R语言AMR包说明文档(版本 1.4.0)

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ab 将输入转换为抗生素ID
ab_atc 获取抗生素的属性
ab_atc_group1 获取抗生素的属性
ab_atc_group2 获取抗生素的属性
ab_cid 获取抗生素的属性
ab_class 抗生素类选择器
ab_ddd 获取抗生素的属性
ab_from_text 从临床文本中检索抗菌药物名称和剂量
ab_group 获取抗生素的属性
ab_info 获取抗生素的属性
ab_loinc 获取抗生素的属性
ab_name 获取抗生素的属性
ab_property 获取抗生素的属性
ab_synonyms 获取抗生素的属性
ab_tradenames 获取抗生素的属性
ab_url 获取抗生素的属性
age 个人年龄
age_groups 把年龄分成年龄组
aminoglycosides 抗生素类选择器
AMR “AMR”套餐
antibiotics 含557种抗菌剂的数据集
antibiotic_class_selectors 抗生素类选择器
antivirals 含557种抗菌剂的数据集
anti_join_microorganisms 将微生物连接到数据集
as.ab 将输入转换为抗生素ID
as.disk 将输入转换为磁盘扩散直径
as.mic 将输入转换为最小抑制浓度(MIC)
as.mo 将输入转换为ID
as.rsi 解释MIC和disk值,或清除原始R/SI数据
as.rsi.data.frame 解释MIC和disk值,或清除原始R/SI数据
as.rsi.disk 解释MIC和disk值,或清除原始R/SI数据
as.rsi.mic 解释MIC和disk值,或清除原始R/SI数据
ATC 获取抗生素的属性
atc_online_ddd 从WHOCC网站获取ATC属性
atc_online_groups 从WHOCC网站获取ATC属性
atc_online_property 从WHOCC网站获取ATC属性
availability 检查列的可用性
BRMO 确定耐多药微生物(MDRO)
brmo 确定耐多药微生物(MDRO)
bug_drug_combinations 确定药物组合
carbapenems 抗生素类选择器
catalogue_of_life 生命目录
catalogue_of_life_version 收录生命目录版本信息
cephalosporins 抗生素类选择器
cephalosporins_1st 抗生素类选择器
cephalosporins_2nd 抗生素类选择器
cephalosporins_3rd 抗生素类选择器
cephalosporins_4th 抗生素类选择器
cephalosporins_5th 抗生素类选择器
count 计数可用的分离物
count_all 计数可用的分离物
count_df 计数可用的分离物
count_I 计数可用的分离物
count_IR 计数可用的分离物
count_R 计数可用的分离物
count_resistant 计数可用的分离物
count_S 计数可用的分离物
count_SI 计数可用的分离物
count_susceptible 计数可用的分离物
disk 将输入转换为磁盘扩散直径
EUCAST 应用EUCAST规则
eucast_exceptional_phenotypes 确定耐多药微生物(MDRO)
eucast_rules 应用EUCAST规则
example_isolates 具有2000个示例的数据集
example_isolates_unclean 包含不干净数据的数据集
facet_rsi 带“ggplot2”的AMR绘图
filter_1st_cephalosporins 抗菌类结果的筛选
filter_2nd_cephalosporins 抗菌类结果的筛选
filter_3rd_cephalosporins 抗菌类结果的筛选
filter_4th_cephalosporins 抗菌类结果的筛选
filter_5th_cephalosporins 抗菌类结果的筛选
filter_ab_class 抗菌类结果的筛选
filter_aminoglycosides 抗菌类结果的筛选
filter_carbapenems 抗菌类结果的筛选
filter_cephalosporins 抗菌类结果的筛选
filter_first_isolate 确定第一个(加权)分离物
filter_first_weighted_isolate 确定第一个(加权)分离物
filter_fluoroquinolones 抗菌类结果的筛选
filter_glycopeptides 抗菌类结果的筛选
filter_macrolides 抗菌类结果的筛选
filter_penicillins 抗菌类结果的筛选
filter_tetracyclines 抗菌类结果的筛选
first_isolate 确定第一个(加权)分离物
fluoroquinolones 抗生素类选择器
format.bug_drug_combinations 确定药物组合
full_join_microorganisms 将微生物连接到数据集
g.test +计数数据为1
geom_rsi 带“ggplot2”的AMR绘图
get_locale 从AMR包翻译字符串
get_mo_source 微生物的用户定义参考数据集
