R语言BAMMtools包说明文档(版本 2.1.7)

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addBAMMlegend 向phylo速率图添加颜色图例
addBAMMshifts 在系统发育图中添加“BAMM”-推测的速率变化
assignColorBreaks 将宏观进化速率映射到颜色
BAMMlikelihood 计算“BAMM”可能性
BAMMtools BAMMtools公司
BAMMtools-data BAMMtools数据集
cohorts 可视化宏观进化队列
computeBayesFactors 计算贝叶斯因子
credibleShiftSet 从“BAMM”结果得到的一组可信的宏观进化速率-位移配置
cumulativeShiftProbsTree 分支特定速率转移概率
distinctShiftConfigurations 识别不同的速率转换配置
dtRates 从“BAMM”输出计算系统发育的宏观进化率变化
events.fishes BAMMtools数据集
events.primates BAMMtools数据集
events.whales BAMMtools数据集
fishes BAMMtools数据集
generateControlFile 为“BAMM”生成控制文件
getBestShiftConfiguration 从“BAMM”分析中获得最佳(采样)速率移位配置
getBranchShiftPriors 从BAMM输出计算系统发育的每个分支上速率变化的先验概率
getCladeRates 计算分支特定平均速率
getCohortMatrix 计算“bammdata”对象中所有提示之间在速率区域中的成对相关性
getEventData 从MCMC输出创建“bammdata”对象
getJenksBreaks Jenks自然断裂分类
getMarginalBranchRateMatrix 计算“bammdata”对象的平均分支速率
getMeanBranchLengthTree 计算分支长度等于相应宏观进化率估计的系统发育
getmrca 查找最近的共同祖先
getRateThroughTimeMatrix 从“bammdata”对象通过时间矩阵生成速率
getShiftNodesFromIndex 标识与“bammdata”对象的速率偏移关联的节点
getTipRates 从“bammdata”对象计算特定于尖端的宏进化速率
marginalOddsRatioBranches 单个分支的(边缘)后验概率与先验概率之比
marginalShiftProbsTree 分支特定速率转移概率
mass.primates BAMMtools数据集
maximumShiftCredibility 估计最大轮班可信度配置
mcmc.primates BAMMtools数据集
mcmc.whales BAMMtools数据集
plot.bammdata 绘制“BAMM”-系统发育的宏观进化率估计值
plot.bammshifts 在系统发育图上绘制不同的速率移位构型
plot.credibleshiftset 根据“BAMM”分析绘制一组可靠的速率转换配置
plotPrior 绘制位移的前后分布图
plotRateThroughTime 绘制随时间变化的速率
primates BAMMtools数据集
print.credibleshiftset 从“BAMM”分析总结可靠的轮班配置集
ratesHistogram “BAMM”频率直方图
richColors 丰富的调色板
samplingProbs 创建特定于类别的采样分数
setBAMMpriors 设置BAMM优先级
speciesByRatesMatrix 通过时间轨迹计算物种特异率
stepBF 利用Bayes因子确定最佳班次
strapp STRAP:系统发育的结构化速率排列
subsetEventData “bammdata”对象的子集
subtreeBAMM 从“bammdata”对象中拉出子树
summary.bammdata “BAMM”分析得出的汇率变动结果摘要
summary.credibleshiftset 从“BAMM”分析总结可靠的轮班配置集
testTimeVariableBranches 评估跨树时间速率变化的证据
traitDependentBAMM STRAP:系统发育的结构化速率排列
traits.fishes BAMMtools数据集
transparentColor 使用透明度定义颜色
whales BAMMtools数据集
writeEventData 将“bammdata”对象写入磁盘