R语言AMR包说明文档(版本 1.4.0)
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ab
将输入转换为抗生素ID
ab_atc
获取抗生素的属性
ab_atc_group1
获取抗生素的属性
ab_atc_group2
获取抗生素的属性
ab_cid
获取抗生素的属性
ab_class
抗生素类选择器
ab_ddd
获取抗生素的属性
ab_from_text
从临床文本中检索抗菌药物名称和剂量
ab_group
获取抗生素的属性
ab_info
获取抗生素的属性
ab_loinc
获取抗生素的属性
ab_name
获取抗生素的属性
ab_property
获取抗生素的属性
ab_synonyms
获取抗生素的属性
ab_tradenames
获取抗生素的属性
ab_url
获取抗生素的属性
age
个人年龄
age_groups
把年龄分成年龄组
aminoglycosides
抗生素类选择器
AMR
“AMR”套餐
antibiotics
含557种抗菌剂的数据集
antibiotic_class_selectors
抗生素类选择器
antivirals
含557种抗菌剂的数据集
anti_join_microorganisms
将微生物连接到数据集
as.ab
将输入转换为抗生素ID
as.disk
将输入转换为磁盘扩散直径
as.mic
将输入转换为最小抑制浓度(MIC)
as.mo
将输入转换为ID
as.rsi
解释MIC和disk值,或清除原始R/SI数据
as.rsi.data.frame
解释MIC和disk值,或清除原始R/SI数据
as.rsi.disk
解释MIC和disk值,或清除原始R/SI数据
as.rsi.mic
解释MIC和disk值,或清除原始R/SI数据
ATC
获取抗生素的属性
atc_online_ddd
从WHOCC网站获取ATC属性
atc_online_groups
从WHOCC网站获取ATC属性
atc_online_property
从WHOCC网站获取ATC属性
availability
检查列的可用性
BRMO
确定耐多药微生物(MDRO)
brmo
确定耐多药微生物(MDRO)
bug_drug_combinations
确定药物组合
carbapenems
抗生素类选择器
catalogue_of_life
生命目录
catalogue_of_life_version
收录生命目录版本信息
cephalosporins
抗生素类选择器
cephalosporins_1st
抗生素类选择器
cephalosporins_2nd
抗生素类选择器
cephalosporins_3rd
抗生素类选择器
cephalosporins_4th
抗生素类选择器
cephalosporins_5th
抗生素类选择器
count
计数可用的分离物
count_all
计数可用的分离物
count_df
计数可用的分离物
count_I
计数可用的分离物
count_IR
计数可用的分离物
count_R
计数可用的分离物
count_resistant
计数可用的分离物
count_S
计数可用的分离物
count_SI
计数可用的分离物
count_susceptible
计数可用的分离物
disk
将输入转换为磁盘扩散直径
EUCAST
应用EUCAST规则
eucast_exceptional_phenotypes
确定耐多药微生物(MDRO)
eucast_rules
应用EUCAST规则
example_isolates
具有2000个示例的数据集
example_isolates_unclean
包含不干净数据的数据集
facet_rsi
带“ggplot2”的AMR绘图
filter_1st_cephalosporins
抗菌类结果的筛选
filter_2nd_cephalosporins
抗菌类结果的筛选
filter_3rd_cephalosporins
抗菌类结果的筛选
filter_4th_cephalosporins
抗菌类结果的筛选
filter_5th_cephalosporins
抗菌类结果的筛选
filter_ab_class
抗菌类结果的筛选
filter_aminoglycosides
抗菌类结果的筛选
filter_carbapenems
抗菌类结果的筛选
filter_cephalosporins
抗菌类结果的筛选
filter_first_isolate
确定第一个(加权)分离物
filter_first_weighted_isolate
确定第一个(加权)分离物
filter_fluoroquinolones
抗菌类结果的筛选
filter_glycopeptides
抗菌类结果的筛选
filter_macrolides
抗菌类结果的筛选
filter_penicillins
抗菌类结果的筛选
filter_tetracyclines
抗菌类结果的筛选
first_isolate
确定第一个(加权)分离物
fluoroquinolones
抗生素类选择器
format.bug_drug_combinations
确定药物组合
full_join_microorganisms
将微生物连接到数据集
g.test
+计数数据为1
geom_rsi
带“ggplot2”的AMR绘图
get_locale
从AMR包翻译字符串
get_mo_source
微生物的用户定义参考数据集
ggplot_pca
