R语言BALCONY包说明文档（版本 0.2.10）

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alignment 可溶性环氧化物水解酶家族的样品比对
alignment2matrix 将对齐加载到矩阵中
align_params 获取对齐尺寸
align_seq_mtx2grs 根据用户选择的性质将氨基酸符号转换为组。
barplotshow 显示特定位置氨基酸变化的条形图
calculate_AA_variation 计算多重序列比对的每个位置上的AA变化
calculate_pseudo_counts 计算对齐的伪计数
compare_cons_metrics ighd_hum_df
cons2seqs_ident 一致序列中每个序列的一致性。
cons2seqs_sim 群体一致性对每个序列的比对相似性
consensus 一致序列测定
convert_AA_symbol 氨基酸符号转换
create_final_CSV 创建CSV文件以保存结果
create_structure_seq 将感兴趣的构造数据叠加在对齐后的序列上
CRE_conservativity 计算累积相对熵得分
delete_isoforms 从对齐对象中删除蛋白质异构体
D_matrix 计算两种氨基酸间的取代率矩阵
Escore_conservativity 计算Escore守恒度量
excl_low_prob_strcts 排除低概率结构数据
find_consecutive_seq 在数字向量中寻找数字序列
find_seq 按对齐中的id查找序列。
find_seqid 按指定库中给定对齐方式中的其他序列标识符查找序列标识符
get_pos_based_seq_weights 基于位置的权值序列对齐
get_prot_entropy 得到所选蛋白质基于MSA的计算熵。
get_remarks465_pdb 从PDB文件获取“REMARK 465”数据
get_seq_names 从对齐中获取序列的名称
get_seq_weights 获取序列权重
get_structures_entropy 得到给定蛋白质中氨基酸（感兴趣区域）的熵
get_structures_idx 从对齐序列（MSA）获取结构元素的ID
gonnet Gonnet代换矩阵
is_upper 检查字母是否大写。
kabat_conservativity 计算Kabat守恒度量
kolmogorov_smirnov_test 对结构数据进行Kolmogorov-Smirnov检验
landgraf_conservativity 计算Landgraf保护分数
noteworthy_seqs 在数据集中查找值得注意的序列（对齐序列）
pairwise_alignment_MSA 计算整个MSA的成对对齐
plot_entropy 蛋白质熵图
plot_structure_on_protein 蛋白质背景图结构熵
prepare_structure_profile 这个函数结合了氨基酸结构构建的熵数据和它们的指数
preprocess_hmm_output 预处理HMM输出
read_structure 从文本文件读取结构数据
RealValET_conservativity 计算实值演化轨迹（ET）
schneider_conservativity 计算Schneider守恒度量
shannon_conservativity 计算香农守恒度量
small_alignment 可溶性环氧化物水解酶家族的小样本比对
structure 结构数据示例
substitution_mtx 读取替换矩阵