ggplot_pca 带有“ggplot2”的PCA双时隙
ggplot_rsi 带“ggplot2”的AMR绘图
ggplot_rsi_predict 预测抗菌素耐药性
glycopeptides 抗生素类选择器
guess_ab_col 猜测抗生素柱
inner_join 将微生物连接到数据集
inner_join_microorganisms 将微生物连接到数据集
intrinsic_resistant 具有细菌固有抗性的数据集
is.ab 将输入转换为抗生素ID
is.disk 将输入转换为磁盘扩散直径
is.mic 将输入转换为最小抑制浓度(MIC)
is.mo 将输入转换为ID
is.rsi 解释MIC和disk值,或清除原始R/SI数据
is.rsi.eligible 解释MIC和disk值,或清除原始R/SI数据
join 将微生物连接到数据集
key_antibiotics 前5个菌株的关键抗生素
key_antibiotics_equal 前5个菌株的关键抗生素
kurtosis 样品峰度
kurtosis.data.frame 样品峰度
kurtosis.default 样品峰度
kurtosis.matrix 样品峰度
labels_rsi_count 带“ggplot2”的AMR绘图
left_join_microorganisms 将微生物连接到数据集
lifecycle “AMR”包中函数的生命周期
like 模式匹配
macrolides 抗生素类选择器
MDR 确定耐多药微生物(MDRO)
mdro 确定耐多药微生物(MDRO)
mdr_cmi2012 确定耐多药微生物(MDRO)
mdr_tb 确定耐多药微生物(MDRO)
mic 将输入转换为最小抑制浓度(MIC)
microorganisms 67151微生物数据集
microorganisms.codes 5583通用微生物代码的数据集
microorganisms.old 具有以前接受的分类名称的数据集
mo 将输入转换为ID
mo_authors 获取微生物的特性
mo_class 获取微生物的特性
mo_domain 获取微生物的特性
mo_failures 将输入转换为ID
mo_family 获取微生物的特性
mo_fullname 获取微生物的特性
mo_genus 获取微生物的特性
mo_gramstain 获取微生物的特性
mo_info 获取微生物的特性
mo_kingdom 获取微生物的特性
mo_matching_score 计算微生物的匹配分数
mo_name 获取微生物的特性
mo_order 获取微生物的特性
mo_phylum 获取微生物的特性
mo_property 获取微生物的特性
mo_rank 获取微生物的特性
mo_ref 获取微生物的特性
mo_renamed 将输入转换为ID
mo_shortname 获取微生物的特性
mo_snomed 获取微生物的特性
mo_source 微生物的用户定义参考数据集
mo_species 获取微生物的特性
mo_subspecies 获取微生物的特性
mo_synonyms 获取微生物的特性
mo_taxonomy 获取微生物的特性
mo_type 获取微生物的特性
mo_uncertainties 将输入转换为ID
mo_url 获取微生物的特性
mo_year 获取微生物的特性
mrgn 确定耐多药微生物(MDRO)
n_rsi 计数可用的分离物
pca 主成分分析(AMR)
PDR 确定耐多药微生物(MDRO)
penicillins 抗生素类选择器
plot.resistance_predict 预测抗菌素耐药性
portion 计算微生物抗性
proportion 计算微生物抗性
proportion_df 计算微生物抗性
proportion_I 计算微生物抗性
proportion_IR 计算微生物抗性
proportion_R 计算微生物抗性
proportion_S 计算微生物抗性
proportion_SI 计算微生物抗性
p_symbol p值符号
resistance 计算微生物抗性
resistance_predict 预测抗菌素耐药性
right_join_microorganisms 将微生物连接到数据集
rsi 解释MIC和disk值,或清除原始R/SI数据
rsi_df 计算微生物抗性
rsi_predict 预测抗菌素耐药性
rsi_translation R/SI解释数据集
scale_rsi_colours 带“ggplot2”的AMR绘图
scale_y_percent 带“ggplot2”的AMR绘图
semi_join_microorganisms 将微生物连接到数据集
set_mo_source 微生物的用户定义参考数据集
skewness 样本偏斜度
skewness.data.frame 样本偏斜度
skewness.default 样本偏斜度
skewness.matrix 样本偏斜度
susceptibility 计算微生物抗性
tetracyclines 抗生素类选择器
theme_rsi 带“ggplot2”的AMR绘图
translate 从AMR包翻译字符串
WHOCC 世卫组织药物统计方法合作中心
WHONET 具有500个隔离的数据集-WHONET示例
XDR 确定耐多药微生物(MDRO)
%like% 模式匹配
%like_case% 模式匹配
3MRGN 确定耐多药微生物(MDRO)
4MRGN 确定耐多药微生物(MDRO)