数据格式工具
getAllele.Count 重新计算等位基因数
getCS.Mat 卡方矩阵
getCS.stat 卡方检验统计量
GetField HLA修剪功能
getFileName 文件名提取
GetFiles 文件获取程序
getHap 单倍型制表器
getObsFreq 观测频率
GL2Tab.Loci GL2Tab的轨迹排序
GL2Tab.Sub 类型列表字符串扩展器
GL2Tab.wrapper 基因型列表字符串到表格数据的转换
GLSconvert 基因型列表字符串转换
H.MC 多核单体型分析函数
H.MC.wrapper 多核单体型包装器
HLA_data HLA数据集示例
HWE Hardy-Weinbergy平衡函数
HWE.ChiSq Hardy-Weinbergy平衡函数
HWE.wrapper Hardy Weinbery包装机
L 轨迹分析函数
L.wrapper 轨迹包装器
make2x2 使用指定的方向创建2x2表格。
makeComb 基因型组合制造者
MergeData_Output 数据对象合并和输出
PgrpExtract HLA-P群查找器
PgrpFormat HLA P组文件格式化程序
PreCheck 数据汇总功能
prepData 准备导入的数据
rmABstrings 替换缺失的等位基因串
RunChiSq 卡方列联表检验
Stripper 从等位基因中删除系统和基因座
summaryGeno.2 单倍型缺失等位基因汇总函数
Tab2GL.Loci Tab2GL的轨迹电容器
Tab2GL.Sub 串电容器
Tab2GL.wrapper 基因型列表字符串到表格数据的转换
TableMaker 制表师
UpdateRelease 新IMGT-HLA数据发布后蛋白质比对功能的更新