R语言AlphaSimR包说明文档（版本 0.13.0）

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aa 加性上位偏差
bv 育种价值
c-method 杂交种群
c-method 遗传图谱的原始群体
c-method 人口
c-method 原始人口
calcGCA 计算GCA
cChr 结合MapPop染色体
dd 优势度偏差
doubleGenome 加倍个体的倍性
ebv 估计育种价值
editGenome 编辑基因组
editGenomeTopQtl 编辑基因组-顶部QTL
fastRRBLUP 快速RR-BLUP
genicVarA 加性基因方差
genicVarAA 加性基因方差
genicVarD 显性遗传方差
genicVarG 总基因方差
genParam 概括遗传参数
getQtlMap 获得QTL遗传图谱
getSnpMap 获取SNP基因图谱
gv 遗传价值
hybridCross 杂交种
HybridPop-class 杂交种群
LociMap-class 基因座元数据
makeCross 制作设计好的十字架
makeCross2 制作设计好的十字架
makeDH 生成DH线
MapPop-class 遗传图谱的原始群体
meanG 平均遗传值
meanP 平均表型值
mergeGenome 结合个体的基因组
mergePops 合并总体列表
mutate 添加随机突变
newMapPop 新建MapPop
newPop 创建新人口
nInd 个人数量
pedigreeCross 系谱杂交
pheno 表型
Pop-class 人口
popVar 总体方差
pullIbdHaplo 按血统拉式识别（IBD）单倍型
pullQtlGeno 拉动QTL基因型
pullQtlHaplo 拉动QTL单倍型
pullSegSiteGeno 拉seg位点基因型
pullSegSiteHaplo 拉seg位点单倍型
pullSnpGeno 拉SNP基因型
pullSnpHaplo 拉动SNP单倍型
quickHaplo 快速单倍型模拟
randCross 随机交叉
randCross2 随机交叉
RawPop-class 原始人口
reduceGenome 创造具有减少倍性的个体
resetPop 重置填充
RRBLUP RR-BLUP模型
RRBLUP2 RR-BLUP型号2
RRBLUPMemUse RRBLUP内存使用率
RRBLUP_D 具有优势的RR-BLUP模型
RRBLUP_D2 优势模型2的RR-BLUP
RRBLUP_GCA RR-BLUP GCA模型
RRBLUP_GCA2 RR-BLUP GCA型号2
RRBLUP_SCA RR-BLUP SCA模型
RRBLUP_SCA2 RR-BLUP SCA型号2
RRsol-class RR-BLUP解决方案
runMacs 使用MaCS创建创始人单倍型
runMacs2 Mac的替代包装器
sampleHaplo 来自MapPop的样本单倍型
selectCross 选择并随机交叉
selectFam 选择族
selectInd 选择个人
selectOP 选择开放授粉植物
selectWithinFam 在族中选择个人
self 自我个体
selIndex 选择指数
selInt 选择强度
setEBV 设置EBV
setPheno 设定表型
setPhenoGCA 将GCA设为表型
show-method 人口
show-method 原始人口
SimParam 仿真参数
smithHazel 计算史密斯榛子重量
TraitA-class 加性性状
TraitA2-class 性别特异性加性性状
TraitA2D-class 性别特异性加性和显性性状
TraitAD-class 加性和显性性状
TraitADE-class 加性、显性和上位性
TraitADEG-class 加性、显性、上位性和GxE性状
TraitADG-class 加性、显性与GxE性状
TraitAE-class 加性和上位性
TraitAEG-class 加性、上位性与GxE性状
TraitAG-class 加性与GxE性状
usefulness 有用性准则
varA 加性方差
varAA 加性上位方差加性
varD 显性方差
varG 总遗传方差
varP 表型变异
writePlink 将Pop类作为PLINK文件写入
writeRecords 写入数据记录
[-method 杂交种群
[-method 遗传图谱的原始群体
[-method 人口
[-method 原始人口