addBAMMlegend | 向phylo速率图添加颜色图例 | ||
addBAMMshifts | 在系统发育图中添加“BAMM”-推测的速率变化 | ||
assignColorBreaks | 将宏观进化速率映射到颜色 | ||
BAMMlikelihood | 计算“BAMM”可能性 | ||
BAMMtools | BAMMtools公司 | ||
BAMMtools-data | BAMMtools数据集 | ||
cohorts | 可视化宏观进化队列 | ||
computeBayesFactors | 计算贝叶斯因子 | ||
credibleShiftSet | 从“BAMM”结果得到的一组可信的宏观进化速率-位移配置 | ||
cumulativeShiftProbsTree | 分支特定速率转移概率 | ||
distinctShiftConfigurations | 识别不同的速率转换配置 | ||
dtRates | 从“BAMM”输出计算系统发育的宏观进化率变化 | ||
events.fishes | BAMMtools数据集 | ||
events.primates | BAMMtools数据集 | ||
events.whales | BAMMtools数据集 | ||
fishes | BAMMtools数据集 | ||
generateControlFile | 为“BAMM”生成控制文件 | ||
getBestShiftConfiguration | 从“BAMM”分析中获得最佳(采样)速率移位配置 | ||
getBranchShiftPriors | 从BAMM输出计算系统发育的每个分支上速率变化的先验概率 | ||
getCladeRates | 计算分支特定平均速率 | ||
getCohortMatrix | 计算“bammdata”对象中所有提示之间在速率区域中的成对相关性 | ||
getEventData | 从MCMC输出创建“bammdata”对象 | ||
getJenksBreaks | Jenks自然断裂分类 | ||
getMarginalBranchRateMatrix | 计算“bammdata”对象的平均分支速率 | ||
getMeanBranchLengthTree | 计算分支长度等于相应宏观进化率估计的系统发育 | ||
getmrca | 查找最近的共同祖先 | ||
getRateThroughTimeMatrix | 从“bammdata”对象通过时间矩阵生成速率 | ||
getShiftNodesFromIndex | 标识与“bammdata”对象的速率偏移关联的节点 | ||
getTipRates | 从“bammdata”对象计算特定于尖端的宏进化速率 | ||
marginalOddsRatioBranches | 单个分支的(边缘)后验概率与先验概率之比 | ||
marginalShiftProbsTree | 分支特定速率转移概率 | ||
mass.primates | BAMMtools数据集 | ||
maximumShiftCredibility | 估计最大轮班可信度配置 | ||
mcmc.primates | BAMMtools数据集 | ||
mcmc.whales | BAMMtools数据集 | ||
plot.bammdata | 绘制“BAMM”-系统发育的宏观进化率估计值 | ||
plot.bammshifts | 在系统发育图上绘制不同的速率移位构型 | ||
plot.credibleshiftset | 根据“BAMM”分析绘制一组可靠的速率转换配置 | ||
plotPrior | 绘制位移的前后分布图 | ||
plotRateThroughTime | 绘制随时间变化的速率 | ||
primates | BAMMtools数据集 | ||
print.credibleshiftset | 从“BAMM”分析总结可靠的轮班配置集 | ||
ratesHistogram | “BAMM”频率直方图 | ||
richColors | 丰富的调色板 | ||
samplingProbs | 创建特定于类别的采样分数 | ||
setBAMMpriors | 设置BAMM优先级 | ||
speciesByRatesMatrix | 通过时间轨迹计算物种特异率 | ||
stepBF | 利用Bayes因子确定最佳班次 | ||
strapp | STRAP:系统发育的结构化速率排列 | ||
subsetEventData | “bammdata”对象的子集 | ||
subtreeBAMM | 从“bammdata”对象中拉出子树 | ||
summary.bammdata | “BAMM”分析得出的汇率变动结果摘要 | ||
summary.credibleshiftset | 从“BAMM”分析总结可靠的轮班配置集 | ||
testTimeVariableBranches | 评估跨树时间速率变化的证据 | ||
traitDependentBAMM | STRAP:系统发育的结构化速率排列 | ||
traits.fishes | BAMMtools数据集 | ||
transparentColor | 使用透明度定义颜色 | ||
whales | BAMMtools数据集 | ||
writeEventData | 将“bammdata”对象写入磁盘 |