带有“ggplot2”的PCA双时隙
ggplot_rsi
带“ggplot2”的AMR绘图
ggplot_rsi_predict
预测抗菌素耐药性
glycopeptides
抗生素类选择器
guess_ab_col
猜测抗生素柱
inner_join
将微生物连接到数据集
inner_join_microorganisms
将微生物连接到数据集
intrinsic_resistant
具有细菌固有抗性的数据集
is.ab
将输入转换为抗生素ID
is.disk
将输入转换为磁盘扩散直径
is.mic
将输入转换为最小抑制浓度(MIC)
is.mo
将输入转换为ID
is.rsi
解释MIC和disk值,或清除原始R/SI数据
is.rsi.eligible
解释MIC和disk值,或清除原始R/SI数据
join
将微生物连接到数据集
key_antibiotics
前5个菌株的关键抗生素
key_antibiotics_equal
前5个菌株的关键抗生素
kurtosis
样品峰度
kurtosis.data.frame
样品峰度
kurtosis.default
样品峰度
kurtosis.matrix
样品峰度
labels_rsi_count
带“ggplot2”的AMR绘图
left_join_microorganisms
将微生物连接到数据集
lifecycle
“AMR”包中函数的生命周期
like
模式匹配
macrolides
抗生素类选择器
MDR
确定耐多药微生物(MDRO)
mdro
确定耐多药微生物(MDRO)
mdr_cmi2012
确定耐多药微生物(MDRO)
mdr_tb
确定耐多药微生物(MDRO)
mic
将输入转换为最小抑制浓度(MIC)
microorganisms
67151微生物数据集
microorganisms.codes
5583通用微生物代码的数据集
microorganisms.old
具有以前接受的分类名称的数据集
mo
将输入转换为ID
mo_authors
获取微生物的特性
mo_class
获取微生物的特性
mo_domain
获取微生物的特性
mo_failures
将输入转换为ID
mo_family
获取微生物的特性
mo_fullname
获取微生物的特性
mo_genus
获取微生物的特性
mo_gramstain
获取微生物的特性
mo_info
获取微生物的特性
mo_kingdom
获取微生物的特性
mo_matching_score
计算微生物的匹配分数
mo_name
获取微生物的特性
mo_order
获取微生物的特性
mo_phylum
获取微生物的特性
mo_property
获取微生物的特性
mo_rank
获取微生物的特性
mo_ref
获取微生物的特性
mo_renamed
将输入转换为ID
mo_shortname
获取微生物的特性
mo_snomed
获取微生物的特性
mo_source
微生物的用户定义参考数据集
mo_species
获取微生物的特性
mo_subspecies
获取微生物的特性
mo_synonyms
获取微生物的特性
mo_taxonomy
获取微生物的特性
mo_type
获取微生物的特性
mo_uncertainties
将输入转换为ID
mo_url
获取微生物的特性
mo_year
获取微生物的特性
mrgn
确定耐多药微生物(MDRO)
n_rsi
计数可用的分离物
pca
主成分分析(AMR)
PDR
确定耐多药微生物(MDRO)
penicillins
抗生素类选择器
plot.resistance_predict
预测抗菌素耐药性
portion
计算微生物抗性
proportion
计算微生物抗性
proportion_df
计算微生物抗性
proportion_I
计算微生物抗性
proportion_IR
计算微生物抗性
proportion_R
计算微生物抗性
proportion_S
计算微生物抗性
proportion_SI
计算微生物抗性
p_symbol
p值符号
resistance
计算微生物抗性
resistance_predict
预测抗菌素耐药性
right_join_microorganisms
将微生物连接到数据集
rsi
解释MIC和disk值,或清除原始R/SI数据
rsi_df
计算微生物抗性
rsi_predict
预测抗菌素耐药性
rsi_translation
R/SI解释数据集
scale_rsi_colours
带“ggplot2”的AMR绘图
scale_y_percent
带“ggplot2”的AMR绘图
semi_join_microorganisms
将微生物连接到数据集
set_mo_source
微生物的用户定义参考数据集
skewness
样本偏斜度
skewness.data.frame
样本偏斜度
skewness.default
样本偏斜度
skewness.matrix
样本偏斜度
susceptibility
计算微生物抗性
tetracyclines
抗生素类选择器
theme_rsi
带“ggplot2”的AMR绘图
translate
从AMR包翻译字符串
WHOCC
世卫组织药物统计方法合作中心
WHONET
具有500个隔离的数据集-WHONET示例
XDR
确定耐多药微生物(MDRO)
%like%
模式匹配
%like_case%
模式匹配
3MRGN
确定耐多药微生物(MDRO)
4MRGN
确定耐多药微生物(MDRO)