| ActivePathways | 活性途径 | ||
| brownsMethod | 使用Brown方法合并p值。 | ||
| columnSignificance | 分别使用每一列确定哪些术语是重要的。 | ||
| export_as_CSV | 将ActivePathways的结果导出为逗号分隔值（CSV）文件。 | ||
| GMT | 读取和写入GMT文件 | ||
| gmt | 读取和写入GMT文件 | ||
| hypergeometric | 超量测力试验 | ||
| is.GMT | 读取和写入GMT文件 | ||
| makeBackground | 根据所考虑的所有术语（基因集、通路），列出基因的背景列表（即统计范围）。 | ||
| merge_p_values | 合并p值的列表或矩阵 | ||
| orderedHypergeometric | 有序超几何检验 | ||
| prepareCytoscape | 准备在Cytoscape中构建富集图网络可视化的文件 | ||
| read.GMT | 读取和写入GMT文件 | ||
| write.GMT | 读取和写入GMT文件 |