R语言BBMV包说明文档(版本 2.1)

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BBMV-package 任何形状的宏观进化景观中连续性状演化的模型
ACE_FPK 祖先特征估计
add.ML.landscape.FPK 根据FPK或BBM+V型模型
BBMV 任何形状的宏观进化景观中连续性状演化的模型
charac_time 特征时间测量
ConvProp_bounds 扩散矩阵与特征密度向量的卷积。
DiffMat_backwards 扩散矩阵构建
DiffMat_forward 扩散矩阵构建
find.mle_FPK 极大似然估计
find.mle_FPK_multiple_clades_same_V_different_sig2 极大似然估计
find.mle_FPK_multiple_clades_same_V_same_sig2 极大似然估计
fit_BBMV_multiple_clades_different_V_different_sig2 将独立模型安装在几个分支中。
fit_FPK_multiple_clades_different_V_different_sig2 将独立模型安装在几个分支中。
FormatTree_bounds 树格式。
FPK_sim_traitgram 带traitgram的仿真
get.landscape.FPK 根据FPK或BBM+V型模型
get.landscape.FPK.MCMC 绘制宏观演化景观的后验分布图。
lnL_BBMV 似然函数的建立
lnl_BBMV_multiclades_same_V_different_sig2 多分支的似然函数
lnl_BBMV_multiclades_same_V_same_sig2 多分支的似然函数
lnL_FPK 似然函数的建立
lnl_FPK_multiclades_same_V_different_sig2 多分支的似然函数
lnl_FPK_multiclades_same_V_same_sig2 多分支的似然函数
LogLik_bounds FPK模型的可能性
LogLik_bounds_est_root FPK模型的可能性
log_prior_5pars_root_bounds 优先功能。
log_prior_nclades_plus_3_pars 优先功能。
MH_MCMC_FPK MCMC估计
MH_MCMC_FPK_multiclades 多分支的MCMC估计
posterior_vs_prior FPK模型的后验与前验比较。
prep_mat_exp 矩阵指数。
proposal_5pars_root_bounds MCMC函数的参数更新
proposal_nclades_plus_3_pars multiclade MCMC函数的参数更新
reformat_multiclade_results 格式化多叶拟合的输出
Sim_FPK 模拟BBM+V型过程。
trans_from_fixed 线性转换
trans_to_fixed 线性转换
Uncertainty_FPK 参数不确定性
VectorPos_bounds 将连续特征值离散化为概率向量。