R语言AnaCoDa包说明文档（版本 0.1.4.4）

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AAToCodon 氨基酸密码子集
acfCSP 绘制密码子特定参数跟踪的ACF
acfMCMC 似然或后验迹的自相关函数
addObservedSynthesisRateSet 添加观察到的基因合成率
aminoAcids 氨基酸
calculateMarginalLogLikelihood 计算一组参数的边际对数似然
calculateSCUO 计算同义密码子使用顺序（SCUO）
codons 密码子
codonToAA 将密码子翻译成氨基酸
convergence.test 收敛性检验
findOptimalCodon 查找并返回最佳密码子列表
fixDEta 菲克德塔
fixDM 固定DM
fixSphi 菲克斯菲
geomMean 取向量的几何平均值
getAdaptiveWidth 获取自适应宽度
getCAI 计算密码子适应指数
getCAIweights 计算参考基因组的CAI密码子重量
getCodonCounts 获取所有氨基酸的密码子计数
getCodonCountsForAA 获取特定氨基酸的密码子计数
getCodonSpecificPosteriorMeanForCodon GetCodonsSpecificPosteriorManforcodon类
getCodonSpecificPosteriorVarianceForCodon GetCodonsSpecificPosterionaceForCodon密码子
getCodonSpecificQuantilesForCodon GetCodonsSpecificQuantilesForCodon
getCSPEstimates 返回密码子特定参数（或写入csv）估计值数据框
getEstimatedMixtureAssignmentForGene GetEstimateMitxtureAssignmentForgene公司
getEstimatedMixtureAssignmentProbabilitiesForGene GetEstimateMitxtureAssignmentProbabilities伪造
getExpressionEstimates 返回基因的估计后验概率
getGroupList 获取组列表
getLogLikelihoodTrace getLogLikelihoodTrace公司
getLogPosteriorMean getLogPosteriorMean公司
getLogPosteriorTrace getLogPosteriorTrace公司
getMixtureAssignmentEstimate 返回每个基因的混合分配估计
getNames 基因组的基因名
getNc 计算密码子的有效数目
getNcAA 计算每个氨基酸的有效密码子数
getNoiseOffsetPosteriorMean getNoiseOffsetPosteriorMean获取噪声偏移
getNoiseOffsetVariance 获取NoiseOffsetVariance
getObservedSynthesisRateSet 获得观察到的基因合成率
getSamples 获取示例
getSelectionCoefficients 计算选择系数
getStdDevSynthesisRatePosteriorMean getStdDevSynthesisRatePosteriorMean公司
getStdDevSynthesisRateVariance GetStdDevSynthesisRate方差
getStepsToAdapt 获取步骤适应
getSynthesisRate 获取合成速率
getSynthesisRatePosteriorMeanForGene GetSynthesisRatePosteriorManforgene公司
getSynthesisRatePosteriorVarianceForGene GetSynthesisRatePosterionaceForgene公司
getThinning 开始思考
getTrace 从参数对象中提取跟踪对象。
getTraceObject getTraceObject对象
initializeCovarianceMatrices 初始化协方差矩阵
initializeGenomeObject 基因组初始化
initializeMCMCObject 初始化MCMC
initializeModelObject 模型初始化
initializeParameterObject 初始化参数
initializeSynthesisRateByGenome 按基因组初始化合成速率
initializeSynthesisRateByList initializeSynthesisRateByList
initializeSynthesisRateByRandom 按随机数初始化合成速率
initMutationCategories 初始化类别
initSelectionCategories 初始化选择类别
length.Rcpp_Genome 基因组长度
loadMCMCObject 加载MCMC对象
loadParameterObject 加载参数对象
plot.Rcpp_FONSEModel 打印模型对象
plot.Rcpp_FONSEParameter 绘图参数
plot.Rcpp_MCMCAlgorithm Plot-MCMC算法
plot.Rcpp_ROCModel 打印模型对象
plot.Rcpp_ROCParameter 绘图参数
plot.Rcpp_Trace 打印跟踪对象
plotAcceptanceRatios 地块接受率
plotCodonSpecificParameters 密码子特异参数图
readPhiValue ReadPhi值
runMCMC 运行MCMC
setAdaptiveWidth 设置自适应宽度
setGroupList 集合组列表
setRestartFileSettings setRestartFileSettings设置
setRestartSettings 设置重新启动设置
setSamples 设置样本
setStepsToAdapt 设置步骤自适应
setThinning 去毛
simulateGenome 模拟名称
summary.Rcpp_Genome 基因组概述
writeMCMCObject 写入MCMC对象
writeParameterObject 将参数对象写入文件